• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2018 年度 実績報告書

インシリコとモノをつなぐ汎用的双方向シミュレーションフレームワーク開発と実証研究

研究課題

研究課題/領域番号 16K00410
研究機関山口大学

研究代表者

浅井 義之  山口大学, 大学院医学系研究科, 教授 (00415639)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワードシミュレーション / プロセス間通信 / リアルタイム制御 / システムバイオロジー / フィジオーム
研究実績の概要

本課題は、計算機内のシミュレーションプロセスと、計算機外に置かれている機器の上で稼働している制御プロセスとをリアルタイムに相互通信することのできる汎用的なシミュレーション・フレームワークを構築することを目標としている。
外部プロセスとしては、他のシミュレーション、ロボット制御系、実験機器制御系などのプロセスを考慮している。シミュレーション プロセスとしては、これまでにフィジオームやシステムバイオロジー分野で開発された生理機能の精密モデルはもとより、微分方程式、差分方程式で記述されるダイナミカルシステムの数理モデルのシミュレーションを想定している。
当プラットフォームにより、生理機能等のシミュレーション結果を用いて予測的にデバイスを制御する、あるいは、実験系やロボットのセンサーなどの値に応じてシミュレーション中のパラメータの値を変化させダイナミクスを変調させることができる。
これまで、モデル記述言語PHMLの仕様拡張により、モデル内に外部プロセスとの接点を記述することを実現した。また、我々がこれまでに開発してきたシミュレータFlintを拡張開発し、以下の機能をソフトウエアとして実装した。1.PHMLの拡張記述を解釈する。2. 外部プロセスと通信を開始するとともに、データ通信時の待機等プロセスを管理する。3.プロセス間通信により、シミュレーション 中の該当データを外部プロセスへ送信する。4.3と同時に、外部プロセスからデータを受信し、その値をシミュレーション中の計算 内容に反映させ、ダイナミックに計算結果を変更する。
今年度は、Flint のリアルタイム相互作用の時間ラグをできうる限り解消するため、計算効率を向上させた。これと関連して、計画予定を超えた開発項目として、シミュレーションプロセスの並列化を検討し、プロトタイプ・ソフトウエアを開発した。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2019 2018

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 5件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Integrative and theoretical research on the architecture of a biological system and its disorder2019

    • 著者名/発表者名
      Uchida Shinichi、Asai Yoshiyuki、Kariya Yoshiaki、Tsumoto Kunichika、Hibino Hiroshi、Honma Masashi、Abe Takeshi、Nin Fumiaki、Kurata Yasutaka、Furutani Kazuharu、Suzuki Hiroshi、Kitano Hiroaki、Inoue Ryuji、Kurachi Yoshihisa
    • 雑誌名

      The Journal of Physiological Sciences

      巻: 69 ページ: 433-451

    • DOI

      10.1007/s12576-019-00667-8

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 人工知能とシステムバイオロジーによる新時代の医学医療2018

    • 著者名/発表者名
      浅井義之, 安部武志, 早野崇英
    • 雑誌名

      Jpanaese Journal of Radiological Technology

      巻: 74 ページ: 1343-1351

    • 査読あり
  • [学会発表] Towards creating an engine of scientific discovery2018

    • 著者名/発表者名
      Samik Ghosh, Yoshiyuki Asai
    • 学会等名
      INCF Japan Node International Workshop: Advances in Neuroinformatics (AINI) 2018
    • 国際学会
  • [学会発表] Innovative Projects of Yamaguchi University Graduate School of Medicine2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Michihiro Nakamura, Tadashi Nishio, Makoto Furutani-Seiki
    • 学会等名
      12th International Symposium on Nanomedicine 2018
    • 国際学会
  • [学会発表] Granger causality to reveal functional connectivity in the mouse basal ganglia-thalamocortical circuit.2018

    • 著者名/発表者名
      Alessandra Lintas, Takeshi Abe, Alessandro E. P. Villa, Yoshiyuki Asai
    • 学会等名
      The 27th International Conference on Artificial Neural Networks
    • 国際学会
  • [学会発表] Functional interactions among neural assemblies based on frequency-domain analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Takahide Hayano, Manon Jaquerod, Alessandra Lintas, Alessandro E.P. Villa
    • 学会等名
      Neural Coding 2018
    • 国際学会
  • [学会発表] A Branch-and-Bound Method of Grid Search to Eestimate Parameters of Biological Models2018

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Abe, Yoshiyuki Asai
    • 学会等名
      40th International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society
    • 国際学会
  • [産業財産権] インタラクティブシミュレーションシステム、シミュレータ、インタラクティブシミュレーション方法、および、インタラクティブシミュレーションプログラム2019

    • 発明者名
      浅井義之、安部武志
    • 権利者名
      国立大学法人山口大学、学校法人沖縄科学技術大学院大学学園
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2019-042052

URL: 

公開日: 2022-03-04  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi