| 研究課題/領域番号 |
16H04970
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| 研究機関 | 東京海洋大学 |
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研究代表者 |
坂本 崇 東京海洋大学, 学術研究院, 教授 (40313390)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | ヒラメ / リンホシスチス / 耐病性 / ゲノム / 育種 / 遺伝子 / 養殖 / 選抜 |
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| 研究実績の概要 |
（実験項目1）天然魚（ヒラメ稚魚）を用いたリンホシスチス耐病性遺伝子候補の相関解析
昨年度に実施した天然ヒラメ稚魚の人為感染実験サンプル17尾を用いて、全ゲノムリシーケンス解析による相関解析を実施した。Hiseq X tenによるシークエンスの結果、1個体あたり平均223億リードの配列データを取得した。、17個体の集団内で、耐病性遺伝子候補ゲノム領域内に計7446個のSNPが検出され、maf >0.01、genotyping rate >70%のフィルタリング条件を満たす総SNP数は、5665個となった。これらのSNPマーカーにおいて、GWASpolyおよびPLINKの2つの異なるアルゴリズムを用いてリンホシスチス耐病性遺伝子領域内関連解析を行った。GWASpolyにおいてはボンフェローニの多重比較法による補正を行った後、ゲノムワイド有意水準を超えるSNPは得られなかったが、相関性が考えられるSNPが計2か所認められた。PLINKにおいても、補正後はゲノムワイド有意水準を超えるSNPは得られなかったが、相関性が考えられるSNPが1か所認められた。
（実験項目2）リンホシスチス耐病性形質の候補責任遺伝子を用いて選抜された天然親魚の次世代集団を用いた連鎖解析
（2-1）リンホシスチス耐病性形質の候補責任遺伝子を用いた天然親魚の選抜・・・・・・複数の協力機関において、全国的に問題となっているウイルス疾病による種苗生産不調が続き、施設内での天然魚の利用および種苗生産協力が困難とされたため、実験項目1に集中することした。
（2-3, 2-4）遺伝子選抜された天然魚から作出された次世代集団の人為感染実験と連鎖解析・・・・・・昨年度に生産された遺伝子選抜された天然親魚の次世代集団を用いて、人為感染実験を実施し、その解析家系において連鎖解析を行った。しかしながら、これまでのリンホシスチス耐病性関連マーカーでは関連性が見られなかった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
（実験項目1）天然魚（ヒラメ稚魚）を用いたリンホシスチス耐病性遺伝子候補の相関解析
採捕した天然魚（ヒラメ稚魚）を用いて人為感染実験および全ゲノムリシーケンス関連解析を実施したことから、研究の進捗はおおむね順調に進展していると判断した。また、GWASpolyおよびPLINKの2つの異なるアルゴリズムを用いた解析において、リンホシスチス耐病性遺伝子領域内に関連性が考えられるSNPが見つかったことから、おおむね順調に進展していると判断した。
（実験項目2）リンホシスチス耐病性形質の候補責任遺伝子を用いて選抜された天然親魚の次世代集団を用いた連鎖解析
（2-1）リンホシスチス耐病性形質の候補責任遺伝子を用いた天然親魚の選抜・・・・・・複数の協力機関において、全国的に問題となっているウイルス疾病による種苗生産不調が続き、施設内での天然魚の利用および種苗生産協力が困難となったことは残念であるが、研究実施期間内に協力回復することは難しいと判断した。研究解析方法を2種類（実験項目1および2）準備して実行していたことで、研究をおおむね順調に進展できたと判断した。
（2-3, 2-4）遺伝子選抜された天然魚から作出された次世代集団の人為感染実験と連鎖解析・・・・・・種苗生産不調による影響等もあり、実験サンプル数は限られていたが、予定通りに実験を実施することができたことから、おおむね順調に進展していると判断した。また、これまでに採取した精子の凍結保存も継続し、今後の可能性を担保していることからおおむね順調に進展していると判断した。
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| 今後の研究の推進方策 |
（実験項目1）天然魚（ヒラメ稚魚）を用いたリンホシスチス耐病性遺伝子候補の相関解析
ヒラメ稚魚を用いたリンホシスチス耐病性候補遺伝子の相関解析を継続する。京都大学舞鶴水産実験所において天然魚（ヒラメ稚魚）を採捕し、最有力耐病性候補遺伝子内の他のSNPsも用いて遺伝子選抜を実施する予定である。また、人為感染実験個体については、これまでの人為感染実験サンプルとともに、耐病性候補遺伝子をターゲットとしてゲノム領域をPCR増幅し、次世代シーケンサーにより大量解析するターゲットリシーケンス法を開発し、最有力耐病性候補遺伝子の塩基配列を詳細に解析し、耐病性形質とSNPsとの関連性を精査する予定である。
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