先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

2016 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 16H06279
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 小原 雄治 国立遺伝学研究所, 系統生物研究センター, 特任教授 (70135292)
• 研究分担者: 黒川 顕 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (20343246) ; 豊田 敦 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 特任教授 (10267495) ; 鈴木 穣 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40323646) ; 林 哲也 九州大学, 大学院医学研究院, 教授 (10173014) ; 伊藤 武彦 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90501106)
• 研究期間 (年度): 2016 – 2021
• キーワード: 次世代DNAシーケンサー / 新規ゲノム配列決定 / リシーケンシング / エピゲノム / RNA-Seq / 1細胞解析 / メタゲノム解析 / スーパーコンピューター

研究実績の概要

①総括支援活動では、支援課題の公募を行い、領域外委員を多数とする審査委員会により選考し支援を行った。応募245件、採択95件(採択率38.8%)であった。
②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動においては、1)長鎖シーケンシングのためにSequel (PacBio)、2)ハプロタイプ解析・フィニッシングのためにクロミウム、GemCodeシステム(10XGenomics)、Irysテクノロジー(BidNano Genomics)、3) 1分子シーケンシングのためにMInION(Oxford Nanopore)、4) 1細胞解析のためにC1システム(Fluidigm)の試行や条件検討を行い、技術支援者の訓練も進めて、支援に使えるように努めた。
③高度情報解析支援ネットワーク活動においては、A) 基盤的解析パイプラインによる支援と高度化開発として、DDBJ解析ワークフロー「Pitagora-Galaxy」の実装、微生物ゲノムアノテーションパイプライン「DFAST」の開発、B) 総合的ゲノムアノテーションの支援と高度化開発として、真核生物ゲノムアセンブリ結果評価ツール「CEGMA」の開発、オーソログ遺伝子解析ツール「SonicParanoid」の開発、ミニアライメントツール「minialign」の開発、メタゲノムアセンブリツール「metaplatanus」の開発、Illumina+PacBioハイブリッドアセンブリツールの開発、アンプリコンメタゲノムクラスタリングツール「SaturnCluster」の開発、メニーコア超高速相同性検索ツール「PZLAST」の開発、C) 多層統合ゲノム情報解析技術を駆使した支援と高度化開発として、MiniIONでのRNA-seq解析技術の開発、TC conversionを考慮に入れた検索ツール「LAST」の拡張、3C解析技術の高度化、を進めた。成果論文欄には支援による成果と支援技術高度化等の関連成果論文を挙げた。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

・研究支援代表の下、研究支援分担者21名、連携研究支援者26名、総勢48名の班員が全国16の大学・研究機関(部局数は25)から参加して支援体制を構築した。また、国立遺伝学研究所を中核機関とし、参加する班員が所属する主な機関を連携機関とする連携ネットワークを形成して、機関の支援を受けられるように連携機関間で連携協定を締結した。
・以上の体制のもと、支援課題公募を行い、245件の応募があり、領域外委員を多数とする審査委員会において経費等の制限から95件を採択し、支援公募を行った。採択課題の支援技術分類は ; 新規ゲノム決定 : 14件、変異解析 : 25件、修飾解析 : 25件、RNA解析 : 58件、メタゲノム解析等 : 4件、超高感度解析 : 22件、情報解析のみ : 3件、合計151(採択1件あたり複数の技術支援がある)であり、多様な技術の提供ができた。初年度のため開始が少し遅れたが、一部試料準備ができないケースもあるが、データ産出はほぼすべて終了した。
・支援技術の高度化のための活動も大規模DNAシーケンシング支援、高度情報解析支援共に進めることができた。

今後の研究の推進方策

・できる限り多くの優れた課題の支援を行うべく、効率化と支援技術の高度化を進める。ゲノム解析は技術進展のスピードが特に速く、2-3年で解析手法が様変わりするからである。これに適切に対応し、最新の手法・技術を提供することが本プラットフォームに最重要であり、新たなDNAシーケンシング技術の導入・開発、目的に沿った情報解析技術の開発と整備が中心になる。
・現状は経費の制限から支援課題採択率は40%弱にとどまっており、より多い課題の支援やすそ野拡大への要望が高い。一方でゲノム解析においては一定規模以上で支援しないと意味のある結果が出ないことも多い。これらのバランスをとるためには様々な工夫が必要であり、利用料一部徴収も含めた検討を続ける。その場合、若手等の意欲をそがずに、最新の技術を提供できる機会を増やすことが最重要と考えている。
・大量データ解析の支援要望はますます増加していることから、解析パイプラインの整備とともに、情報解析講習会を開催していく。

研究成果

• [国際共同研究] USDepartment of Energy Joint Genome Institute/University of California at Berkley/National Cancer Institute(米国)
  • 国名: 米国
  • 外国機関名: USDepartment of Energy Joint Genome Institute/University of California at Berkley/National Cancer Institute
  • 他の機関数: 18
• [国際共同研究] University of Calgary/University of Western Ontario(Canada)
  • 国名: カナダ
  • 外国機関名: University of Calgary/University of Western Ontario
• [国際共同研究] Sam Ratulangi University(Indonesia)
  • 国名: インドネシア
  • 外国機関名: Sam Ratulangi University
• [国際共同研究] Mahidol University(Thailand)
  • 国名: タイ
  • 外国機関名: Mahidol University
• [国際共同研究] Radboud University(オランダ)
  • 国名: オランダ
  • 外国機関名: Radboud University
• [国際共同研究]
  • 他の国数: 9
• [雑誌論文] Evolutionary acquisition of promoter-associated non-coding RNA (pancRNA) repertoires diversifies species-dependent gene activation mechanisms in mammals. (2017)
  • 著者名/発表者名: Masahiro Uesaka, Kiyokazu Agata, Takao Oishi, Kinichi Nakashima, Takuya Imamura
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 18 ページ: 285
  • DOI: 10.1186/s12864-017-3662-1
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Function and evolution of a Lotus japonicus AP2/ERF family transcription factor that is required for development of infection threads. (2017)
  • 著者名/発表者名: Koji Yano, Seishiro Aoki, Meng Liu, Yosuke Umehara, Norio Suganuma, Wataru Iwasaki, Shusei Sato, Takashi Soyano, Hiroshi Kouchi and Masayoshi Kawaguchi.
  • 雑誌名: DNA Research 巻: 24 ページ: 193-203
  • DOI: 10.1093/dnares/dsw052
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Constitutive centromere-associated network controls centromere drift in vertebrate cells. (2017)
  • 著者名/発表者名: Hori T, Kagawa N, Toyoda A, Fujiyama A, Misu S, Monma N, Makino F, Ikeo K, Fukagawa T.
  • 雑誌名: J Cell Biol. 巻: 216 ページ: 101-113
  • DOI: 10.1083/jcb.201605001
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Multiple Independent Changes in Mitochondrial Genome Conformation in Chlamydomonadalean Algae. (2017)
  • 著者名/発表者名: Takashi Hamaji, Hiroko Kawai Toyooka, Atsushi Toyoda, Yohei Minakuchi, Masahiro Suzuki, Asao Fujiyama, Hisayoshi Nozaki and David Roy Smith.
  • 雑誌名: Genome Biol Evol. 巻: 9 号: 4 ページ: 993-999
  • DOI: 10.1093/gbe/evx060
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Differential Binding of Three Major Human ADAR Isoforms to Coding and Long Non-Coding Transcripts. (2017)
  • 著者名/発表者名: Josephine Galipon, Rintaro Ishii, Yutaka Suzuki, Masaru Tomita, and Kumiko Ui-Tei.
  • 雑誌名: Genes(Basel). 巻: 8 号: 2 ページ: 68
  • DOI: 10.3390/genes8020068
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Comprehensive genetic exploration of selective tooth agenesis of mandibular incisors by exome sequencing. (2017)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi T, Hosomichi K, Yano K, Kim YI, Nakaoka H, Kimura R, Otsuka H, Nonaka N, Haga S, Takahashi M, Shirota T, Kikkawa Y, Yamada A, Kamijo R, Park SB, Nakamura M, Maki K, Inoue I.
