転写開始点マッピングによる分化特異的・時期特異的発現遺伝子の同定

2016 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 16H05159
• 研究機関: 長崎大学
• 研究代表者: 吉浦 孝一郎 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (00304931)
• 研究期間 (年度): 2016-04-01 – 2019-03-31
• キーワード: 5'末端 / switching / concatamerization

研究実績の概要

転写量の少ないRNAの５’末端部を効率的にクローニングすることが目的である。利用テクノロジーは，M-MLV （マウス白血病ウイルス）由来の逆転写酵素を利用したswitching 法による5’末端へのリンカー付加（SMART法）である。本年度は，逆転写反応時の5’末端へのリンカー付加の効率化とconcatamer形成（concatamerization）の阻害について，検討をおこなった。
当初1年目の予定は，5’末端へのリンカー付加の効率化のみを考えていたが，商品化されたキットではなく自作プライマー等でSwitching 法を行った際に，concatamer形成が大きな問題であることがわかった。本年度は，concatamer形成をおこさないオリゴヌクレオチド改良や修飾法を試して，技術的な問題の克服を目指した。concatamer形成阻害のために isocytosine，isoguanocine を含んだオリグヌクレオチドの利用が，論文化されているが，それらの使用は非常に高価であり，今後，本法をさまざまなアプリケーションに使っていくには自由度が少ないと考え，その他の修飾を探った。isocytosine，isoguanocine を含んだオリグヌクレオチドでない修飾によって，concatamer形成を減じることが出来つつある。

現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

5’末端へのリンカー付加時のconcatamer形成（concatamerization）が起こり，この技術的解決に時間がかかっている。

今後の研究の推進方策

5’末端へのリンカー付加時のconcatamer形成（concatamerization）について，解決策がほぼ見つかっている。技術的な問題が解決できるので，「転写量の少ないRNAの５’末端部を効率的にシーケンスし，新規遺伝子末端部を同定する」当初の目的に向かって研究を進められる。

研究成果

• [雑誌論文] SMCHD1 mutations associated with a rare muscular dystrophy can also cause isolated arhinia and Bosma arhinia microphthalmia syndrome. (2017)
  • 著者名/発表者名: Shaw ND, Brand H, Kupchinsky ZA, Sato D, Okamoto N, Jacobsen C, Macarthur D, Moore SA, Yoshiura KI, Gusella JF, Marsh JA, Graham JM Jr, Lin AE, Katsanis N, Jones PL, Crowley WF Jr, Davis EE, FitzPatrick DR, Talkowski ME. その他
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 49(2) ページ: 238-248
  • DOI: 10.1038/ng.3743
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] De novo mutations in SMCHD1 abrogate nasal development. (2017)
  • 著者名/発表者名: Gordon CT, Xue S, Yigit G, Filali H, Chen K, Rosin N, Yoshiura K-i, Oufadem M, Beck TJ, McGowan R, Teo ASM, Cunningham ML, Sefiani A, Kayserili H, Murphy JM, Chatdokmaiprai C, Hillmer AM, Wattanasirichaigoon D, Lyonnet S, Magdinier F, Javed A, Blewitt ME, Amiel J, Wollnik B, Reversade B. その他
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 49(2) ページ: 249-255
  • DOI: 10.1038/ng.3765
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic variants in oxytocin receptor and arginine-vasopressin receptor 1A are associated with the neural correlates of maternal and paternal affection towards their child. (2017)
  • 著者名/発表者名: Nishitani S, Ikematsu K, Takamura T, Honda S, Yoshiura KI, Shinohara K.
  • 雑誌名: Horm Behav. 巻: 87 ページ: 47-56
  • DOI: 10.1016/j.yhbeh.2016.09.010.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of 11p14.1-p15.3 deletion probably associated with short stature, relative macrocephaly, and delayed closure of the fontanelles. (2017)
  • 著者名/発表者名: Dateki S, Watanabe S, Kinoshita F, Yoshiura KI, Moriuchi H.
  • 雑誌名: Am J Med Genet. A. 巻: 173(1) ページ: 217-220
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.37978.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rapid growth of mitotically active cellular fibroma of the ovary: a case report and review of the literature. (2016)
  • 著者名/発表者名: Matsuda K, Tateishi S, Akazawa Y, Kinoshita A, Yoshida S, Morisaki S, Fukushima A, Matsuwaki T, Yoshiura KI, Nakashima M.
  • 雑誌名: Diagn Pathol. 巻: 11(1) ページ: 101
  • DOI: 10.1186/s13000-016-0554-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] A significant association between rs8067378 at 17q12 and invasive cervical cancer originally identified by a genome-wide association study in Han Chinese is replicated in a Japanese population. (2016)
  • 著者名/発表者名: Miura K, Mishima H, Yasunami M, Kaneuchi M, Kitajima M, Abe S, Higashijima A, Fuchi N, Miura S, Yoshiura KI, Masuzaki H.
  • 雑誌名: J Hum Genet. 巻: 61(9) ページ: 793-796
  • DOI: 10.1038/jhg.2016.50
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clinical and histological findings of autosomal dominant renal-limited disease with LMX1B mutation. (2016)
  • 著者名/発表者名: Konomoto T, Imamura H, Orita M, Tanaka E, Moritake H, Sato Y, Fujimoto S, Harita Y, Hisano S, Yoshiura KI, Nunoi H.
  • 雑誌名: Nephrology (Carlton) 巻: 21(9) ページ: 765-773
  • DOI: 10.1111/nep.12666
  • 査読あり
• [雑誌論文] Expression of Somatostatin Receptor Type 2A and PTEN in Neuroendocrine Neoplasms Is Associated with Tumor Grade but Not with Site of Origin. (2016)
  • 著者名/発表者名: Wada H, Matsuda K, Akazawa Y, Yamaguchi Y, Miura S, Ueki N, Kinoshita A, Yoshiura K, Kondo H, Ito M, Nagayasu T, Nakashima M.
  • 雑誌名: Endocr Pathol. 巻: 27(3) ページ: 179-187
  • DOI: 10.1007/s12022-016-9436-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Familial Mediterranean fever is no longer a rare disease in Japan. (2016)
  • 著者名/発表者名: Migita K, Izumi Y, Jiuchi Y, Iwanaga N, Kawahara C, Agematsu K, Yachie A, Masumoto J, Fujikawa K, Yamasaki S, Nakamura T, Ubara Y, Koga T, Nakashima Y, Shimizu T, Umeda M, Nonaka F, Yasunami M, Eguchi K, Yoshiura K, Kawakami A.
  • 雑誌名: Arthritis Res Ther. 巻: 30;18 ページ: 175
  • DOI: 10.1186/s13075-016-1071-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association between p53-binding protein 1 expression and genomic instability in oncocytic follicular adenoma of the thyroid. (2016)
  • 著者名/発表者名: Mussazhanova Z, Akazawa Y, Matsuda K, Shichijo K, Miura S, Otsubo R, Oikawa M, Yoshiura KI, Mitsutake N, Rogounovitch T, Saenko V, Kozykenova Z, Zhetpisbaev B, Shabdarbaeva D, Sayakenov N, Amantayev B, Kondo H, Ito M, Nakashima M.
  • 雑誌名: Endocr J. 巻: 63(5) ページ: 457-467
  • DOI: 10.1507/endocrj.EJ15-0629
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic background of hyperphenylalaninemia in Nagasaki, Japan. (2016)
  • 著者名/発表者名: Dateki S, Watanabe S, Nakatomi A, Kinoshita E, Matsumoto T, Yoshiura K, Moriuchi H.
