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クロマチン状態は細胞種に依存して異なり、さらに分化過程においてはダイナミックに変化することが知られている。このような変化は遺伝子発現制御において重要となる。生殖細胞である卵子は体細胞と比べて特殊な性質をもった細胞であるが、その性質がクロマチンレベルでいかに制御されているのかはほとんどわかっていない。そこで、本研究では、卵子の発生時期におけるクロマチン状態を明らかにすることを目指した。特に本研究では、オープンクロマチンとよばれる転写因子などのアクセス可能な領域をゲノムワイドに調べることを目指した。オープンクロマチン領域の同定には、DNase-seqやFAIRE-seqなどの方法も知られいるが、これらの方法は多くの細胞数を必要とすることから卵子サンプルには適していないと考えた。一方、ATAC-seqは微量サンプルにおいてもオープンクロマチン領域を同定することが可能であるという報告があったことから、ATAC-seq法に着目した。そして本課題では、ATAC-seqのライブラリ作製の最適化を行うことで微量サンプルに対するオープンクロマチン領域の同定法の確立に取り組んだ。サンプル調製の最適化においては、Tn5トランスポザーゼの解離法などの点について検討を行った。Tn5トランスポザーゼを解離させるには、SDSとEDTAのどちらでも可能であるという報告があったが、それらの効率やライブラリ作製への影響を検討したところ、SDSはライブラリ作製に大きく影響することがわかった。一方、EDTAの場合は安定したPCR増幅が得られた。このような条件設定により微量サンプルに対しても安定した結果を得ることのできる方法を確立できると考えられる。
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