• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2019 年度 実績報告書

ヒトゲノム編集細胞を使った、化学物質の薬理作用・有害性を解析するシステムの構築

研究課題

研究課題/領域番号 16H06306
研究機関京都大学

研究代表者

武田 俊一  京都大学, 医学研究科, 教授 (60188191)

研究分担者 笹沼 博之  京都大学, 医学研究科, 准教授 (00531691)
Brown John  京都大学, 医学研究科, 講師 (90583188)
廣田 耕志  首都大学東京, 理学研究科, 教授 (00342840)
安井 学  国立医薬品食品衛生研究所, 変異遺伝部, 室長 (50435707)
研究期間 (年度) 2016-05-31 – 2021-03-31
キーワードトキシコロジー / 人体有害物質 / 遺伝毒物学 / 発がん物質 / 変異原 / TK6細胞 / ケモインフォマティクス
研究実績の概要

本研究の第一の目的は、化学物質審査規制法(化審法)で規定された変異原性検出試験の感度を改善し、世界標準の変異原性検出試験法を樹立することにある。感度改善は、ヒトTK6細胞(OECDガイドラインと化審法で推奨)由来の、DNA修復酵素欠損株を作製・利用して達成する。第二の研究目的は、変異原性の作用機序を迅速に分類分けする手法を創ることにある。分類分けは、in silico の変異原性検出手法の開発に貢献する。第三に、in silico の変異原性検出手法の手法を開発する。最後に、我々がDNA修復酵素欠損株を使って発見した、DNA毒性・変異原性の新たな作用機序を解明する。
我々は、TK変異試験(化審法に規定)の感度を5倍上られるDNA修復酵素欠損TK6株を創った(Ibrahim MA et al., 2020)。感度を上昇させることができるTK6株を創るだけでなく、化審法に規定された手法を使い、作用機序を迅速に分類分けできるTK6株も創った(TK6コンソーシアムのwebサイトに公開)。in silico の変異原性検出手法の開発した(Polash AH. Et al., 2019; Nakano T. et al., 2020)。DNA毒性・変異原性の新たな作用機序を解明することについては、以下の成果があった。リボヌクレオチド(RNA合成の基質)が間違ってDNAに取込まれた時に、ヌクレオチド除去修復がそのリボヌクレオチドをDNAから除去することを発見した(Sassa A et al., 2019)。電離放射線照射はゲノムを切断しかつその切断端には多様な化学修飾ができる。この化学修飾を除去する酵素群を同定した(Akagawa R. et al., 2020)。また男性ホルモンの前立腺に対する強いDNA毒性を発見した(Mahmud RA. et al., 2020)。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

4つの理由を以下に説明する。
1) 我々は、xpa/xrcc1 二重破壊TK6株を創り(Ibrahim MA et al., 2020)、そして菌を使うエイムス試験では陽性を示すが、哺乳類細胞を用いる変異原性検出試験では陰性を示す、従来、変異原性偽陽性と一応説明されてきた化学物質の変異原性を証明した。本研究の意義は以下の通りである。行政や化学産業のニーズは、AIにより新規化合物の化学構造から変異原性を予測することである。この予測(QSARと呼ばれる)実現には、質の高い学習データが必要である。AIの学習データには本間正充博士(分担研究者の安井博士の直接の上司)が収集したエイムス試験の結果(~20,000化合物)が全世界で使われている。二重破壊TK6株を使ったTK試験により「従来、変異原性偽陽性と一応説明されてきた化学物質」が変異原性陽性であることが証明できた。この成果は、全世界で使われるQSARの性能向上に貢献する。
2) in silico の変異原性検出手法について2報論文発表した。
3) DNA二重鎖切断は、放射線被曝で生じ、発がん性が非常に強い。我々は、DNA切断が自然発生する機序を見つけた。このDNA切断を再結合するDNA修復酵素の欠損株を作った。この欠損株を使い、生理濃度の女性ホルモンや男性ホルモン、環境ホルモン(例、ビスフェノール)が高いDNA切断活性を持つことを発見した。
4) 紫外線やシスプラチン(抗癌剤)で生じる損傷は、従来、ヌクレオチド除去修復(NER)のみが修復すると考えされてきた。そしてNERはミトコンドリアで機能しないが故に、紫外線損傷やシスプラチン損傷はミトコンドリアDNAから除去されないと考えされてきた。我々は、この定説を覆し、まず染色体DNAの紫外線損傷がNER以外の経路によって修復されることを論文発表した(2020年4月にPNAS USAに採択)。

今後の研究の推進方策

(1)従来、変異原性偽陽性と一応説明されてきた化合物(オーラミンとパラフェニレンジアミン)の、ヒト細胞における変異原性を証明し論文発表する。
(2)我々が発見した、ミトコンドリアDNA(mtDNA)に生じたUV損傷を修復する経路を論文発表する。
(3)我々が発見した、染色体DNAとmtDNAに生じたシスプラチン損傷を修復する経路について論文発表する。mtDNAの修復には、ミトコンドリア特異的DNA Topoisomerase I (TOP1MT) が関与していた。既知のmtDNA修復因子はすべて細胞核でも機能しているが、TOP1MTはmtDNAでのみ機能する、唯一の修復因子である。一方、NERは細胞核でのみ機能する。TOP1MT欠損マウスとNER欠損マウスを既に取得済みである。これらの欠損マウスの表現型をシスプラチン曝露後に比較することによって、mtDNAのみに損傷が蓄積する影響を、染色体DNAのみに損傷が蓄積する影響から区別しながら、解析できる動物実験系を世界で初めて樹立できる。この成果を論文発表する。予備実験から、TOP1MTが欠損するとシスプラチンの急性腎毒性が強く顕れることを既に確認した。
(4)男性ホルモンの変異原性を解析する動物実験系を樹立した(Mahmud RA. et al., 2020)。この研究を発展させ、この変異原性による発癌機序を解析する動物実験系を樹立し、性ホルモンによる乳腺、卵巣、前立腺の発癌機序を解明する。実験手法は、変異原性を高めるATM酵素阻害剤と性ホルモンとを毎日30日間腹腔注射することである。そして30日後に乳腺、卵巣、前立腺において癌を多発させることを目指す。
(5)様々な環境ホルモンの変異原性をハイスループットに検出する共同研究を、米国NIHの研究者(Dr. Xia Menghang)と実施している。この研究成果を発表する。

  • 研究成果

    (41件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 7件、 招待講演 9件) 図書 (1件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] National Institutes of Health/Memorial Sloan Kettering Cancer Center/Brandeis University(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      National Institutes of Health/Memorial Sloan Kettering Cancer Center/Brandeis University
    • 他の機関数
      2
  • [国際共同研究] University of Sussex(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      University of Sussex
  • [国際共同研究] IFOM研究所(イタリア)

    • 国名
      イタリア
    • 外国機関名
      IFOM研究所
  • [国際共同研究] 上海交通大学(中国)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      上海交通大学
  • [国際共同研究] スイス連邦チューリッヒ工科大学(スイス)

    • 国名
      スイス
    • 外国機関名
      スイス連邦チューリッヒ工科大学
  • [雑誌論文] UBC13-mediated ubiquitin signaling promotes removal of blocking adducts from DNA double-strand breaks.2020

    • 著者名/発表者名
      Akagawa R, Trinh TH, Saha LK, Tsuda M, Hirota K, Yamada S, Shibata A, Kanemaki MT, Nakada S, Takeda S, Sasanuma H
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 23 ページ: 101027

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] TDP2 suppresses genomic instability induced by androgens in the epithelial cells of prostate glands.2020

    • 著者名/発表者名
      Mahmud RA, Ishii K, Lozano BC, Sainz DI, Toi M, Akamatsu S, Fukumoto M, Watanabe M, Takeda S, Ledesma FC, Sasanuma H
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: in press ページ: in press

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Enhancing the sensitivity of the thymidine kinase assay by using DNA repair-deficient human TK6 cells.2020

    • 著者名/発表者名
      Ibrahim MA, Yasui M, Saha LK, Sasanuma H, Honma M, Takeda S
    • 雑誌名

      Environ Mol Mutagen.

      巻: in press ページ: -

    • DOI

      10.1002/em.22371.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Prediction of Compound Cytotoxicity Based on Compound Structures and Cell Line Molecular Characteristics2020

    • 著者名/発表者名
      Nakano T, Brown JB
    • 雑誌名

      Journal of Computed-Aided Chemistry

      巻: 21 ページ: 1

    • DOI

      10.2751/jcac.21.1

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Type II DNA Topoisomerases Cause Spontaneous Double-Strand Breaks in Genomic DNA.2019

    • 著者名/発表者名
      Morimoto S, Tsuda M, Bunch H, Sasanuma H, Austin C, Takeda S
    • 雑誌名

      Genes (Basel)

      巻: 10 ページ: E868

    • DOI

      10.3390/genes10110868.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Applicability Domain of Active Learning in Chemical Probe Identification: Convergence in Learning from Non-Specific Compounds and Decision Rule Clarification.2019

    • 著者名/発表者名
      Polash AH, Nakano T, Takeda S, Brown JB
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 24 ページ: 2716

    • DOI

      10.3390/molecules24152716.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Comparative study of cytotoxic effects induced by environmental genotoxins using XPC- and CSB-deficient human lymphoblastoid TK6 cells.2019

    • 著者名/発表者名
      Sassa A, Fukuda T, Ukai A, Nakamura M, Takabe M, Takamura-Enya T, Honma M, Yasui M
    • 雑誌名

      Genes Environ.

      巻: 41 ページ: 15

    • DOI

      10.1186/s41021-019-0130-y.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ビッグデータとAIの実態および適用範囲を定量的に明確にする能動的学習の紹介2020

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      協和キリン株式会社セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 主流となってきた「ビッグデータAI」の必要性を覆す新人工知能基盤の確立2020

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      メディカルジャパン2020
    • 招待講演
  • [学会発表] BRCA1 and BRCA2 protect transcriptional response to estrogens from abortive catalysis by Topoisomerase II2019

    • 著者名/発表者名
      Rahman MM, Sasanuma H, Tsuda M, Morimoto S, Yamada S, Nussenzweig A, Tanaka H, Takeda S
    • 学会等名
      FASEB Science Research Conference “The Genetic Recombination and Genome Rearrangements Conference”
    • 国際学会
  • [学会発表] BRCA1 and BRCA2 protect transcriptional response to estrogens from abortive catalysis by Topoisomerase II2019

    • 著者名/発表者名
      Takeda S
    • 学会等名
      2019 International Conference: Korean Society for Molecular and Cellular Biology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] BRCA1 and BRCA2 protect transcriptional response to estrogens from abortive catalysis by Topoisomerase II2019

    • 著者名/発表者名
      Takeda S
    • 学会等名
      The 10th International Symposium on DNA Damage Response & Human Disease, isDDRHD-2019
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Role of proofreading exonuclease activity of replicative polymerase ε in replication fork slowing at DNA damage2019

    • 著者名/発表者名
      Tsuda M, Abe T, Tsurimoto T, Shibata T, Takeda S, Hirota K
    • 学会等名
      分子生物学会
  • [学会発表] 複製ポリメラーゼεの校正活性はカンプトテシンによるDNA損傷における安全なフォーク停止に寄与する2019

    • 著者名/発表者名
      Hirota K
    • 学会等名
      核酸医薬学会
  • [学会発表] 複製ポリメラーゼεの校正活性はカンプトテシンによるDNA損傷における安全な複製停止に寄与する2019

    • 著者名/発表者名
      阿部拓也, 津田雅貴, 釣本俊樹, 柴田武彦, 武田俊一, 廣田耕志
    • 学会等名
      染色体ワークショップ
  • [学会発表] 分裂酵母fbp1遺伝子上流領域における転写因子結合機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      幸田和佳奈、千松賢史、廣田耕志
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム
  • [学会発表] 分裂酵母fbp1遺伝子上流領域における転写因子結合機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      幸田和佳奈、千松賢史、廣田耕志
    • 学会等名
      バイオコンファレンス
  • [学会発表] 分裂酵母fbp1遺伝子上流領域における転写因子結合機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      幸田和佳奈、千松賢史、廣田耕志
    • 学会等名
      分子生物学会
  • [学会発表] 細胞内におけるY Family TLS Polymerasesの機能解明2019

    • 著者名/発表者名
      猪又侑里子、阿部拓也、廣田耕志
    • 学会等名
      バイオコンファレンス
  • [学会発表] 細胞内におけるY Family TLS Polymerasesの機能解明2019

    • 著者名/発表者名
      猪又侑里子、阿部拓也、廣田耕志
    • 学会等名
      分子生物学会
  • [学会発表] Deoxyriboseの2’ CH2の相同的組換えでの役割:何故、染色体はDNAなのか2019

    • 著者名/発表者名
      柴田武彦、新井直人、美川務、岩崎わかな、廣田耕志
    • 学会等名
      第37 回 染色体ワークショップ/第18 回 核ダイナミクス研究会
  • [学会発表] 複製ポリメラーゼεの校正活性はDNA損傷における安全なフォーク停止に寄与する2019

    • 著者名/発表者名
      津田雅貴、阿部拓也、釣本俊樹、柴田武彦、武田俊一、廣田耕志
    • 学会等名
      第37 回 染色体ワークショップ/第18 回 核ダイナミクス研究会
  • [学会発表] ネガティブセレクションマーカーを用いた染色体改変技術の構築2019

    • 著者名/発表者名
      阿部拓也
    • 学会等名
      第8回DNA損傷応答ワークショップ
  • [学会発表] DNA複製因子TIPINと相同組み換え因子BRCA1の遺伝学的相互作用の解析2019

    • 著者名/発表者名
      阿部拓也、吉本侑依、廣田耕志
    • 学会等名
      分子生物学会
  • [学会発表] FTO's roles in DNA damage response and underlying mechanism.2019

    • 著者名/発表者名
      Weiying LIU, Manabu YASUI, Akira SASSA, Yiyi CAO, Jing XI, Xinyue YOU, Masamitsu HONMA, Yang LUAN
    • 学会等名
      The Joint Meeting of The 6th Asian Congress on Environmental Mutagens and The 48th Japanese Environmental Mutagen Society
    • 国際学会
  • [学会発表] Alternate processing pathways of a single ribonucleotide incorporated into DNA and its consequences in human cells.2019

    • 著者名/発表者名
      Akira SASSA, Haruto TADA, Ayuna TAKEISHI, Kaho HARADA, Kazuma NAKATANI, Masataka TSUDA, Hiroyuki SASANUMA, Shunichi TAKEDA, Kaoru SUGASAWA, Manabu YASUI, Masamitsu HONMA, Kiyoe URA
    • 学会等名
      The Joint Meeting of The 6th Asian Congress on Environmental Mutagens and The 48th Japanese Environmental Mutagen Society
    • 国際学会
  • [学会発表] Mechanistic insight of unique mutations caused by a ribonucleotide embedded into DNA.2019

    • 著者名/発表者名
      Ayuna TAKEISHI, Manabu YASUI, Hiroyuki SASANUMA, Shunichi TAKEDA, Kaoru SUGASAWA, Masamitsu HONMA, Kiyoe URA, Akira SASSA
    • 学会等名
      The Joint Meeting of The 6th Asian Congress on Environmental Mutagens and The 48th Japanese Environmental Mutagen Society
    • 国際学会
  • [学会発表] 主流となってきた「ビッグデータAI」の必要性を覆す新人工知能基盤の確立2019

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      バイオインダストリー協会セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Data volume and tactical decisions for virtual screening-accelerated drug discovery2019

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      ETH RETHINK seminar
    • 招待講演
  • [学会発表] 実応用に向けて「能動的計算創薬」の展望2019

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      芝蘭会 産学情報交流会
    • 招待講演
  • [学会発表] 人工知能(AI)の実態及びAIによる創薬研究活動の加速化の近未来2019

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      第一三共株式会社セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Visualizations within chemogenomic active learning reveal how protein descriptors are used and underlying truths about chemogenomic and single target QSAR model utility.2019

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      Asian Hub for e-Drug Discovery (AHeDD) 2019
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] Practical Chemogenomic Modeling and Molecule Discovery Strategies Unveiled by Active Learning Systems Medicine: Integrative, Qualitative, and Computational Approaches, Reference Module in Biomedical Research (eds. Olaf Wolkenhauer and Ola Engkvist)2019

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      Elsevier
    • ISBN
      9780128160770
  • [備考] 廣田耕志リサーチマップ

    • URL

      https://researchmap.jp/khirota

  • [備考] 東京都立大学理学研究科化学専攻生物化学研究室ホームページ

  • [備考] 国立医薬品食品衛生研究所 変異遺伝部 TK6細胞ミュータント コンソーシアム

    • URL

      http://www.nihs.go.jp/dgm/tk6.html

URL: 

公開日: 2021-01-27   更新日: 2024-03-04  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi