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本研究では、従来の方法と比べて非常に高感度かつ再現性高く遺伝子変異や増幅を検出することが可能なデジタルPCRを用いて血中循環腫瘍DNA（ctDNA）の解析を行い、頭頸部がんの新規バイオマーカー、特にこれまで実用化されていない「治療効果判定」および「再発予測」のバイオマーカー確立を目的としている。
頭頸部がんの中でも腫瘍組織由来のDNA中にウイルス由来DNAが検出されることが明らかとなっているEBウイルス（EBV）関連上咽頭がんならびにヒトパピローマウイルス（HPV）関連中咽頭がんをまずは対象とした。平成28年度に行った条件検討により、これらの疾患においてctDNAを検出可能なことがすでに確認されている。平成28年度より症例の集積を進めており、平成29年度内に最終的にEBV関連上咽頭癌症例が4例、HPV関連中咽頭癌症例が20例集積された。治療開始前の時点では、EBV関連上咽頭癌では4例中3例（75%）でctDNAを検出可能であり、HPV関連中咽頭癌では解析を行なった18例のうち10例（56%）でctDNAを検出可能であった。24例中21例がすでに初回治療を終えており、治療終了後以外に化学療法のクール間などのポイントで血漿を採取し、cell free DNAを抽出して凍結保存してある。特に治療前にctDNAが抽出可能であった14例に注目して治療経過とctDNAの有無や量について解析を行ない、バイオマーカーとしての有用性についての検討を行う。また今後、経過フォローアップ中に再発を認めた場合は、その時点でのctDNAの検出が可能かどうか確認していく。
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