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2019 年度 実績報告書

Comprehensive analysis of splicing regulation and splicing quantitative trait loci (sQTL) in brains of major psychoses

研究課題

研究課題/領域番号 16H06254
研究機関横浜市立大学

研究代表者

高田 篤  横浜市立大学, 医学部, 講師 (90643693)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
キーワード選択的スプライシング / ゲノム / 統合失調症
研究実績の概要

本研究では、脳内で選択的スプライシングと有意に関連する量的形質座位(splicing quantitative trait loci: sQTL)を網羅的に同定し、そのリソースを作成した。さらに、ゲノムワイド関連解析(genome-wide association study: GWAS)で統合失調症等と関連を認めた座位では有意にsQTLが多いこと、統合失調症とゲノムワイドな有意水準で関連する108の座位のうち4つで、関連SNPが脳sQTLとして働いていることを明らかにした(Takata et al., Nature Communications 2017)。上述の結果の一部については、他グループからの独立した研究でも同様の所見が確認された。また、自閉スペクトラム症、発達性及びてんかん性脳症を対象とした大規模バイオインフォマティクス解析を、選択的スプライシングに影響を及ぼしうるエクソン領域の変異についての検討を含めて行い、その結果を報告した(Takata et al., Cell Reports 2018、Takata et al., Nature Communications 2019)。さらに、RNA-seqデータとゲノム配列データを複合的に解析することによって、選択的スプライシングに影響を及ぼすNEBの深部イントロン変異を、ネマリンミオパチーの新規原因変異として同定した(Hamanaka et al., Genetics in Medicine 2019)。統合失調症群と健常群で選択的スプラインイベントを比較した解析では、多重検定の補正を超えて有意な差を認めるイベントは同定されなかった。また、精神神経疾患リスクに関与する、選択的スプライシング等に影響を及ぼす調節領域の変異と、タンパク質配列を変化させる変異の組み合わせについての解析を行うためのデータ整備を行った。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (19件) (うち国際共著 5件、 査読あり 18件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Gain-of-Function MN1 Truncation Variants Cause a Recognizable Syndrome with Craniofacial and Brain Abnormalities2020

    • 著者名/発表者名
      Miyake Noriko、Takahashi Hidehisa、Nakamura Kazuyuki et al
    • 雑誌名

      The American Journal of Human Genetics

      巻: 106 ページ: 13~25

    • DOI

      10.1016/j.ajhg.2019.11.011

    • 査読あり
  • [雑誌論文] De Novo Truncating Variants in the Last Exon of SEMA6B Cause Progressive Myoclonic Epilepsy2020

    • 著者名/発表者名
      Hamanaka Kohei、Imagawa Eri、Koshimizu Eriko et al
    • 雑誌名

      The American Journal of Human Genetics

      巻: 106 ページ: 549~558

    • DOI

      10.1016/j.ajhg.2020.02.011

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 精神神経疾患のレアバリアント研究2020

    • 著者名/発表者名
      高田 篤
    • 雑誌名

      医学のあゆみ

      巻: 272 ページ: 1200-1205

  • [雑誌論文] Hemorrhagic stroke and renovascular hypertension with Grange syndrome arising from a novel pathogenic variant in YY1AP12019

    • 著者名/発表者名
      Saida Ken、Kim Chong Ae、Ceroni Jos? Ricardo Magliocco、Bertola Debora Romeo、Honjo Rachel Sayuri、Mitsuhashi Satomi、Takata Atsushi、Mizuguchi Takeshi、Miyatake Satoko、Miyake Noriko、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 64 ページ: 885~890

    • DOI

      10.1038/s10038-019-0626-0

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Haploinsufficiency of A20 caused by a novel nonsense variant or entire deletion of TNFAIP3 is clinically distinct from Beh?et’s disease2019