  • 雑誌名: Pediatr Int. 巻: 58(5) ページ: 431-433
  • DOI: 10.1111/ped.12924
  • 査読あり
• [雑誌論文] Detailed analysis of 26 cases of 1q partial duplication/triplication syndrome. (2016)
  • 著者名/発表者名: Watanabe S, Shimizu K, Ohashi H, Kosaki R, Okamoto N, Shimojima K, Yamamoto T, Chinen Y, Mizuno S, Dowa Y, Shiomi N, Toda Y, Tashiro K, Shichijo K, Minatozaki K, Aso S, Minagawa K, Hiraki Y, Shimokawa O, Matsumoto T, Fukuda M, Moriuchi H, Yoshiura K, Kondoh T.
  • 雑誌名: Am J Med Genet A. 巻: 170(4) ページ: 908-917
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.37496
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple Serum Cytokine Profiling to Identify Combinational Diagnostic Biomarkers in Attacks of Familial Mediterranean Fever. (2016)
  • 著者名/発表者名: Koga T, Migita K, Sato S, Umeda M, Nonaka F, Kawashiri SY, Iwamoto N, Ichinose K, Tamai M, Nakamura H, Origuchi T, Ueki Y, Masumoto J, Agematsu K, Yachie A, Yoshiura K, Eguchi K, Kawakami A.
  • 雑誌名: Medicine (Baltimore) 巻: 95(16) ページ: e3449
  • DOI: 10.1097/MD.0000000000003449
  • 査読あり
• [学会発表] IRUD-P 解析プログラムで判明したFG症候群を疑われた家族発症例の原因変異． (2016)
  • 著者名/発表者名: 前川隆太，佐藤智生，吉浦孝一郎，近藤達郎
  • 学会等名: 2.第二十三回遺伝性疾患に関する出生前診断研究会
  • 発表場所: 長崎大学良順会館ボードインホール（長崎県，長崎市）
  • 年月日: 2016-09-24 – 2016-09-24
• [学会発表] 長崎大学における Initiative on Rare and Undiagnosed Disease in Pediatrics (IRUD-P)解析についての報告． (2016)
  • 著者名/発表者名: 吉浦孝一郎，木下 晃，三嶋博之，林田知佐，近藤達郎，渡邊順子，伊達木澄人，要 匡，松原洋一
  • 学会等名: 1.第一回放射線災害・医科学研究拠点カンファランス
  • 発表場所: 長崎大学良順会館専斎ホール（長崎県，長崎市）
  • 年月日: 2016-06-04 – 2016-06-04
• [学会発表] Evaluation of genome-eide association study-identified SNPs at 4q12, 17q12, and 6p21.32 with cervical cancer susceptibility in a Japanese population. (2016)
  • 著者名/発表者名: Kiyonori Miura, Hiroyuki Mishima, Shuhei Abe, Yuko Murakami, Naoki Fuchi, Ai Higashijima, Yuri Hasegawa, Shoko Miura, Masako Masuzaki, Masanori Kaneuchi, Koh-ichiro Yoshiura, Hideaki Masuzaki.
  • 学会等名: The international Congress of Human Genetics (ICHG2016)
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center, Japan. （京都府，京都市）
  • 年月日: 2016-04-03 – 2016-04-07
  • 国際学会
• [学会発表] Bio-Virtuso: A package of Docker containers for multiple source data retrieval, RDF conversion, and triplestore deployment in a simplified manner. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hiroyuki Mishima, Koh-ichiro Yoshiura.
  • 学会等名: The international Congress of Human Genetics (ICHG2016)
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center, Japan.（京都府，京都市）
  • 年月日: 2016-04-03 – 2016-04-07
  • 国際学会
• [学会発表] Mutaions in the patients with Nakajo Nishimura Syndrome-like autoinflammatory diseases. (2016)
  • 著者名/発表者名: Akira Kinoshita, Nobuo Kanazawa, Noriko Kinjo, Hiroyuki Mishima, Koh-ichiro Yoshiura.
  • 学会等名: The international Congress of Human Genetics (ICHG2016)
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center, Japan.（京都府，京都市）
  • 年月日: 2016-04-03 – 2016-04-07
  • 国際学会
• [学会発表] Aberrant methylation at imprinted DMRs is associated with placental mesenchymal dysplasia. (2016)
  • 著者名/発表者名: Saori Aoki, Ken Higashimoto, Hidenori Hidaka, Hidetaka Watanabe, Yasufumi Ohtauka, Mishima Hiroyuki, Koh-ichiro Yoshiura, Hitomi Yatsuki, Kenichi Nishioka, Keiichiro Joh, Takashi Ohba, Hidetaka Katabuchi, Hidenobu Soejima.
  • 学会等名: The international Congress of Human Genetics (ICHG2016)
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center, Japan.（京都府，京都市）
  • 年月日: 2016-04-03 – 2016-04-07
  • 国際学会
• [学会発表] Circulation levels of C19Mc-cluster microRNAs in pregnant women with abruptio placenta. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuri Hasegawa, Kiyonori Miura, Ai Higashijima, Yuko Murakami, Ozora Tsukamoto, Shuhei Abe, Naoki Fuchi, Shoko Miura, Atsushi Yoshida, Hiroyuki Mishima, Akira Kinoshita, Koh-ichiro Yoshiura, Hideaki Masuzaki.
  • 学会等名: The international Congress of Human Genetics (ICHG2016)
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center, Japan.（京都府，京都市）
  • 年月日: 2016-04-03 – 2016-04-07
  • 国際学会
• [学会発表] Normal ranges of plasma concentrations of pregnancy-associated microRNAs during pregnancy. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuko Murakami, Kiyonori Miura, Ai Higashijima, Naoki Fuchi, Shuhei Abe, Yuri Hasegawa, Atsushi Yoshida, Masanori Kaneuchi, Yuko Murakami, Ozora Tsukamoto, Shoko Miura, Hiroyuki Mishima, Akira Kinoshita, Koh-ichiro Yoshiura, Hideaki Masuzaki.
  • 学会等名: The international Congress of Human Genetics (ICHG2016)
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center, Japan.（京都府，京都市）
  • 年月日: 2016-04-03 – 2016-04-07
  • 国際学会