  • 雑誌名: Hum Genome Var. 巻: 4 ページ: 17005
  • DOI: 10.1038/hgv.2017.5.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] GWAS of clinically defined gout and subtypes identifies multiple susceptibility loci that include urate transparter genes. (2017)
  • 著者名/発表者名: Nakayama A, Nakaoka H, Ito T, Inoue I, Matsuo H, et al.
  • 雑誌名: Ann Rheum Dis 巻: 76 ページ: 869-877
  • DOI: 10.1136/annrheumdis-2016-209632
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Clinical implications of SCN1A missense and truncation variants in a large Japanese cohort with Dravet syndrome. (2017)
  • 著者名/発表者名: Ishii A, Watkins JC, Chen D, Hirose S, Hammer MF.
  • 雑誌名: Epilepsia. 巻: 58 号: 2 ページ: 282-290
  • DOI: 10.1111/epi.13639.
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A de novo missense mutation of GABRB2 causes early myoclonic encephalopathy. (2017)
  • 著者名/発表者名: Ishii A, Kang JQ, Schornak CC, Hernandez CC, Shen W, Watkins JC, Macdonald RL, Hirose S.
  • 雑誌名: J Med Genet. 巻: 54 号: 3 ページ: 202-211
  • DOI: 10.1136/jmedgenet-2016-104083.
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] ADARB1 catalyzes circadian A-to-I editing and regulates RNA rhythm. (2017)
  • 著者名/発表者名: Hideki Terajima, Hikari Yoshitane, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Shigeki Shimba, Shinya Kuroda, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada.
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 49 ページ: 146-151
  • DOI: 10.1038/ng.3731
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rapid and cost effective high-throughput sequencing for identification of germline mutation of BRCA1 and BRCA2 (2017)
  • 著者名/発表者名: Ahmadloo S, Nakaoka H, Hayano T, Hosomichi K, You H, Utsuno E, Sangai T, Nishimura M, Matsushita K, Hata A, Nomura F, Inoue I.
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 62 ページ: 561-567
  • DOI: 10.1038/jhg.2017.5
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Training alignment parameters for arbitrary sequencers with LAST-TRAIN. (2017)
  • 著者名/発表者名: Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Martin CFrith.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 33 号: 6 ページ: 926-928
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btw742
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genetic polymorphisms in Plasmodium falciparum chloroquine resistance genes, pfcrt and pfmdr1, in North Sulawesi, Indonesia (2017)
  • 著者名/発表者名: Patrick Reteng, Visia Vrisca, Inka Sukarno, Ilham Habib Djarkoni, Jane Angela Kalangi, George Eduardo Jacobs, Lucky Ronald Runtuwene, Yuki Eshita, Ryuichiro Maeda, Yutaka Suzuki, Arthur Elia Mongan, Sarah Maria Warouw, Junya Yamagishi and Josef Tuda.
  • 雑誌名: BMC Res Notes 巻: 10 ページ: 147
  • DOI: 10.1186/s13104-017-2468-1
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] 改正個人情報保護法でゲノム研究はどう変わるか? (2017)
  • 著者名/発表者名: 清水佳奈, 山本奈津子, 川嶋実苗, 片山俊明, 荻島創一
  • 雑誌名: 実験医学 巻: 35 号: 4 ページ: 600-605
• [雑誌論文] Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis. (2016)
  • 著者名/発表者名: Session AM, Toyoda A, Suzuki Y, Fujiyama A, Taira M, et al.
  • 雑誌名: Nature 巻: 538 ページ: 336-343
  • DOI: 10.1038/nature19840
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A case of succinic semialdehyde dehydrogenase deficiency with status epilepticus and rapid regression. (2016)
  • 著者名/発表者名: Horino A, Kawawaki H, Fukuoka M, Tsuji H, Hattori Y, Inoue T, Nukui M, Kuki I, Okazaki S, Tomiwa K, Hirose S.
  • 雑誌名: Brain Dev. 巻: 38 号: 9 ページ: 866-70
  • DOI: 10.1016/j.braindev.2016.03.010.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitochondrial Genome Sequences of Four Strains of the Bloom-Forming Raphidophyte Heterosigma akashiw (2016)
  • 著者名/発表者名: Ogura Y, Nakayama N, Hayashi T, Ueki S.
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 4 号: 6 ページ: e01288-16
  • DOI: 10.1128/genomeA.01288-16.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of a Phycodnavirus, Heterosigma akashiwo Virus Strain 53. (2016)
  • 著者名/発表者名: Ogura Y, Hayashi T, Ueki S.
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 4 号: 6 ページ: e01279-16
  • DOI: 10.1128/genomeA.01279-16.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Klebsiella oxytoca Strain JKo3. (2016)
  • 著者名/発表者名: Iwase T, Ogura Y, Hayashi T, Mizunoe Y.
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 4 号: 6 ページ: e01221-16
  • DOI: 10.1128/genomeA.01221-16.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Phylogenetic Analysis of Enteroaggregative Escherichia coli Sequence Type 131. (2016)
  • 著者名/発表者名: Imuta N, Ooka T, Seto K, Kawahara R, Koriyama T, Kojyo T, Iguchi A, Tokuda K, Kawamura H, Yoshiie K, Ogura Y, Hayashi T, Nishi J.
  • 雑誌名: J Chin Microbiol. 巻: 54 号: 8 ページ: 2128-34
  • DOI: 10.1128/JCM.00711-16.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Klebsiella pneumoniae YH43. (2016)
  • 著者名/発表者名: Iwase T, Ogura Y, Hayashi T, Mizunce Y.
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 4 号: 2 ページ: e00242-16
  • DOI: 10.1128/genomeA.00242-16.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory, Ipomoea nil. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hoshino A, Jayakumar V, Toyoda A, Noguchi H, Itoh T, Seki M, Kohara Y, Suzuki Y, Sugano S, Fujiyama A, Sakakibara Y, et al.
  • 雑誌名: Nat Commun, 巻: 7 ページ: 13295
  • DOI: 10.1038/ncomms13295
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Comprehensive microbiome analysis of tonsillar crypts in IgA nephropathy. (2016)
  • 著者名/発表者名: Watanabe H, Goto S, Mori H, Higashi K, Hosomichi K, Takanashi N, Aizawa N, Yamada T, Inoue I, Kurokawa K, Narita I.
  • 雑誌名: Nephrol Dial Transplant. ページ: pii:gfw343
  • DOI: 10.1093/ndt/gfw343
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogenomics and Morphology of Extinct Paleognaths Reveal the Origin and Evolution of the Ratites. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yonezawa T, Segawa T, Mori H, Campos PF, Hongoh Y, Endo H, Akiyoshi A, Manabe M, Kohno N, Nishida S, Wu J, Jin H, Kishino H, Kurokawa K, Yoshifumi N, Tanabe H, Mukoyama H, Yoshida K, Rasoamiaramanana A, Yamagishi S, Hayashi Y, Yoshida A, Koike H, Akishinonomiya F, Willerslev E, Hasegawa M.
  • 雑誌名: Current Biology 巻: 27 号: 1 ページ: 66-77
  • DOI: 10.1016/j.cub.2016.10.029.
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Control of transcriptional pausing by biased thermal fluctuations on repetitive genomic sequences. (2016)
  • 著者名/発表者名: Imashimizu M, Afek A, Takahashi H, Lubkowska L, Lukatsky DB.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 巻: 113 号: 47 ページ: E7409-E7417
  • DOI: 10.1073/pnas.1607760113
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] AgIn : measuring the landscape of CpG methylation ofindividual repetitive elements. (2016)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Y, Korlach J, Turner SW, Tsukahara T, Taniguchi J, Qu W, Ichikawa K, Yoshimura J, Yurino H, Takahashi Y, Mitsui J, Ishiura H, Tsuji S, Takeda H, Morishita S.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 32 号: 19 ページ: 2911-2919
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btw360
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Assessing Cell-to-Cell DNA Methylation Variability on Individual Long Reads. (2016)
  • 著者名/発表者名: Qu W, Tsukahara T, Nakamura R, Yurino H, Hashimoto S, Tsuji S, Takeda H, Morishita S.
