• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2016 年度 実施状況報告書

水のキラル秩序の理論研究

研究課題

研究課題/領域番号 16K05658
研究機関岡山大学

研究代表者

松本 正和  岡山大学, 異分野基礎科学研究所, 准教授 (10283459)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード氷 / 水 / 分子動力学 / ネットワーク構造 / 統計力学
研究実績の概要

未知の構造が生じうるシステムにおいて、構造変化を検知するのは容易ではない。我々は2つの側面から、新奇構造を発見する手助けとなるツールを開発した。
1つめは、水分子が構成しうる、多種多様なネットワーク構造を可能な限り作りだし、いつでも参照できるようにすることである。このために、GenIceツールを開発した。GenIceは既知のすべての氷結晶構造のみならず、シミュレーションや理論、あるいは類縁構造の他物質ですでに知られているネットワーク構造をもとに、氷の構造を生成する。これにより、水分子が作りうる数百種類の構造を参照できるようになった。もう一つは、実空間パターンマッチングによる構造識別法の開発である。通常、実験で結晶構造を判定する場合には回折法(逆空間での構造識別)が用いられる。これは、実験では欠陥の少ない結晶が得られる一方、原子位置を直接決定できないためである。一方、シミュレーションの場合には、原子位置は厳密に知ることができる一方で、大きな結晶が自発的に生じることはまれであり、回折像からの逆推定は困難であることが多い。我々は3D geometric hashingにより局所構造の繰り返しを検出して結晶単位胞を割り出すツールを開発した。これらのツールは本研究課題のみならず、水を扱うさまざまな研究で利用可能であり、かつシミュレーションと分析の対象となる水の構造の種類を飛躍的に増やす。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

大学の講義時間と学期区分の変更により、講義準備に費す時間が大幅に増えたため、前期はほとんど研究ができなかった。ただし、今年度からは通常の業務負荷に戻る予定である。

今後の研究の推進方策

表面を有する系(水溶液系、生体膜、人工壁面など)の構造を準備し、水和状態をシミュレーションする。また、生体分子の水和状態に関する情報をタンパク質データバンクで調査し、それらについても同様の解析を進める。

次年度使用額が生じた理由

大学の講義時間と学期区分の変更により、講義準備に費す時間が大幅に増えたため、前期はほとんど研究ができなかった。ただし、今年度からは通常の業務負荷に戻る予定である。

次年度使用額の使用計画

海外からの大学院生を受け入れ、研究を補助させる計画であり、人件費の支出が当初予定よりも増加する見込みである。

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] University of Utah(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      University of Utah
  • [雑誌論文] Thermodynamic Stability of Ice II and Its Hydrogen-Disordered Counterpart: Role of Zero-Point Energy.2016

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, T., Matsumoto, M., Yagasaki, T. & Tanaka, H.
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B,

      巻: 120 (8) ページ: 1843-1848

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.5b09544

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Formation of Clathrate Hydrates of Water-Soluble Guest Molecules.2016

    • 著者名/発表者名
      Yagasaki, T., Matsumoto, M. & Tanaka, H.
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. C

      巻: 120 ページ: 21512-21521

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.6b06498

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Anomalous thermodynamic properties of ice XVI and metastable hydrates.2016

    • 著者名/発表者名
      Yagasaki, T., Matsumoto, M. & Tanaka, H.
    • 雑誌名

      Phys. Rev. B

      巻: 93 ページ: 054118

    • DOI

      10.1103/PhysRevB.93.054118

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanism of Slow Crystal Growth of Tetrahydrofuran Clathrate Hydrate.2016

    • 著者名/発表者名
      Yagasaki, T., Matsumoto, M. & Tanaka, H
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. C

      巻: 120 ページ: 3305-3313

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.5b10293

    • 査読あり
  • [学会発表] 高圧氷のシミュレーションに出現する様々な多形2017

    • 著者名/発表者名
      松本正和
    • 学会等名
      準結晶研究会
    • 発表場所
      北海道札幌市
    • 年月日
      2017-03-03 – 2017-03-03
  • [学会発表] An interesting twist on supercooled liquid water2016

    • 著者名/発表者名
      Masakazu Matsumoto, Takuma Yagasaki, and HIdeki Tanaka
    • 学会等名
      The 4th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2016)
    • 発表場所
      Shanghai, China
    • 年月日
      2016-10-24 – 2016-10-24
    • 国際学会
  • [学会発表] An interesting twist on supercooled liquid water2016

    • 著者名/発表者名
      Masakazu Matsumoto, Takuma Yagasaki, and HIdeki Tanaka
    • 学会等名
      The 10th mini-symposium on Liquids
    • 発表場所
      Okayama
    • 年月日
      2016-10-15 – 2016-10-15
  • [備考] vitroid's wiki

    • URL

      http://bit.ly/vitroid

URL: 

公開日: 2018-01-16   更新日: 2022-02-16  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi