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2018 年度 実績報告書

Comprehensive analysis of splicing regulation and splicing quantitative trait loci (sQTL) in brains of major psychoses

研究課題

研究課題/領域番号 16H06254
研究機関横浜市立大学

研究代表者

高田 篤  横浜市立大学, 医学部, 講師 (90643693)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
キーワード選択的スプライシング / ゲノム / 統合失調症
研究実績の概要

H30年度までの研究において、脳内で選択的スプライシングと有意に関連する量的形質座位(splicing quantitative trait loci: sQTL)を網羅的に同定し、そのリソースを作成した。さらに、ゲノムワイド関連解析(genome-wide association study: GWAS)で統合失調症等と関連を認めた座位では有意にsQTLが多いこと、統合失調症とゲノムワイドな有意水準で関連する108の座位のうち4つで、関連SNPが脳sQTLとして働いていることを明らかにした(Takata et al., Nature Communications 2017)。上述の結果の一部については、他グループからの独立した研究でも同様の所見が確認された。また、自閉スペクトラム症、発達性及びてんかん性脳症を対象とした大規模バイオインフォマティクス解析を、選択的スプライシングに影響を及ぼしうるエクソン領域の変異についての検討を含めて行い、その結果を報告した(Takata et al., Cell Reports 2018、Takata et al., Nature Communications 2019 (in press))。さらに、RNA-seqデータとゲノム配列データを複合的に解析することによって、選択的スプライシングに影響を及ぼすNEBの深部イントロン変異を、ネマリンミオパチーの新規原因変異として同定した(Hamanaka et al., Genetics in Medicine 2018)。統合失調症群と健常群で選択的スプラインイベントを比較した解析では、多重検定の補正を超えて有意な差を認めるイベントは同定されなかった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

脳内で選択的スプライシングと有意に関連する量的形質座位(splicing quantitative trait loci: sQTL)のリソース作成、疾患と関連する深部イントロン変異の同定など、概ね当初の予定通り進捗している。また関連プロジェクトとして、自閉スペクトラム症、発達性及びてんかん性脳症を対象とした大規模バイオインフォマティクス解析を行い、その結果を報告した。

今後の研究の推進方策

前年度までに引き続き、選択的スプライシングに影響を及ぼすことによって疾患リスクに関与する変異の同定を目指す。そのための新たな取り組みとして、全ゲノムシーケンスデータを用いた非コード領域の変異の解析、機械学習を用いた病的変異の抽出アルゴリズムの開発などを計画している。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2019 2018

すべて 雑誌論文 (17件) (うち国際共著 1件、 査読あり 16件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] A novel homozygous truncating variant of NECAP1 in early infantile epileptic encephalopathy: the second case report of EIEE212019

    • 著者名/発表者名
      Mizuguchi Takeshi、Nakashima Mitsuko、Moey Lip H.、Ch’ng Gaik S.、Khoo Teik-Beng、Mitsuhashi Satomi、Miyatake Satoko、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Saitsu Hirotomo、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 64 ページ: 347~350

    • DOI

      10.1038/s10038-018-0556-2

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Genetic landscape of Rett syndrome-like phenotypes revealed by whole exome sequencing2019

    • 著者名/発表者名
      Iwama Kazuhiro、Mizuguchi Takeshi、Takeshita Eri et al
    • 雑誌名

      Journal of Medical Genetics

      巻: 56 ページ: 396~407

    • DOI

      10.1136/jmedgenet-2018-105775

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RNA sequencing solved the most common but unrecognized NEB pathogenic variant in Japanese nemaline myopathy2019

    • 著者名/発表者名
      Hamanaka Kohei、Miyatake Satoko、Koshimizu Eriko et al
    • 雑誌名

      Genetics in Medicine

      巻: 21 ページ: 1629~1638

    • DOI

      10.1038/s41436-018-0360-6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RALA mutation in a patient with autism spectrum disorder and Noonan syndrome-like phenotype2019