  • 雑誌名: Sci Rep. 巻: 6 ページ: 21317
  • DOI: 10.1038/srep21317
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Parallel mitogenome sequencing alleviates random rooting effect in phylogeography. (2016)
  • 著者名/発表者名: Shotaro Hirase, Hirohiko Takeshima, Mutsumi Nishida, and Wataru Iwasaki.
  • 雑誌名: Genome Biology and Evolution 巻: 8 ページ: 1267-1278
  • DOI: 10.1093/gbe/evw063
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Structural mechanism for light-driven transport by a new type of chloride ion pump, Nonlabens marinus rhodopsin-3. (2016)
  • 著者名/発表者名: Toshiaki Hosaka, Susumu Yoshizawa, Yu Nakajima, Noboru Ohsawa, Masakatsu Hato, Edward F, DeLong, Kazuhiro Kogure, Shigeyuki Yokoyama, Tomomi Kimura-Someya, Wataru Iwasaki, and Mikako Shirouzu.
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: 291 ページ: 17488-17495
  • DOI: 10.1074/jbc.M116.728220
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Metagenomics and bioinformatics in microbial ecology : Current status and beyond. (2016)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Hiraoka, Ching-chia Yang, and Wataru Iwasaki.
  • 雑誌名: Microbes and Environments 巻: 31 ページ: 204-212
  • DOI: 10.1264/jsme2ME16024
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Flexible selection of diversified Na+/K+ATPase α-subunit isoforms for osmoregulation in teleosts. (2016)
  • 著者名/発表者名: Marty Kwok-Shing Wong, Supriya Pipil, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, and Yoshio Takei.
  • 雑誌名: Zoological Letters 巻: 2 ページ: 15
  • DOI: 10.1186/s40851-016-0050-7
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Global deceleration of gene evolution following recent genome hybridizations in fungi. (2016)
  • 著者名/発表者名: Sira Sriswasdi, Masako Takashima, Ri-ichiroh Manabe, Moriya Ohkuma, Takashi Sugita, and Wataru Iwasaki.
  • 雑誌名: Genome Research 巻: 26 ページ: 1081-1090
  • DOI: 10.1101/gr.205948.116
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Germline variants of prostate cancer in Japanese families. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hayano T, Matsui H, Ohtake N, Hosomichi K, Suzuki K, Inoue I.
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 11 ページ: e0164233
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0164233.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Allelic imbalance in regulation of ANRIL through chromatin interaction at 9p21 endometriosis risk locus. (2016)
  • 著者名/発表者名: Nakaoka H, Gurumurthy A, Hayano T, Ahmadloo S, Omer WH, Yoshihara K, Yamamoto A, Kurose K, Enomoto T, Akira S, Hosomichi K, Inoue I.
  • 雑誌名: PLOS Genet 巻: 12 号: 4 ページ: e1005893
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1005893.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Rtools : a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences. (2016)
  • 著者名/発表者名: Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 44(W1) ページ: W302-W307
  • DOI: 10.1093/nar/gkw337
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Improved Aocuracy in RNA-Protein Rigid Body Docking by Incorporating Force Field for Molecular Dynamics Simulation into the Scoring Function. (2016)
  • 著者名/発表者名: Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda.
  • 雑誌名: J. Chem Theory Comput. 巻: 12 号: 9 ページ: 4688-4697
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00254
  • 査読あり
• [雑誌論文] DFAST and DAGA : web-based integrated genome annotation tools and resources (2016)
  • 著者名/発表者名: Tanizawa Y, Fujisawa T, Kamimuma E, Nakamura Y, Arita M.
  • 雑誌名: Bioscience of Microbiota, Food and Health 巻: 35 号: 4 ページ: 173-184
  • DOI: 10.12938/bmfh.16-003
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] An algorithm for aligning and clustering read mapping profiles of deep sequencing in non-coding RNA processing. (2016)
  • 著者名/発表者名: Tsuchiya M, Amano K, Abe M, Seki M, Hase S, Sato K, Sakakibara Y.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 32 号: 12 ページ: i369-i377
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btw273
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Challenges raised by gene editing. (2016)
  • 著者名/発表者名: Kazuto Kato.