    • 著者名/発表者名
      Tsuchida Naomi、Kirino Yohei、Soejima Yutaro、Onodera Masafumi、Arai Katsuhiro、Tamura Eiichiro、Ishikawa Takashi、Kawai Toshinao、Uchiyama Toru、Nomura Shigeru、Kobayashi Daisuke、Taguri Masataka、Mitsuhashi Satomi、Mizuguchi Takeshi、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Nakajima Hideaki、Miyatake Satoko、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Arthritis Research & Therapy

      巻: 21 ページ: -

    • DOI

      10.1186/s13075-019-1928-5

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RALA mutation in a patient with autism spectrum disorder and Noonan syndrome‐like phenotype2019

    • 著者名/発表者名
      Okamoto Nobuhiko、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Congenital Anomalies

      巻: 59 ページ: 195~196

    • DOI

      10.1111/cga.12327

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recurrent NUS1 canonical splice donor site mutation in two unrelated individuals with epilepsy, myoclonus, ataxia and scoliosis - a case report2019

    • 著者名/発表者名
      Den Kouhei、Kudo Yosuke、Kato Mitsuhiro、Watanabe Kosuke、Doi Hiroshi、Tanaka Fumiaki、Oguni Hirokazu、Miyatake Satoko、Mizuguchi Takeshi、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Mitsuhashi Satomi、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      BMC Neurology

      巻: 19 ページ: -

    • DOI

      10.1186/s12883-019-1489-x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Primary immunodeficiency with chronic enteropathy and developmental delay in a boy arising from a novel homozygous RIPK1 variant2019

    • 著者名/発表者名
      Uchiyama Yuri、Kim Chong A、Pastorino Antonio Carlos、Ceroni Jos?、Lima Patricia Picciarelli、de Barros Dorna Mayra、Honjo Rachel Sayuri、Bertola D?bora、Hamanaka Kohei、Fujita Atsushi、Mitsuhashi Satomi、Miyatake Satoko、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Mizuguchi Takeshi、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 64 ページ: 955~960

    • DOI

      10.1038/s10038-019-0631-3

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel homozygous truncating variant of NECAP1 in early infantile epileptic encephalopathy: the second case report of EIEE212019

    • 著者名/発表者名
      Mizuguchi Takeshi、Nakashima Mitsuko、Moey Lip H.、Ch’ng Gaik S.、Khoo Teik-Beng、Mitsuhashi Satomi、Miyatake Satoko、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Saitsu Hirotomo、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 64 ページ: 347~350

    • DOI

      10.1038/s10038-018-0556-2

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Comprehensive analysis of coding variants highlights genetic complexity in developmental and epileptic encephalopathy2019

    • 著者名/発表者名
      Takata Atsushi、Nakashima Mitsuko、Saitsu Hirotomo et al
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s41467-019-10482-9

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] MYRF haploinsufficiency causes 46,XY and 46,XX disorders of sex development: bioinformatics consideration2019

    • 著者名/発表者名
      Hamanaka Kohei、Takata Atsushi、Uchiyama Yuri et al
    • 雑誌名

      Human Molecular Genetics

      巻: 28 ページ: 2319~2329

    • DOI

      10.1093/hmg/ddz066

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel de novo frameshift variant in SETD1B causes epilepsy2019

    • 著者名/発表者名
      Den Kouhei、Kato Mitsuhiro、Yamaguchi Tokito、Miyatake Satoko、Takata Atsushi、Mizuguchi Takeshi、Miyake Noriko、Mitsuhashi Satomi、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 64 ページ: 821~827

    • DOI

      10.1038/s10038-019-0617-1

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic landscape of Rett syndrome-like phenotypes revealed by whole exome sequencing2019

    • 著者名/発表者名
      Iwama Kazuhiro、Mizuguchi Takeshi、Takeshita Eri et al
    • 雑誌名

      Journal of Medical Genetics

      巻: 56 ページ: 396~407

    • DOI

      10.1136/jmedgenet-2018-105775

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RNA sequencing solved the most common but unrecognized NEB pathogenic variant in Japanese nemaline myopathy2019

