大量並行シークエンスを用いた多角的アプローチによる希少難治性疾患の解明

2018 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 16H05357
• 研究機関: 横浜市立大学
• 研究代表者: 三宅 紀子 横浜市立大学, 医学部, 准教授 (40523494)
• 研究期間 (年度): 2016-04-01 – 2019-03-31
• キーワード: 次世代シークエンサー / 全エクソーム解析 / 全ゲノムシークエンス / 新規疾患遺伝子 / ロングリードシークエンス

研究実績の概要

Aicardi症候群に関しては、現在までに55症例を集積した。全症例に対して全エクソーム解析を終了し、うち2症例に関しては、別の中枢神経疾患であることを分子遺伝学的に説明し、以降の解析対象から除外した。典型的な22症例に関して、全ゲノム解析を行い、SNV解析が完了しているが、疾患遺伝子同定には至っていない。
現在までに、Galloway-Mowat 症候群は現在までに29家系を集積した。本年度は、そのうちの一家系において新規疾患遺伝子NUP133を同定し、機能解析により病的変異であることを明らかにした (Fujita A et al., Annals of Neurology, 2018)。2015年に発表したステロイド抵抗性ネフローゼ症候群の疾患遺伝子であるNUP107遺伝子に引き続き、核膜孔複合体構成タンパク質の両アレル性バリアントによるヒト疾患の新規疾患遺伝子を世界に先駆けて同定した。
関節弛緩型エーラス・ダンロス症候群においては、発端者を対象に全エクソームを施行したが、病因と考えられるバリアントの同定にはいたらなかった。
また、習慣性流産の原因と考えられる、 NOP104の変異を同定し、発表した(Suzuki et al., J Hum Genet. 2018 Apr;63(4):425-430)。
その他、他施設との多国間共同研究により、新規疾患遺伝子としてKAT6A (Genet Med. 2019 Apr;21(4):850-860.), FBOX11 (Am J Hum Genet. 2018 Aug 2;103(2):305-316), PMPBC (Am J Hum Genet. 2018 Apr 5;102(4):557-573)などを同定し、論文発表を行った。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [国際共同研究] University Hospital Centre Zagreb/University of Zagreb/University Hospital Center Osijek(クロアチア)
  • 国名: クロアチア
  • 外国機関名: University Hospital Centre Zagreb/University of Zagreb/University Hospital Center Osijek
  • 他の機関数: 2
• [国際共同研究] Friedrich-Alexander-Universitat(ドイツ)
  • 国名: ドイツ
  • 外国機関名: Friedrich-Alexander-Universitat
• [国際共同研究] University Hospitals Bristol(英国)
  • 国名: 英国
  • 外国機関名: University Hospitals Bristol
• [国際共同研究] Hospital de Puerto Montt/Instituto de Rehabilitacion Teleton(チリ)
  • 国名: チリ
  • 外国機関名: Hospital de Puerto Montt/Instituto de Rehabilitacion Teleton
• [国際共同研究] Medical Genetics Center of Genome/Isfahan University of Medical Sciences(イラン)
  • 国名: イラン
  • 外国機関名: Medical Genetics Center of Genome/Isfahan University of Medical Sciences
• [雑誌論文] Homozygous splicing mutation in NUP133 causes Galloway-Mowat syndrome (2018)
  • 著者名/発表者名: Fujita Atsushi、Tsukaguchi Hiroyasu、Koshimizu Eriko、Nakazato Hitoshi、Itoh Kyoko、Kuraoka Shohei、Komohara Yoshihiro、Shiina Masaaki、Nakamura Shohei、Kitajima Mika、Tsurusaki Yoshinori、Miyatake Satoko、Ogata Kazuhiro、Iijima Kazumoto、Matsumoto Naomichi、Miyake Noriko
  • 雑誌名: Annals of Neurology 巻: 84 ページ: 814～828
  • DOI: 10.1002/ana.25370
  • 査読あり
• [雑誌論文] KAT6A Syndrome: genotype-phenotype correlation in 76 patients with pathogenic KAT6A variants (2018)
  • 著者名/発表者名: Kennedy J, Goudie D, Blair E, Chandler K, Joss S, McKay V, Green A, Armstrong R, Lees M, Kamien B, Hopper B, Tan TY, Yap P, Stark Z, Okamoto N, Miyake N, Matsumoto N and others
  • 雑誌名: Genetics in Medicine 巻: 21 ページ: 850～860
  • DOI: 10.1038/s41436-018-0259-2
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Phenotypic and molecular insights into PQBP1-related intellectual disability (2018)
  • 著者名/発表者名: Abdel-Salam Ghada M. H.、Miyake Noriko、Abdel-Hamid Mohamed S.、Sayed Inas S. M.、Gadelhak Mohamed I.、Ismail Samira I.、Aglan Mona S.、Afifi Hanan H.、Temtamy Samia A.、Matsumoto Naomichi
  • 雑誌名: American Journal of Medical Genetics Part A 巻: 176 ページ: 2446～2450
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.40479
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] De Novo Variants in the F-Box Protein FBXO11 in 20 Individuals with a Variable Neurodevelopmental Disorder (2018)
  • 著者名/発表者名: Gregor A, Sadleir LG, Asadollahi R, others and Miyake N et al.
  • 雑誌名: The American Journal of Human Genetics 巻: 103 ページ: 305～316
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2018.07.003
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A familial case of Galloway-Mowat syndrome due to a novel TP53RK mutation: a case report (2018)
  • 著者名/発表者名: Hyun Hye Sun、Kim Seong Heon、Park Eujin、Cho Myung Hyun、Kang Hee Gyung、Lee Hyun Soon、Miyake Noriko、Matsumoto Naomichi、Tsukaguchi Hiroyasu、Cheong Hae Il
  • 雑誌名: BMC Medical Genetics 巻: 19 ページ: 131
  • DOI: 10.1186/s12881-018-0649-y
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A novel 8-bp duplication in ADAT3 causes mild intellectual disability (2018)