  • 雑誌名: Issues in Science and Technoogy, 巻: XXXⅡ 号: 4
• [雑誌論文] ヒトゲノムデータの保護と利用に向けた仕組みづくり (2016)
  • 著者名/発表者名: 加藤和人, 山本奈津子
  • 雑誌名: 実験医学 巻: 34 号: 16 ページ: 2670-2671
• [雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法 第6回ゲノムアセンブリ (2016)
  • 著者名/発表者名: 谷澤 靖洋、神沼 英里、中村 保一、清水 謙多郎、門田 幸二
  • 雑誌名: Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria 巻: 27 号: 1 ページ: 41-52
  • DOI: 10.4109/jslab.27.41
  • オープンアクセス
• [学会発表] Towards Better Genome Annotation. (2017)
  • 著者名/発表者名: Yasuhiro Tanizawa and Yasukazu Nakamura
  • 学会等名: Symposium on "Genome Evolution at Mishima"(GEM)
  • 発表場所: 三島
  • 年月日: 2017-03-27 – 2017-03-29
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Nanopore sequencing for convenient RNA Seq analysis (2017)
  • 著者名/発表者名: Masahide Seki, Eri Katsumata, Yutaka Suzuki
  • 学会等名: Advances in Genome Biology and Technology 2017 General Meeting
  • 発表場所: Florida, USA
  • 年月日: 2017-02-13 – 2017-02-16
  • 国際学会
• [学会発表] 個人情報保護法の改正について(パネリストとして話題提供) (2017)
  • 著者名/発表者名: 山本奈津子
  • 学会等名: 文部科学省新学術領域 市民公開シンポジウム「生命科学研究の最前線～いのちのしくみに迫り、健康を守る～
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2017-01-15
  • 招待講演
• [学会発表] Recent Iegislative efforts to balance the use of large-scale personal genomic data and the protection of privacy in Japan. (2017)
  • 著者名/発表者名: Natsuko Yamamoto
  • 学会等名: Advanced Genome Science International Symposium “The start of new genomics”
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2017-01-11
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Bacterial genome annotation web-platform DFAST-Toward faster genome publication. (2017)
  • 著者名/発表者名: Yasuhiro Tanizawa and Yasukazu Nakamura
  • 学会等名: Advanced Genome Science International Symposium “The Start of New Genomics”
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2017-01-10 – 2017-01-11
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Nanopore sequencing for genotyping pathogens of tropical diseases (2016)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Suzuki
  • 学会等名: Joint International Tropical Medicine Meeting 2016
  • 発表場所: Bangkok, Thailand
  • 年月日: 2016-12-07 – 2016-12-09
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] ゲノム情報の改正個人情報保護法上の位置づけに関する考察 (2016)
  • 著者名/発表者名: 山本奈津子, 川嶋実苗, 藤田卓仙
  • 学会等名: 第36回医療情報学連合大会(第17回日本医療情報学会学術大会)
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2016-11-21 – 2016-11-24
• [学会発表] 個人情報保護法改正の影響を考える(ワークショップのオーガナイザーとして。学会論文集は以下の著者で執筆) (2016)
  • 著者名/発表者名: 藤田卓仙, 荻島創一, 三井純, 鈴木穣, 上原哲太郎, 山本奈津子, 川嶋実苗, 鈴木正朝
  • 学会等名: 第36回医療情報学連合大会(第17回日本医療情報学会学術大会)
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2016-11-21 – 2016-11-24
• [学会発表] EUデータ保護の動向(パネリストとして話題提供) (2016)
  • 著者名/発表者名: 山本奈津子
  • 学会等名: 第5回生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2016-09-29
  • 招待講演
• [学会発表] Genomic data sharing in East Asia-Current status in Japan- (2016)
  • 著者名/発表者名: Kazuto Kato
  • 学会等名: 12th ICGC meeting
  • 発表場所: Boston, USA
  • 年月日: 2016-09-20
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Algorithms on Marginal Distributions of RNA Secondary Structures, (2016)
  • 著者名/発表者名: Kiyoshi Asai
  • 学会等名: ALGO2016
  • 発表場所: Aarhus University, Denmark
  • 年月日: 2016-08-23
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Rtools : a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences, (2016)
  • 著者名/発表者名: Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai,
  • 学会等名: RNA2016
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2016-06-29 – 2016-06-30
  • 国際学会
• [学会発表] シングルセル解析～トランスクリプトームから多層オミクス解析へ (2016)
  • 著者名/発表者名: 鈴木穣
  • 学会等名: アジレントゲノミクスフォーラム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2016-06-10
  • 招待講演
• [学会発表] Genomic Medicine in Japan : Recent Changes in the Government Policy, and New Ethical and Legal Challenges (2016)
  • 著者名/発表者名: Kazuto Kato.
  • 学会等名: Precision Medicine : Legal and Ethical Challenges
  • 発表場所: 香港
  • 年月日: 2016-04-08
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Revisions of Japanese Personal Data Protection Laws and Challenges in Promoting Biomedical Research Using Human Genetic/Genomic Data (2016)
  • 著者名/発表者名: Natsuko Yamamoto
  • 学会等名: The 13th International Congress of Human Genetics (ICGC2016)
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2016-04-06
  • 国際学会
• [学会発表] ELSI practices and regulations for collaboration and public participation in personal genome research. (2016)
  • 著者名/発表者名: Kazuto Kato.
  • 学会等名: The 13th International Congress of Human Genetics (ICGC2016)
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2016-04-05
  • 国際学会
• [図書] 実験医学別冊NGSアプリケーションRNA-Seq実験ハンドブック (2016)
  • 著者名/発表者名: 鈴木穣 編
  • 総ページ数: 282
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 実験医学増刊 「RNA-Seq実験ハンドブック」 (2016)
  • 著者名/発表者名: 森下真一
  • ページ: 236-241
  • 総ページ数: 282
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 遺伝子医学MOOK別冊「最新精神・神経遺伝医学研究と遺伝カウンセリング」 (2016)
  • 著者名/発表者名: 森下真一
  • ページ: 51-60
  • 総ページ数: 308
  • 出版者: 株式会メディカル ドゥ
• [図書] 実験医学別冊「メタゲノム解析実験ハンドブック」 (2016)
  • 著者名/発表者名: 鈴木慶彦、森下真一
  • ページ: 149-155
  • 総ページ数: 231
  • 出版者: 羊土社
• [備考] minialign
  • URL: https://github.com/ocxtal/minialign
• [備考] EAGLE
  • URL: https://github.com/tony-kuo/eagle
• [備考] LAST-TRAIN
  • URL: http://last.cbrc.jp/
• [備考] Rtools
  • URL: http://rtools.cbrc.jp
• [備考] SHARAKU
  • URL: http://www.dna.bio.keio.ac.jp/sharaku/
• [備考] DFAST
  • URL: https://dfast.nig.ac.jp
• [備考] DNApod
  • URL: http://tga.nig.ac.jp/dnapod/
• [備考] libgaga
  • URL: https://github.com/ocxtal/libgaba
• [備考] taw(Tiny Amazon Wrapper)
  • URL: https://github.com/mkasa/taw/
• [備考] Mudi
  • URL: http://naoii.nig.ac.jp/mudi_top.html
• [備考] DDBJ pipeline
  • URL: https://p.ddbj.nig.ac.jp/
• [備考] Local Package Manager
  • URL: https://lpm.bio/
• [備考] DBTSS
  • URL: http://dbtss.hgc.jp/
• [備考]
• [備考]
• [産業財産権] 次世代シーケンサーを用いた迅速な遺伝子検索方法 (2017)
  • 発明者名: 中岡博史、井ノ上逸朗
  • 権利者名: 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構
  • 産業財産権種類: 特願
  • 産業財産権番号: 特願2017-6314
  • 出願年月日: 2017-01-17
• [産業財産権] 情報処理システム、情報処理方法、及びプログラム (2017)
  • 発明者名: 黒川顕、東光一、森宙史
  • 権利者名: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構
  • 産業財産権種類: 特願
  • 産業財産権番号: 特願2017-12340
  • 出願年月日: 2017-01-26
• [学会・シンポジウム開催] 国際シンポジウム"The Start of New Genomics" (2017)
  • 発表場所: 東京大学伊藤謝恩ホール(東京)
  • 年月日: 2017-01-10 – 2017-01-11