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2020 年度 実績報告書

人工遺伝子スイッチを用いた遺伝子発現の制御と機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16H06356
研究機関京都大学

研究代表者

杉山 弘  京都大学, 理学研究科, 教授 (50183843)

研究期間 (年度) 2016-05-31 – 2021-03-31
キーワード遺伝子発現制御 / エピジェネティックス / DNAナノ構造体 / AFM 解析
研究実績の概要

本研究提案は、(1)Py-Imポリアミド(PIP)にエピジェネティックな発現制御機能を付与し、体細胞の初期化やiPS細胞の分化を誘導可能にする機能性PIPの開発、(2)グアニン四重鎖構造(G4)に特異的に結合する機能分子の開発、(3)DNAフレームと高速原子間力顕微鏡(AFM)を使用した遺伝子発現機構の解明と、ヌクレオソームの動的な一分子解析である。
令和2年度の主な研究成果を以下に挙げる。(1)5’-3’/ C-N(reverse)配向でDNAに結合する環状PIPの結合性を理解するためにX線結晶構造解析し、DNAの配列や構造、様々な結晶化条件を検討した。その結果、得られたDNA-環状PIP複合体の単結晶を用いたX線結晶構造解析に成功し、前例のないreverse配向に結合した結晶構造 (NDB: 6M5B) を解明した。(2)ヒトテロメア配列に対して特異的な生細胞イメージングを可能にする近赤外蛍光性PIPを開発した。(3) PIPのより効果的な細胞膜透過性の改善を目的として、トリアルギニン側鎖を導入したPIPを開発した。それらの生細胞への解析評価の結果、細胞内へのPIPの取り込みが確認された。トリアルギニン側鎖の導入による膜透過性の向上は、PIPのエピジェネティックな発現制御機能の改善にも役立つと期待する。(4)ケンブリッジ大学 Kaminski, C. F.教授らとの共同研究として、大腸菌(E.Coli)に集積するアプタマー機能化DNAオリガミシステムを開発し、高速原子間力顕微鏡を用いてその集積性を確認した。(5)ケント州立大学Hanbin Mao教授の光ピンセット測定技術によって、DNAナノケージ内でのグアニン四重鎖構造(G-quadruplex)やi-motifの構造の強度変化を測定し、核酸の高次構造がナノケージ空間内で安定化される現象を観察した。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (21件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 2件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (9件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Evaluation of the DNA Alkylation Properties of a Chlorambucil‐Conjugated Cyclic Pyrrole‐Imidazole Polyamide2021

    • 著者名/発表者名
      Hirose Yuki、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Chemistry, A European Journal

      巻: 27 ページ: 2782~2788

    • DOI

      10.1002/chem.202004421

    • 査読あり
  • [雑誌論文] X-ray Crystal Structure of a Cyclic-PIP?DNA Complex in the Reverse-Binding Orientation2020

    • 著者名/発表者名
      Abe Katsuhiko、Hirose Yuki、Eki Haruhiko、Takeda Kazuki、Bando Toshikazu、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 ページ: 10544~10549

    • DOI

      10.1021/jacs.0c03972

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA Alkylation of the RUNX‐Binding Sequence by CBI?PI Polyamide Conjugates**2020

    • 著者名/発表者名
      Maeda Rina、Ito Shinji、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Chemistry, A European Journal

      巻: 26 ページ: 14639~14644

    • DOI

      10.1002/chem.202002166

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enhanced nuclear accumulation of pyrrole?imidazole polyamides by incorporation of the tri-arginine vector2020

    • 著者名/発表者名
      Hidaka Takuya、Tsubono Yutaro、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Pandian Ganesh N.、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 56 ページ: 12371~12374

    • DOI

      10.1039/d0cc05158f

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Near-Infrared Fluorogenic Pyrrole?Imidazole Polyamide Probe for Live-Cell Imaging of Telomeres2020

    • 著者名/発表者名
      Tsubono Yutaro、Kawamoto Yusuke、Hidaka Takuya、Pandian Ganesh N.、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 ページ: 17356~17363

    • DOI

      10.1021/jacs.0c04955

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA Nanostructures for Targeted Antimicrobial Delivery2020

