Virome解析による中南米・東南アジアに潜在する病原性ウイルスの探索

2019 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 16H05805
• 研究機関: 北海道大学
• 研究代表者: 澤 洋文 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 教授 (30292006)
• 研究分担者: 大場 靖子 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 講師 (60507169) ; 佐々木 道仁 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 特任助教 (70609403)
• 研究期間 (年度): 2016-04-01 – 2020-03-31
• キーワード: ウイルス / ゲノム / 新興・再興感染症

研究実績の概要

本研究は、現在申請者が有している国際ネットワークを活用し、調査フィールドを線として繋げ、Virome解析手法等を用いて、新興・再興感染症の原因となる新規及び既知の病原体の分布状況を把握すること、得られた情報を既得の情報と比較することにより病原性ウイルスの分布・進化・生活環を把握することを目指す。
2018年度にボリビアのトリニダ地域で採集した蚊を用いてウイルスの探索を実施した結果同定した3種の新規フラビウイルスについて、各種培養細胞を用いて単離を試みると同時に、ウイルスゲノムの遺伝子解析、単離ウイルスの性状解析を実施した。3種の内、2種の蚊特異的ウイルス(cISF)は培養細胞を用いたウイルス単離が出来なかったため、ウイルスが検出された蚊プールのRNAを用いたNGS解析によりウイルスゲノムのほぼ全長を同定した。残る1種の新規のフラビウイルスはC6/36ヒトスジシマカ由来細胞を用いて単離に成功した。培養上清中には40 nmのウイルス粒子を電子顕微鏡で確認した。ウイルスゲノムはNGSおよびRACE法により全長を同定した。系統樹解析の結果から、新規に単離したウイルスはdual-host affiliated flaviviruses (dISFs)に属するフラビウイルスと考えられた。
ベトナムの国立衛生疫学研究所のThe Ireland Vietnam Blood Borne Virus Initiative (IVVI)と共同して、ハノイ市内で採集したメス蚊48プールから抽出したRNAを用いてフラビウイルス、ブニヤウイルス、アルファウイルスのスクリーニングおよびデング1型、チクングニヤウイルスの特異的qRT-PCRを実施した。その結果、各フラビウイルスおよびチクングニヤウイルスは検出されなかった。
インドネシアのボゴール農業大学獣医学部のSetiyono教授と共同して、ウシから抽出した核酸を用いて病原体のゲノムを検出することを試みた。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [国際共同研究] Oswaldo Cruz Institute/Evandro Chagas National Institute(ブラジル)
  • 国名: ブラジル
  • 外国機関名: Oswaldo Cruz Institute/Evandro Chagas National Institute
• [国際共同研究] Universidad Autonoma Gabriel Rene Moreno(ボリビア)
  • 国名: ボリビア
  • 外国機関名: Universidad Autonoma Gabriel Rene Moreno
• [国際共同研究] The University of Zambia/Central Veterinary Research Institute/University Teaching Hospitals(ザンビア)
  • 国名: ザンビア
  • 外国機関名: The University of Zambia/Central Veterinary Research Institute/University Teaching Hospitals
  • 他の機関数: 1
• [国際共同研究] Central Veterinary Res. & Diagn. Labo.(ジンバブエ)
  • 国名: ジンバブエ
  • 外国機関名: Central Veterinary Res. & Diagn. Labo.
• [国際共同研究] Bogor Agricultural University(インドネシア)
  • 国名: インドネシア
  • 外国機関名: Bogor Agricultural University
• [国際共同研究]
  • 他の国数: 2
• [雑誌論文] Detection of novel orthoreovirus genomes in shrew (Crocidura hirta) and fruit bat (Rousettus aegyptiacus). (2020)
  • 著者名/発表者名: Harima H, Sasaki M, Kajihara M, Mori-Kajihara A, Hang'ombe BM, Changula K, Orba Y, Ogawa H, Simuunza M, Yoshida R, Mweene A, Takada A, Sawa H
  • 雑誌名: J Vet Med Sci 巻: 82(2) ページ: 162-167
  • DOI: 10.1292/jvms.19-0424.
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] West Nile Virus in Farmed Crocodiles, Zambia, 2019 (2020)
  • 著者名/発表者名: Simulundu E, Ndashe K, Chambaro HM, Squarre D, Reilly PM, Chitanga S, Changula K, Mukubesa AN, Ndebe J, Tembo J, Kapata N, Bates M, Sinkala Y, Hang'ombe BM, Nalubamba KS, Kajihara M, Sasaki M, Orba Y, Takada A, Sawa H.
  • 雑誌名: Emerg Infect Dis. 巻: 26(4): ページ: 811-814
  • DOI: 10.3201/eid2604.190954.
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Discovery and genetic characterization of diverse smacoviruses in Zambian non-human primates (2019)
  • 著者名/発表者名: Anindita PD, Sasaki M, Gonzalez G, Phongphaew W, Carr M, Hang'ombe BM, Mweene AS, Ito K, Orba Y, Sawa H
  • 雑誌名: Sci Rep 巻: 9(1) ページ: 5045
  • DOI: 10.1038/s41598-019-41358-z
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Field diagnosis and genotyping of chikungunya 1 virus using a dried reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay and MinION sequencing. (2019)
  • 著者名/発表者名: Hayashida K, Orba Y, Sequeira PC, Sugimoto C, Hall WW, Eshita Y, Suzuki Y, Runtuwene L, Brasil P, Calvet G, Rodrigues CDS, dos Santos CC, Mares-Guia MAM, Yamagshi J, de Filippis AMB, Sawa H
  • 雑誌名: PLoS Neg Trop Dis 巻: 13(6) ページ: e0007480
  • DOI: 10.1371/journal.pntd.0007480
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Serological evidence of Zika virus infection in non-human primates in Zambia (2019)
  • 著者名/発表者名: Wastika CE, Sasaki M, Yoshii K, Anindita PD, Hang'ombe BM, Mweene AS, Kobayashi S, Kariwa H, Carr MJ, Hall WW, Eshita Y, Orba Y, Sawa H
  • 雑誌名: Arch Virol 巻: 164(8) ページ: 2165-2170
  • DOI: 10.1007/s00705-019-04302-0
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Upregulated expression of the antioxidant sestrin 2 identified by transcriptomic analysis of Japanese encephalitis virus-infected SH-SY5Y neuroblastoma cells. (2019)
  • 著者名/発表者名: Carr M, Gonzalez G, Martinelli A, Wastika CE, Ito K, Orba Y, Sasaki M, Hall WW, Sawa H
  • 雑誌名: Virus Genes 巻: 55(5) ページ: 630-642
  • DOI: 10.1007/s11262-019-01683-x
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic diversity of rabies virus in different host species and geographic regions of Zambia and Zimbabwe. (2019)
  • 著者名/発表者名: Muleya W, Chambaro HM, Sasaki M, Gwenhure LF, Mwenechanya R, Kajihara M, Saasa N, Mupila Z, Mori-Kajihara A, Qiu Y, Kangwa E, Mweene A, Namangala B, Takada A, Sawa H
  • 雑誌名: Virus Genes 巻: 55(5) ページ: 713-719
  • DOI: 10.1007/s11262-019-01682-y
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [学会発表] Discoveries of dual-host affiliated insect-specific flaviviruses in Zambia. (2020)
  • 著者名/発表者名: Christida E. Wastika, Yasuko Orba, Michihito Sasaki, Yuki Eshita, Bernard M. Hang'ombe, Michael T. Wolfinger, William W. Hall, Hirofumi Sawa
  • 学会等名: U.S.-Japan Cooperative Medical Sciences Program's 22nd International Conference on Emerging Infectious Diseases in the Pacific Rim
  • 国際学会
• [学会発表] ザンビアの野生動物、節足動物からの病原体の検出と単離 (2019)
  • 著者名/発表者名: 澤 洋文、佐々木 道仁、江下 優樹、大場 靖子
  • 学会等名: 第2回SFTS研究会・学術集会
• [学会発表] Research activities of Hokkaido Univ. CZC in Zambia and human resource development of young researchers (2019)
  • 著者名/発表者名: Yasuko Orba
  • 学会等名: Tsukuba Conference 2019
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Developmental Strategy of the International Collaboration Research for Zoonosis Control - Identification of pathogens from arthropods and wildlife in Zambia (2019)
  • 著者名/発表者名: Hirofumi Sawa, Michihito Sasaki, Yongjin Qiu, Yuki Eshita, Hang'ombe BM, Mweene AS, Yasuko Orba
  • 学会等名: Tsukuba Conference 2019
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Molecular characterization of Barkedji and Barkeji-like virus isolated from mosquitoes in Zambia (2019)
  • 著者名/発表者名: Christida Wastika, Michihito Sasaki, Yasuko Orba, Hirofumi Sawa
  • 学会等名: 第67回日本ウイルス学会学術集会
• [学会発表] Molecular and serological surveillance for Bluetongue virus in Zambia (2019)
  • 著者名/発表者名: Herman Chambaro, Michihito Sasaki, Yasuko Orba, Hirofumi Sawa
  • 学会等名: 第67回日本ウイルス学会学術集会
• [学会発表] Evolutionary history of genotype I african swine fever viruses detected in Ornithodoros moubata soft ticks from Zambia: Implications for disease control (2019)
  • 著者名/発表者名: Chambaro Herman, Michhito Sasaki, Gonzalez Gabriel, Yonjin Qiu, Yasuko Orba, Hirofumi Sawa
  • 学会等名: 第5回北海道大学部局横断シンポジウム
• [学会発表] Isolation and identification of dual-host affiliated insect-specific flaviviruses from Culex mosquitoes in Zambia (2019)
  • 著者名/発表者名: Christida Wastika, Michihito Sasaki, Yasuko Orba, Hirofumi Sawa
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Diverse endogenous flavivirus elements in field mosquitoes (2019)
  • 著者名/発表者名: Yasuko Orba, Bernard M. Hang'ombe, Aaron S. Mweene, Michihito Sasaki, Yuki Eshita, Hirofumi Sawa
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [図書] Bat Polyomaviruses: A Challenge to the Strict Host-Restriction Paradigm within the Mammalian Polyomaviridae in "Bats and Viruses: Current Research and Future Trends " (2020)
  • 著者名/発表者名: Michael J. Carr, Gabriel Gonzalez, Emma C. Teeling, Hirofumi Sawa
  • 総ページ数: 246
  • 出版者: Caister Academic Press
  • ISBN: 978-1-912530-14-4
• [備考] 北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 分子病態・診断部門
  • URL: http://www.czc.hokudai.ac.jp/pathobiol/