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2018 年度 実施状況報告書

非天然官能基ポスト標識技術による微小マイクロ結晶構造解析法の開発と応用

研究課題

研究課題/領域番号 16K01942
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

別所 義隆  国立研究開発法人理化学研究所, 放射光科学研究センター, 客員研究員 (70242815)

研究期間 (年度) 2016-10-21 – 2020-03-31
キーワード生物・生体工学 / バイオテクノロジー / 結晶構造 / タンパク質 / メチル基転移酵素 / tRNA / 人工補酵素 / S-アデノシルメチオニン
研究実績の概要

AdoMetを補酵素とするDNAメチル基転移酵素の一部には、有機合成したAdoMet類似体からメチル基の代わりにエチル基やプロピル基などの非天然官能基も導入する能力がある。我々は、RNAメチル基転移酵素を用いて、この非天然官能基の転移が低分子官能基だけでなく、通常は立体障害のため転移が困難なGABAなどの比較的に分子量の大きな官能基にも適用できることを発見した。この技術を応用すれば、生体高分子の特定位置にプローブを導入することが可能になる。昨年度までに、超好熱性真正細菌Aquifex aeolicusのメチル基転移酵素TrmIを使用しtRNA分子のT-Loop部位に非天然官能基を取り込ませ、その官能基の末端にCy3やCy5などの蛍光色素を導入する技術を開発した。立体障害を考慮してT-Loop部位を認識しないtRNA結合タンパク質を選定し、蛍光色素が挿入されたtRNA分子と複合体の結晶化にも成功した。今年度、SPring-8のマイクロフォーカスビームライン・BL32XUに蛍光・レーザー装置を設置し、Cy3が導入されたtRNA・タンパク質複合体の蛍光結晶から、実際にX線測定に使用するゴニオステージ上で蛍光の検出に成功した。BL32XUは、頑強なマイクロ結晶から回折データを得るために開発されたビームラインである。今後、非天然官能基導入により作られる蛍光タンパク質の結晶化条件を最適化し、BL32XUの特性を生かす蛍光マイクロ結晶を作製する条件を見出していく。またこの技術を用いて、tRNA・タンパク質複合体やDNA修復酵素の構造解析用の回折データセットの取得を目指している。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

超好熱性真正細菌のメチル基転移酵素の触媒部位の立体構造から、結晶化用に最適化した非天然官能基を有する人工補酵素をデザインし、実際にtRNA分子の特定部位に有機合成した非天然官能基が効率よく転移されることを確認した。今年度予定通りにtRNAとtRNA結合タンパク質複合体の蛍光結晶を用いて、SPring-8のマイクロフォーカスビームラインのX線測定装置に設置したステージ上で結晶の蛍光を検出できた。

今後の研究の推進方策

今年度までに最適化された非天然官能基を有するAdoMet類似体が、多くのメチル基転移酵素に適用できるならば、汎用的な生体分子工学に応用できる。今後、SPring-8大型放射光施設のマイクロフォーカスビームラインで、蛍光標識したマイクロ結晶を用いてX線回折測定技術を開発する。また、核酸・タンパク質複合体の結晶構造解析を目指す。

次年度使用額が生じた理由

理由:既存の機材や実験材料を多く使用して効率よく研究を進めた。研究課題は、計画通り進んでいる。
使用計画:研究課題が当初の計画以上に進展するように、次年度使用額を効率よく使用する。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2018

すべて 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [学会発表] 光修復酵素DNAフォトリアーゼのXFEL結晶構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      別所義隆、山元淳平、田中里枝、南後恵理子、岩田想、Ming-Daw Tsai、Lars-Oliver Essen、Manuel Maestre-Reyna
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] SACLAでの生体溶液試料XFEL回折イメージング手法の開発2018

    • 著者名/発表者名
      別所義隆
    • 学会等名
      第5回RIBOSOME MEETING
  • [学会発表] 大腸菌リボソーム蛋白 L31 と L36 およびそれらのパラログ(YkgM, YkgO)の機能解析2018

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千惠子、別所義隆、和田明
    • 学会等名
      第5回RIBOSOME MEETING
  • [学会発表] XFEL analysis of light-mediated pyrimidine dimer repair by DNA photolyase2018

    • 著者名/発表者名
      別所義隆
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
  • [学会発表] XFEL Diffractive Bio-Imaging at SACLA/SPring-82018

    • 著者名/発表者名
      別所義隆
    • 学会等名
      International workshop on “50th anniversary of Thermus thermophilus discovery”
    • 国際学会

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公開日: 2019-12-27  

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