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自然界には多様な微生物が存在し，様々な相互作用を通じ，複雑な生態系を構成している．多くの微生物は周囲の微小環境への適応により，複雑な培養条件を必要とするため，培養困難な難培養微生物と呼ばれる．未知の難培養微生物の機能を探るため，環境試料より直接DNAをランダムプライマーとPhi29 DNAポリメラーゼにより増幅するMultiple Displacememt Amplification (MDA) と次世代DNAシーケンサーによるメタゲノム解析により，多くの微生物が解析された．しかしメタゲノム解析では，集団に少数しか含まれない微生物の解析が困難であった．そこで直接単離した菌体のMDAが試みられたが，初発DNA量の低下に伴う，増幅時の不均一性（増幅バイアス）により，全体のゲノムデータが得られない課題があった．
そこでアガロースゲル・マイクロカプセル (AGM) を開発した．AGMは直径数10 μmの中空カプセルで，アガロースゲル・シェルと，内部に微生物を包埋する液状コアをもつ．AGMは使い捨てのチューブ内で，２ステップのエマルジョン中でのゲル化と，コアのゾル化により作製する．本AGMを用いて大腸菌の１菌体ゲノム解析を試みたところ，従来法にくらべ高い均一性が得られた．
またAGMは１菌体を保持しつつ周囲の環境と培地成分を交換でき，培養後菌体を容易に単離できるため，培養用容器としても有望である．そこでAGM内に大腸菌を包埋し培養したところ，菌体の生育を確認した．
AGMは，一般的な実験器具，使い捨てプラスチック滅菌容器，および市販試薬を用い，一回に数10万個を作製できる．しかしAGMはマイクロマニピュレータを用いて，手作業で単離するため，スループット性能の向上には機械化が重要であった．そこでマイクロマニピュレータで，AGMを自動単離する装置 (AGMピッカー) の開発を進めている．
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