    • 著者名/発表者名
      Mela Ioanna、Vallejo‐Ramirez Pedro P.、Makarchuk Stanislaw、Christie Graham、Bailey David、Henderson Robert M.、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Kaminski Clemens F.
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 59 ページ: 12698~12702

    • DOI

      10.1002/anie.202002740

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Duplex DNA Is Weakened in Nanoconfinement2020

    • 著者名/発表者名
      Jonchhe Sagun、Pandey Shankar、Karna Deepak、Pokhrel Pravin、Cui Yunxi、Mishra Shubham、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 ページ: 10042~10049

    • DOI

      10.1021/jacs.0c01978

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A photocaged DNA nanocapsule for delivery and manipulation in cells2020

    • 著者名/発表者名
      Feng Yihong、Tohgasaki Takeshi、Shitomi Yasuyuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Methods in Enzymolog

      巻: 641 ページ: 329~342

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2020.04.045

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct Observation of Dynamic Interactions between Orientation‐Controlled Nucleosomes in a DNA Origami Frame2020

    • 著者名/発表者名
      Feng Yihong、Hashiya Fumitaka、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Chemistry ? A European Journal

      巻: 26 ページ: 15282~15289

    • DOI

      10.1002/chem.202003071

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nucleosomes and Epigenetics from a Chemical Perspective2020

    • 著者名/発表者名
      Feng Yihong、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 22 ページ: 595~612

    • DOI

      10.1002/cbic.202000332

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photocontrolled DNA Origami Assembly by Using Two Photoswitches2020

    • 著者名/発表者名
      Mishra Shubham、Park Soyoung、Emura Tomoko、Kumi Hidaka、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Chemistry, A European Journal

      巻: 27 ページ: 778~784

    • DOI

      10.1002/chem.202004135

    • 査読あり
  • [学会発表] 再構成ヌクレオソームにおけるDNA中のグアニンの酸化損傷2021

    • 著者名/発表者名
      廉 知恵、朴 昭映、杉山 弘
    • 学会等名
      第42回日本光医学・光生物学会
  • [学会発表] Photocontrolled assembly of DNA origami nanostructures using photoswitching molecules2021

    • 著者名/発表者名
      Shubham Mishra, Soyoung Park, Tomoko Emura, Kumi Hidaka, Hiroshi Sugiyama, Masayuki Endo
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
  • [学会発表] Chemical probe-based Nanopore direct RNA sequencing method to selectively assess the RNA modifications2021

    • 著者名/発表者名
      Vinodh Josephbath Sahayasheela, Soundhar Ramasamy, Takuya Hidaka, Ganesh Pandian Namashivayam, Hiroshi Sugiyama
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
  • [学会発表] Sequence-Specific DNA Alkylation by a Chlorambucil-Conjugated Cyclic Pyrrole-Imidazole Polyamide2021

    • 著者名/発表者名
      Yuki Hirose, Kaori Hashiya, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
  • [学会発表] Spatial and Temporal Regulation of Cellular Morphology using a Photo-Responsive Mechanical DNA Polymer2021

    • 著者名/発表者名
      Soumya Sethi, Tomoko Emura, Kumi Hidaka, Masayuki Endo, Hiroshi Sugiyama
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
  • [学会発表] X-ray crystal structure analysis of a reverse binding orientation cyclic-PIP and DNA complex and structural comparison with forward binding orientation complex2021

    • 著者名/発表者名
      Katsuhiko Abe, Yuki Hirose, Haruhiko Eki, Kazuki Takeda, Masayuki Endo, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
  • [学会発表] 発蛍光性ピロール-イミダゾールポリアミドプローブを用いた生細胞でのテロメアイメージング手法の開発2020

    • 著者名/発表者名
      坪野 友太朗
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] DNAアルキル化剤を付加した環状ピロール-イミダゾールポリアミドの機能評価2020

    • 著者名/発表者名
      廣瀬 優希
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Spatial and temporal photo-regulation of cellular morphology using DNA Nanotechnology2020

    • 著者名/発表者名
      SETHI, Soumya
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
  • [産業財産権] リピート結合剤2020

    • 発明者名
      杉山弘、板東俊和、池田修司、塩田倫史
    • 権利者名
      杉山弘、板東俊和、池田修司、塩田倫史
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2020-110752

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公開日: 2022-12-28  

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