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近年、miRNA、長鎖非コードRNA (lncRNA)の発見などにより、タンパク質をコードせず能動的な機能を有する非コードRNAの存在が明らかになってきた。種々の非コードRNAは特定の場所に局在化し、機能しているが、その局在化機構に関しては、これまでにほとんど明らかにされていない。そこで本研究では、lncRNAの局在化機構、ひいてはその機能解明を試みた。昨年度までに、FISH法によるHOTAIRの検出に成功した。しかしながら、ヒトHOTAIRに対するプローブで、マウス細胞株でもシグナルが検出された。この原因としては、今回用いたプローブは、種特異性が低く、保存性の高いターゲット（ここではマウスHOTAIR）を検出してしまったと考えられる。今後は、保存性の低い種の細胞を用いた検討を行うなどの改善を試みたい。また、他のlncRNAの検出を試みた。核内で強く発現し、核内構造体形成に機能するlncRNAであるNEAT1の検出を試みたところ、核内でドット状のシグナルが見られた。現在、NEAT1配列における核局在化エレメントの同定を試みている。
一方で、種々のlncRNAは、mRNAと同様に転写後、スプライシングされ、キャップ構造が付加され、ポリA尾部が付加される。これらのRNA転写後修飾・制御はRNAの運命決定に大きく関わることから、lncRNAにおけるその影響を検討した。RNA転写後修飾・制御に関わるいくつかの因子をノックダウンした細胞の各種lncRNAの発現を解析した。その結果、ARS2のノックダウンで上述したNEAT1の2つのisoformの片方のみ発現上昇が見られた。さらに解析を進めたところ、ARS2はNEAT1のalternative 3’-end processing、及び、安定性を制御することにより、核内構造体であるパラスペックルの形成に関わることが明らかとなった。
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