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ツシマヤマネコ（Prionailurus bengalensis euptilurus）はベンガルヤマネコ （P. bengalensis）の一亜種で、長崎県対馬にのみ生息している。生息地の破壊等により、生息数が80-110頭に減少し、絶滅危惧種IA類に指定されている。
食性の正確な情報は、域内保全や飼育個体の飼育管理に極めて有用である。非侵襲的な手法である糞を用いた解析は、野生個体の解析に非常に有用である。糞解析においても次世代シークエンサーにより詳細な食性の解析が可能となる。また、動物の腸内には非常に多くの腸内細菌が存在しており、それらは動物の健康にとって重要な役割を果たしており、抗生剤投与等による腸内細菌叢の変化は致死的な疾患につながることもある。これらの背景から本研究では、次世代シークエンサーを用い、食性解析及び腸内細菌叢のメタゲノム解析を実施した。
飼育下個体の糞便72検体（一部の個体では、採取・保存条件を変えて採取）、野生下の糞便64検体からDNAを抽出した。飼育下個体については、飼育状況（出自、移動歴、出産歴、給餌内容、抗生剤・整腸剤使用の有無）についてアンケートを実施した。野生採取糞便のうち、63検体はベンガルヤマネコ配列を増幅するPCRにおいて増幅が確認された。腸内細菌叢、食性解析とも次世代シークエンス用ライブラリー作成を目的にPCR、タグ標識を実施したが、最終ライブラリー濃度が低く、条件の再検討が必要であった。また、野生下において、季節や成長による腸内細菌叢の変化を把握するために、ベンガルヤマネコにおいて開発されたマイクロサテライトマーカーを用いて、個体識別及び遺伝的多様性の評価を行った。結果、ツシマヤマネコは大陸に生息するベンガルヤマネコと比較し、極めて低い遺伝的多様性しか有しておらず、12マーカーのみでは個体識別は不可能であった。
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