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2018年度「サンフランシスコ号海事考古学調査とガレオン交易船の造船技術に関する国際研究」では、1609年にサンフランシスコ号が沈没、生存者が上陸したとされる田尻海岸沖合い6kmの岩礁、真潮根周囲海底での潜水調査を実施した。真潮根周では、前年度までマルチナロービーム音響測深機による海底地形データと海洋磁気探査による磁気異常のデータ取得を完了していた。前年度に取得したデータ解析を進めるとともに、ジオメトリックス社製セシウム海洋磁力計を使用しての磁気探査をWindy Network社及び東京大学生産技術研究所浅田研究室の協力を得て実施、50cm精度のマルチビームソナーと磁気探査データの重層分析を行った。これらのデータを活用し、2018年4～5月及び11月の2期に、潜水調査を実施した。潜水調査の目的は、磁気異常が検出された海底地点でのピンポイントの潜水、前年度に確認した球状の石や木片の確認となった。当該調査海域の水深は20～40m弱で、黒潮の影響を受ける海流の早い。磁気異常約10ヶ所に潜水したが、サンフランシスコ号関連遺物の特定には至らなかった。
ガレオン交易船の造船技術関連する調査をフィリピンのカビテ市及びマニラ市でおこなった。カビテ市の造船所跡を踏査及びフィリピン公文書館での文献を精査した。スペイン・マドリード海軍博物館所蔵の1600年マニラ湾沈没のサンディゴ号の関連遺物の調査を実施した。スペイン・インディアス文書館蔵には、「サン・フランシスコ号の難船に関する報告書」があり、サンフランシスコ号船体の詳細及び沈没時の状況を把握すべく詳細な調査をおこなった。また、造船技術の比較研究として、フィリピンのミンドロ沖1620年沈没のラヴィデ号の竜骨材の調査をおこなった。同船の沈没地点での調査を合わせて実施した。
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