    • 著者名/発表者名
      Hamanaka Kohei、Miyatake Satoko、Koshimizu Eriko et al
    • 雑誌名

      Genetics in Medicine

      巻: 21 ページ: 1629~1638

    • DOI

      10.1038/s41436-018-0360-6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pathogenic variants of DYNC2H1, KIAA0556, and PTPN11 associated with hypothalamic hamartoma2019

    • 著者名/発表者名
      Fujita Atsushi、Higashijima Takefumi、Shirozu Hiroshi、Masuda Hiroshi、Sonoda Masaki、Tohyama Jun、Kato Mitsuhiro、Nakashima Mitsuko、Tsurusaki Yoshinori、Mitsuhashi Satomi、Mizuguchi Takeshi、Takata Atsushi、Miyatake Satoko、Miyake Noriko、Fukuda Masafumi、Kameyama Shigeki、Saitsu Hirotomo、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Neurology

      巻: 93 ページ: e237~e251

    • DOI

      10.1212/WNL.0000000000007774

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive genetic analysis of 57 families with clinically suspected Cornelia de Lange syndrome2019

    • 著者名/発表者名
      Aoi Hiromi、Mizuguchi Takeshi、Ceroni Jos? Ricard et al
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 64 ページ: 967~978

    • DOI

      10.1038/s10038-019-0643-z

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Comparison of mitochondrial DNA variants detection using short- and long-read sequencing2019

    • 著者名/発表者名
      Alkanaq Ahmed N.、Hamanaka Kohei、Sekiguchi Futoshi、Taguri Masataka、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Miyatake Satoko、Mizuguchi Takeshi、Matsumoto Naomichi
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 64 ページ: 1107~1116

    • DOI

      10.1038/s10038-019-0654-9

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic abnormalities in a large cohort of Coffin?Siris syndrome patients2019

    • 著者名/発表者名
      Sekiguchi Futoshi、Tsurusaki Yoshinori、Okamoto Nobuhiko et al
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 64 ページ: 1173~1186

    • DOI

      10.1038/s10038-019-0667-4

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Recapitulation and Reversal of Schizophrenia-Related Phenotypes in Setd1a-Deficient Mice2019

    • 著者名/発表者名
      Mukai Jun、Cannav? Enrico、Crabtree Gregg W.、Sun Ziyi、Diamantopoulou Anastasia、Thakur Pratibha、Chang Chia-Yuan、Cai Yifei、Lomvardas Stavros、Takata Atsushi、Xu Bin、Gogos Joseph A.
    • 雑誌名

      Neuron

      巻: 104 ページ: 471~487.e12

    • DOI

      10.1016/j.neuron.2019.09.014

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 精神科プレシジョンメディスンとPGx 精神疾患のプレシジョン・メディシン 今できること、できないこと、なすべきこと2019

    • 著者名/発表者名
      高田 篤
    • 学会等名
      日本臨床精神神経薬理学会・日本神経精神薬理学会合同年会
  • [学会発表] ゲノムで変わる!? 精神疾患の診断と治療2019

    • 著者名/発表者名
      高田 篤
    • 学会等名
      日本生物学的精神医学会
  • [学会発表] Single-gene diseases among complex neuropsychiatric disorders and genetic complexity in supposed single-gene neurodevelopmental diseases2019

    • 著者名/発表者名
      高田 篤
    • 学会等名
      PSTC Japan Safety Biomarker Conference
    • 国際学会
  • [学会発表] 自閉スペクトラム症(ASD)の遺伝子解析2019

    • 著者名/発表者名
      高田 篤
    • 学会等名
      生理学若手サマースクール
  • [備考] 発達性およびてんかん性脳症(DEE)が 単純なメンデル型遺伝病の集合体ではないことを発見

    • URL

      https://www.yokohama-cu.ac.jp/news/2019/201906matsumoto_NC_n.html

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公開日: 2021-01-27  

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