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2018 年度 実績報告書

生物活性にもとづいた二次代謝パスウェイにおけるモジュール構造の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K07223
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

金谷 重彦  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (90224584)

研究期間 (年度) 2016-10-21 – 2019-03-31
キーワード代謝マップ / グラフコンボリューションネットワーク / 深層学習
研究実績の概要

アルカロイド化合物の代謝経路と生物活性の関係性を解明するために、まずはじめに、文献調査にもとづいてアルカロイド化合物の代謝マップを作製した。 現在までに、18000種のアルカロイド化合物が収集され、KNApSAcK Core データベースに格納されている。一方で、生合成経路が既知のアルカロイド化合物は、千に満たない。そこで、これら18000種のアルカロイド化合物の生合成開始物質を推定する目的で、深層学習の一つである分子グラフ・コンボリューション・ニューラル・ネットワーク(MGCNN)を活用した。MGCNNにおいて、原子を頂点、結合を辺とみなしたグラフにより化合物を取り扱うことができる。また、通常の深層学習における畳込み処理とプーリング処理を、グラフにおける原子の隣接性を考慮してMGCNNモデルを構築できる。本研究では566種の化合物により、MGCNNモデルを構築し、KNApSAcK Coreデータベースに登録されている18000種のアルカロイド化合物に対して、生合成開始化合物の予測を行った。なお、データ数の制限から15種の生合成開始物質についてのMGCNNモデルを構築した。

化学構造をケミカルフィンガープリントにより構造表現を活用した通常のニューラルネットならびにランダムフォレストに比べて、MGCNNモデルにおける認識率は遥かに高く97.5%であった。アルカロイドに関わる代謝マップを整備したことにより、例えばnarcotic (M76)、antidiarrheic (M34)といった神経系に作用する植物代謝モデュールを抽出することにも成功した。このように、代謝データの構築、深層学習による分類、活性情報という3つの基盤を活用することによる、生合成代謝経路と生物活性の関係を解明する生物間相互作用への新たな研究パラダイムへとさらに研究を進めるべきであると確信した。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] An integrative network-based approach to identify novel disease genes and pathways:a case study in the context of inflammatory bowel disease2018

    • 著者名/発表者名
      R. Eguchi, M. B. Karim, P. Hu, T. Sato, N. Ono, S. Kanaya Md. Altaf-Ul-Amin
    • 雑誌名

      BMCBioinformatics

      巻: 19 ページ: 64.1-12

    • DOI

      10.1186/s12859-018-2251-x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular components of arabidopsis intact vacuoles clarified with metabolomic and proteomic analyses2018

    • 著者名/発表者名
      M. Ohnishi, A. Anegawa, Y. Sugiyama, K. Harada, A. Oikawa, Y. Nakayama, F. Matsuda, Y. Nakamura, R. Sasaki, C. Shichijo, P. G. Hatcher, H. Fukaki, S. Kanaya, K. Aoki, M. Yamazaki, E. Fukusaki, K. Saito, T. Mimura
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol.

      巻: 59 ページ: 1353-1362

    • DOI

      10.1093/pcp/pcy069

  • [雑誌論文] Metabolite-content-guided prediction of medicinal/edible properties in plants for bioprospecting2018

    • 著者名/発表者名
      K. Liu, A. H. Morita, S. Kanaya and Md. Altaf-Ul-Amin
    • 雑誌名

      Current Research in Complementary & Alternative Medicine

      巻: 15 ページ: 1-18

    • DOI

      10.29011/CRCAM-130/100030

  • [学会発表] 二次代謝物の生合成経路の悉皆的解析を目指したデータサイエンス2019

    • 著者名/発表者名
      金谷 重彦
    • 学会等名
      第64回日本放線菌学会学術講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] データサイエンス全般から化学の話題まで2019

    • 著者名/発表者名
      金谷 重彦
    • 学会等名
      Future Trend in Polymer Science
    • 招待講演
  • [備考] アルカロイド代謝マップ

    • URL

      http://www.knapsackfamily.com/CobWeb/top.jsp

  • [備考] 代謝物活性データベース

    • URL

      http://www.knapsackfamily.com/MetaboliteActivity/top.jsp

URL: 

公開日: 2019-12-27  

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