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2017 年度 実績報告書

ミトコンドリアイントロンの解析によるスプライソソーマルイントロン進化の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16H07451
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

西村 祐貴  国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 特別研究員 (20783012)

研究期間 (年度) 2016-08-26 – 2018-03-31
キーワードミトコンドリアゲノム / カタブレファリス類 / 有中心粒太陽虫類 / グループIIイントロン / グループIイントロン / スプライソソーマルイントロン
研究実績の概要

2017年度は前年度に完全解読した有中心粒太陽虫類とPolyplacosystis contractilisと、カタブレファリス類Leucocryptos marinaのmtDNAのアノテーションを行い、これまで取得した有中心粒太陽虫類Marophyrs sp.とカタブレファリス類Roombia sp.のmtDNAとそれぞれ比較した。
L. marinaのmtDNAは約67 kbの環状ゲノムで、コードされている遺伝子セットはほとんどRoombiaのmtDNAと共通していた。一方でL. marinaのmtDNAにはリボソーム遺伝子の一部に少数のgIIイントロンが含まれているのみであり、これはmtDNA中に多数のgIIイントロン、またはgII様イントロンを含むRoombiaのmtDNAとは大きく異なっていた。このことは2種のカタブレファリス類のmtDNAは全く異なる進化を辿ったことを意味しており、spイントロンの進化を解明する上でRoombia mtDNAのイントロンを研究する重要性がより一層強調される結果となった。
P. contractilisとMarophyrs sp.のmtDNAは共に約110 kbの環状ゲノムで、コードしている遺伝子やその並び順(シンテニー)もほぼ同一であった。2種のmtDNAからgIIイントロンは発見できなかったが、グループI(gI)イントロンは10~20個発見された。gIイントロンは種を越えて水平伝播することが知られているが、有中心粒太陽虫類のmtDNAに存在するgIイントロンも、その一部は緑藻類の葉緑体ゲノムに由来することが示唆された。このように、有中心粒太陽虫類のmtDNAからspイントロン進化についての手がかりを得ることはできなかったが、真核生物におけるmtDNAの多様性の一端を明らかにすることができたと言える。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Lactococcus reticulitermitis sp. nov., isolated from the gut of the subterranean termite Reticulitermes speratus2018

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Yuki, Mitsuo Sakamoto, Yuki Nishimura, Moriya Ohkuma
    • 雑誌名

      International Journal of Systematic Bacteriology

      巻: 68 ページ: 598-601

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.002549

    • 査読あり
  • [学会発表] 有中心粒太陽虫類におけるミトコンドリアゲノムの解析2018

    • 著者名/発表者名
      西村祐貴、白鳥峻志、石田健一郎、橋本哲男、稲垣祐司
    • 学会等名
      第12回日本ゲノム微生物学会年会
  • [学会発表] Single cell transcriptomes of the symbiotic protists in the wood-feeding termites gut suggest that chitin degradation is assigned to a symbiotic species2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Nishimura, Masato Otagiri, Yuki Masahiro, Jun-ichi Inoue, Shigeharu Moriya, Moriya Ohkuma
    • 学会等名
      15 th International Congress of Protistology
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular tinkering in the evolution of the membrane attachment mechanisms of the Rheg GTPase2017

    • 著者名/発表者名
      Kristina Zahonova, Romana Petrzelkova , Euki Yazaki, Yuki Nishimura, Matus Valach, Stepanka Hrda, Vladimir Klimes, Yuji Inagaki, Gertraud Burger, Vladimir Hampl, Vyacheslav Yurchenko, Marek Elias
    • 学会等名
      15 th International Congress of Protistology
    • 国際学会
  • [学会発表] シングルセルトランスクリプトームに基づくイエシロアリ共生原生生物の機能解明2017

    • 著者名/発表者名
      西村祐貴、小田切正人、雪真弘、井上潤一、守屋繁春、大熊盛也
    • 学会等名
      環境生物系合同大会2017
  • [学会発表] ハイブリッドゲノムも包含する真菌のゲノム分類: 多様な表現型を有するTrichosporonales目の特性解析2017

    • 著者名/発表者名
      高島昌子、Sira Sriwasdi、杉田隆、西村祐貴、遠藤力也、大熊盛也、岩崎渉、眞鍋理一郎
    • 学会等名
      環境微生物系合同大会2017
  • [学会発表] シングルセルトランスクリプトームによりシロアリ腸内原生生物の一種がキチン分解を通して効率的な窒素の利用に資することが示された2017

    • 著者名/発表者名
      西村祐貴、小田切正人、雪真弘、井上潤一、守屋繁春、大熊盛也
    • 学会等名
      第50回日本原生生物学会大会&第1回日本共生生物学会大会合同大会

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公開日: 2018-12-17  

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