  • 著者名/発表者名: Salehi Chaleshtori Ahmad Reza、Miyake Noriko、Ahmadvand Mohammad、Bashti Oranous、Matsumoto Naomichi、Noruzinia Mehrdad
  • 雑誌名: Human Genome Variation 巻: 5 ページ: 7
  • DOI: 10.1038/s41439-018-0007-9
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Mutations in PMPCB Encoding the Catalytic Subunit of the Mitochondrial Presequence Protease Cause Neurodegeneration in Early Childhood (2018)
  • 著者名/発表者名: Vogtle FN, Brandl B, Larson A, Pendziwiat M, Friederich MW, White SM, Basinger A, Kucukkose C, Muhle H, Jahn JA, Keminer O, Helbig KL, Delto CF, Myketin L, Mossmann D, Burger N, Miyake N and others
  • 雑誌名: The American Journal of Human Genetics 巻: 102 ページ: 557～573
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2018.02.014
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Dysosteosclerosis is also caused by TNFRSF11A mutation (2018)
  • 著者名/発表者名: Guo Long、Elcioglu Nursel H.、Karalar Ozge K.、Topkar Mert O.、Wang Zheng、Sakamoto Yuma、Matsumoto Naomichi、Miyake Noriko、Nishimura Gen、Ikegawa Shiro
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 63 ページ: 769～774
  • DOI: 10.1038/s10038-018-0447-6
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A novel PGAP3 mutation in a Croatian boy with brachytelephalangy and a thin corpus callosum (2018)
  • 著者名/発表者名: Sakaguchi T, Zigman T, Petkovic Ramadza D, Omerza L, Puseljic S, Eres Hrvacanin Z, Miyake N, Matsumoto N, Baric I.
  • 雑誌名: Human Genome Variation 巻: 5 ページ: 18005～18005
  • DOI: 10.1038/hgv.2018.5
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] The second point mutation in PREPL: a case report and literature review (2018)
  • 著者名/発表者名: Silva Sebastian、Miyake Noriko、Tapia Carolina、Matsumoto Naomichi
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 63 ページ: 677～681
  • DOI: 10.1038/s10038-018-0426-y
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A homozygous NOP14 variant is likely to cause recurrent pregnancy loss (2018)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Toshifumi、Behnam Mahdiyeh、Ronasian Firooze、Salehi Mansoor、Shiina Masaaki、Koshimizu Eriko、Fujita Atsushi、Sekiguchi Futoshi、Miyatake Satoko、Mizuguchi Takeshi、Nakashima Mitsuko、Ogata Kazuhiro、Takeda Satoru、Matsumoto Naomichi、Miyake Noriko
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 63 ページ: 425～430
  • DOI: 10.1038/s10038-018-0410-6
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A novel homozygous DPH1 mutation causes intellectual disability and unique craniofacial features (2018)
  • 著者名/発表者名: Sekiguchi Futoshi、Nasiri Jafar、Sedghi Maryam、Salehi Mansoor、Hosseinzadeh Majid、Okamoto Nobuhiko、Mizuguchi Takeshi、Nakashima Mitsuko、Miyatake Satoko、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Matsumoto Naomichi
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 63 ページ: 487～491
  • DOI: 10.1038/s10038-017-0404-9
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Novel compound heterozygous DPH1 mutations in a patient with the unique clinical features of airway obstruction and external genital abnormalities (2018)
  • 著者名/発表者名: Nakajima Junya、Oana Shingo、Sakaguchi Tomohiro、Nakashima Mitsuko、Numabe Hironao、Kawashima Hisashi、Matsumoto Naomichi、Miyake Noriko
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 63 ページ: 529～532
  • DOI: 10.1038/s10038-017-0399-2
  • 査読あり
• [学会発表] 稀少難治性疾患における遺伝子解析の現状と展望 (2019)
  • 著者名/発表者名: 三宅紀子
  • 学会等名: 日本小児遺伝学会
  • 招待講演
• [学会発表] A Japanese patient with a novel missense mutation affecting the same amino acid as the recurrent PACS1 mutation (2018)
  • 著者名/発表者名: Noriko Miyake, Shiro Ozasa, Hiroyo Mabe, Shigemi Kimura, Naomichi Matsumoto
  • 学会等名: American Society of Human Genetics
  • 国際学会
• [学会発表] Genetic analysis of 18 Japanese families clinically diagnosed with Musculocontractural type Ehlers-Danlos syndrome (2018)
  • 著者名/発表者名: Noriko Miyake, Tomoki Kosho, Naomichi Matsumoto
  • 学会等名: International symposium on the Ehlers-Danlos syndromes
  • 国際学会
• [学会発表] 遺伝性疾患におけるゲノム解析の展望 (2018)
  • 著者名/発表者名: 三宅紀子
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会
  • 国際学会