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2018 年度 実施状況報告書

核共鳴非弾性散乱分光によるセンサー蛋白質の気体感知機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K05850
研究機関山陽小野田市立山口東京理科大学

研究代表者

太田 雄大  山陽小野田市立山口東京理科大学, 工学部, 准教授 (70509950)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
キーワード核共鳴非弾性散乱分光 / 振動分光 / 生物物理 / ヘムタンパク質
研究実績の概要

天然型および化学修飾したヘムをもつ変異型酸素結合型ミオグロビンの分子構造・電子状態と振動状態密度の相関を明らかにするために、核共鳴非弾性散乱分光による研究を行った。ミオグロビンタンパク質に結合したヘム鉄のダイナミックスについて洞察を得るために、ヘム鉄と第一および第二配位圏との相互作用に関わる力の定数について理論的に解析した。各種密度汎関数法(密度汎関数の混合比についても検討)を用いた分子構造最適化と基準振動解析を行い、振動状態密度を理論的に求めた。分光学的に得られたデータとの比較検討の結果、これまで共鳴ラマン分光によりFe-O2伸縮振動バンドと帰属されていた振動エネルギーは、Fe-O-O変角モードとして帰属されうることを明らかにした。一方、Fe-O2伸縮モードと帰属できるバンドは~420 cm-1付近に強い強度で観測されることを明らかにした。酸素結合型ヘム鉄においては、その電子状態が長年の議論が続いているが(鉄3価スーパーオキサイドなのか鉄2価酸素なのか)、電子状態と振動構造の相関より、鉄3価スーパーオキサイドに近い電子構造であることを明らかにした。また、力の定数を解析結果、天然型タンパク質の方が化学修飾をほどこしたヘムをもつタンパク質より“やわらかな”分子構造を有していることを明らかにした。ヘム周辺に電子供与性もしくは電子吸引性置換基を導入することで、酸素結合型ヘムの電子状態が顕著に異なり、それに伴い鉄原子の振動構造も顕著に影響を受けることを明らかにした。これらの成果はミオグロビンの酸素結合機構について新たな洞察与え、酸素結合型ヘム鉄タンパク質全般の研究に新たな展開をもたらすと考えられる。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

4: 遅れている

理由

連携研究者が一昨年7月に逝去したことと、本人が昨年10月に異動したため、研究の推進に時間を要した。

今後の研究の推進方策

放射光施設(Spring-8)の課題申請を成功させ、十分な実験時間を確保する。

次年度使用額が生じた理由

研究計画に遅れに伴い、予算執行が遅れている。次年度にこれまでの遅れを取り戻すべく研究を推進し、必要となる経費を使用していく。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2019 2018

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 2件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (1件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Copper amine oxidases catalyze the oxidative deamination and hydrolysis of cyclic imines2019

    • 著者名/発表者名
      Toshiki Nagakubo, Takuto Kumano, Takehiro Ohta, Yoshiteru Hashimoto, Michihiko Kobayashi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41467-018-08280-w

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cupric-superoxide complex that induces a catalytic aldol reaction-type C-C bond formation2019

    • 著者名/発表者名
      T. Abe, Y. Hori, Y. Shiota, T. Ohta, Y. Morimoto, H. Sugimoto, T. Ogura, K. Yoshizawa, and S. Itoh
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 2 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1038/s42004-019-0115-6

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] New Assay Method Based on Raman Spectroscopy for Enzymes Reacting with Gaseous Substrates2019

    • 著者名/発表者名
      Y. Kawahara‐Nakagawa, K. Nishikawa, S. Nakashima, S. Inoue, T. Ohta, T. Ogura, Y. Shigeta, K. Fukutani, T. Yagi, and Y. Higuchi
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 28 ページ: 663-670

    • DOI

      10.1002/pro.3569

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] N2 Activation on a Molybdenum-Titanium-Sulfur Cluster2018

    • 著者名/発表者名
      Y. Ohki, K. Uchida, M. Tada, R. E. Cramer, T. Ogura, and T. Ohta
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 9 ページ: 3200

    • DOI

      10.1038/s41467-018-05630-6

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A Nuclear Resonance Vibrational Spectroscopic Study of Oxy Myoglobins Reconstituted with Chemically Modified Heme Cofactors: Insights into the Fe-O2 Bonding and Internal Dynamics of the Protein2018

    • 著者名/発表者名
      T. Ohta, T. Shibata, Y. Kobayashi, Y. Yoda, T. Ogura, S. Neya, A. Suzuki, M. Seto, and Y. Yamamoto
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 57 ページ: 6649-6652

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00829

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mn(III)-Iodosylarene Porphyrins as an Active Oxidant in Oxidation Reactions: Synthesis, Characterization, and Reactivity Studies2018

    • 著者名/発表者名
      2.M. Guo, Y.-M. Lee, M. S. Seo, Y.-J. Kwon, X.-X. Li, T. Ohta, W.-S. Kim, R. Sarangi, S. Fukuzumi, and W. Nam
    • 雑誌名

      Inorganic Chemistry

      巻: 57 ページ: 10232-10240

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.8b01426

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A Bis(mu-oxido)dinickel(III) Complex with a Triplet Ground State2018

    • 著者名/発表者名
      Y. Morimoto, Y. Takagi, T. Saito, T. Ohta, T. Ogura, N. Tohnai, M. Nakano, and S. Itoh
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 57 ページ: 7640-7643

    • DOI

      10.1002/anie.201802779

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and Reactivity of Copper Complexes Supported by a Bulky Tripodal N4 Ligand: Copper(I)/Dioxygen Reactivity and Formation of a Hydroperoxide Copper(II) Complex2018

    • 著者名/発表者名
      S. Paria, T. Ohta, Y. Morimoto, H. Sugimoto, T. Ogura, and S. Itoh
    • 雑誌名

      Zeitschrift fur Anorganische und Allgemeine Chemie

      巻: 644 ページ: 780-790

    • DOI

      10.1002/zaac.201800083

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Copper(I)-Dioxygen Reactivity in the Isolated Cavity of a Nanoscale Molecular Architecture2018

    • 著者名/発表者名
      S. Paria, Y. Morimoto, T. Ohta, S. Okabe, H. Sugimoto, T. Ogura, and S. Itoh
    • 雑誌名

      European Journal of Inorganic Chemistry

      巻: 19 ページ: 1976-1983

    • DOI

      10.1002/ejic.201800029

    • 査読あり
  • [学会発表] Structural Basis and Dynamics for Gas Recognition of Myoglobin: A Nuclear Resonance Vibrational Spectroscopic Study2018

    • 著者名/発表者名
      T. Ohta
    • 学会等名
      International Workshop on New Developments and Prospects for the Future Mossbauer Spectroscopy (IWMS2018)
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2019-12-27  

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