    • 著者名/発表者名
      Okamoto Nobuhiko、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Congenital Anomalies

      巻: NA ページ: NA

    • DOI

      10.1111/cga.12327

    • 査読あり
  • [雑誌論文] De novo truncating variants in PHF21A cause intellectual disability and craniofacial anomalies2018

    • 著者名/発表者名
      Hamanaka Kohei、Sugawara Yuji、Shimoji Takeyoshi、Nordtveit Tone Irene、Kato Mitsuhiro...Takata Atsushi、Iwama Kazuhiro、Alkanaq Ahmed、Fujita Atsushi、Imagawa Eri、Mizuguchi Takeshi、Miyake Noriko、Miyatake Satoko、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      European Journal of Human Genetics

      巻: 27 ページ: 378~383

    • DOI

      10.1038/s41431-018-0289-x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] SOFT syndrome in a patient from Chile2018

    • 著者名/発表者名
      Saida Ken、Silva Sebastian、Solar Benjamin、Fujita Atsushi、Hamanaka Kohei、Mitsuhashi Satomi、Koshimizu Eriko、Mizuguchi Takeshi、Miyatake Satoko、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      American Journal of Medical Genetics Part A

      巻: 179 ページ: 338~340

    • DOI

      10.1002/ajmg.a.61015

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimating contribution of rare non-coding variants to neuropsychiatric disorders2018

    • 著者名/発表者名
      Takata Atsushi
    • 雑誌名

      Psychiatry and Clinical Neurosciences

      巻: 73 ページ: 2~10

    • DOI

      10.1111/pcn.12774

    • 査読あり
  • [雑誌論文] PRUNE1-related disorder: Expanding the clinical spectrum2018

    • 著者名/発表者名
      Imagawa E.、Yamamoto Y.、Mitsuhashi S.、Isidor B.、Fukuyama T.、Kato M.、Sasaki M.、Tanabe S.、Miyatake S.、Mizuguchi T.、Takata A.、Miyake N.、Matsumoto N.
    • 雑誌名

      Clinical Genetics

      巻: 94 ページ: 362~367

    • DOI

      10.1111/cge.13385

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel SLC9A1 mutation causes cerebellar ataxia2018

    • 著者名/発表者名
      Iwama Kazuhiro、Osaka Hitoshi、Ikeda Takahiro、Mitsuhashi Satomi、Miyatake Satoko、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Ito Shuichi、Mizuguchi Takeshi、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 63 ページ: 1049~1054

    • DOI

      10.1038/s10038-018-0488-x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel SUZ12 mutations in Weaver-like syndrome2018

    • 著者名/発表者名
      Imagawa Eri、Albuquerque Edoarda V.A.、Isidor Bertrand、Mitsuhashi Satomi、Mizuguchi Takeshi、Miyatake Satoko、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Boguszewski Margaret C.S.、Boguszewski C?sar L.、Lerario Antonio M.、Funari Mariana A.、Jorge Alexander A.L.、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Clinical Genetics

      巻: 94 ページ: 461~466

    • DOI

      10.1111/cge.13415

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel missense SNAP25b mutation in two affected siblings from an Israeli family showing seizures and cerebellar ataxia2018

    • 著者名/発表者名
      Fukuda Hiroyuki、Imagawa Eri、Hamanaka Kohei、Fujita Atsushi、Mitsuhashi Satomi、Miyatake Satoko、Mizuguchi Takeshi、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Kramer Uri、Matsumoto Naomichi、Fattal-Valevski Aviva
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 63 ページ: 673~676

    • DOI

      10.1038/s10038-018-0421-3

  • [雑誌論文] Recurrent SCN3A p.Ile875Thr variant in patients with polymicrogyria2018

    • 著者名/発表者名
      Miyatake Satoko、Kato Mitsuhiro、Sawaishi Yukio、Saito Takashi、Nakashima Mitsuko、Mizuguchi Takeshi、Mitsuhashi Satomi、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Saitsu Hirotomo、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Annals of Neurology

      巻: 84 ページ: 159~161

    • DOI

      10.1002/ana.25256

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expanding the phenotype of IBA57 mutations: related leukodystrophy can remain asymptomatic2018

    • 著者名/発表者名
      Hamanaka Kohei、Miyatake Satoko、Zerem Ayelet、Lev Dorit、Blumkin Luba、Yokochi Kenji、Fujita Atsushi、Imagawa Eri、Iwama Kazuhiro、Nakashima Mitsuko、Mitsuhashi Satomi、Mizuguchi Takeshi、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Saitsu Hirotomo、van der Knaap Marjo S.、Lerman-Sagie Tally、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 63 ページ: 1223~1229

    • DOI

      10.1038/s10038-018-0516-x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biallelic COLGALT1 variants are associated with cerebral small vessel disease2018

    • 著者名/発表者名
      Miyatake Satoko、Schneeberger Sacha、Koyama Norihisa、Yokochi Kenji、Ohmura Kayo...Takata Atsushi、Miyake Noriko、Saitsu Hirotomo、Tanaka Fumiaki、Ogata Kazuhiro、Hennet Thierry、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Annals of Neurology

      巻: 84 ページ: 843~853

    • DOI

      10.1002/ana.25367

    • 査読あり
  • [雑誌論文] GRIN2D variants in three cases of developmental and epileptic encephalopathy2018

    • 著者名/発表者名
      Tsuchida Naomi、Hamada Keisuke、Shiina Masaaki、Kato Mitsuhiro、Kobayashi Yu、Tohyama Jun、Kimura Kazue、Hoshino Kyoko、Ganesan Vigneswari、Teik Keng W.、Nakashima Mitsuko、Mitsuhashi Satomi、Mizuguchi Takeshi、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Saitsu Hirotomo、Ogata Kazuhiro、Miyatake Satoko、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Clinical Genetics

      巻: 94 ページ: 538~547

    • DOI

      10.1111/cge.13454

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel CYCS mutation in the α‐helix of the CYCS C‐terminal domain causes non‐syndromic thrombocytopenia2018

    • 著者名/発表者名
      Uchiyama Yuri、Yanagisawa Kunio、Kunishima Shinji、Shiina Masaaki、Ogawa Yoshiyuki、Nakashima Mitsuko、Hirato Junko、Imagawa Eri、Fujita Atsushi、Hamanaka Kohei、Miyatake Satoko、Mitsuhashi Satomi、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Ogata Kazuhiro、Handa Hiroshi、Matsumoto Naomichi、Mizuguchi Takeshi
    • 雑誌名

      Clinical Genetics

      巻: 94 ページ: 548~553

    • DOI

      10.1111/cge.13423

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Confirmation of SLC5A7-related distal hereditary motor neuropathy 7 in a family outside Wales2018

    • 著者名/発表者名
      Hamanaka K.、Takahashi K.、Miyatake S.、Mitsuhashi S.、Hamanoue H.、Miyaji Y.、Fukai R.、Doi H.、Fujita A.、Imagawa E.、Iwama K.、Nakashima M.、Mizuguchi T.、Takata A.、Miyake N.、Takeuchi H.、Tanaka F.、Matsumoto N.
    • 雑誌名

      Clinical Genetics

      巻: 94 ページ: 274~275

    • DOI

      10.1111/cge.13369

    • 査読あり
  • [学会発表] うつ病以外の精神神経疾患のPrecision Medicineからのヒント2018

    • 著者名/発表者名
      高田 篤
    • 学会等名
      28回日本臨床精神神経薬理学会・48回日本神経精神薬理学会合同年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 精神神経疾患のrare variant解析とその解釈2018

    • 著者名/発表者名
      高田 篤
    • 学会等名
      第40回日本生物学的精神医学会
  • [学会発表] シン・ゲノム研究でdisorderをdiseaseにする試み2018

    • 著者名/発表者名
      高田 篤
    • 学会等名
      第40回日本生物学的精神医学会

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公開日: 2019-12-27  

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