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2016 年度 実施状況報告書

イオン輸送性ロドプシンの反応状態の構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 16K07267
研究機関名古屋大学

研究代表者

神山 勉  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (30170210)

研究分担者 井原 邦夫  名古屋大学, 遺伝子実験施設, 准教授 (90223297)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード陰イオン輸送性ロドプシン / プロトン輸送性ロドプシン / X線結晶構造解析 / 低温原子間力顕微鏡 / バクテリオロドプシン / ハロロドプシン / 低温原子間力顕微鏡 / レチナールタンパク質
研究実績の概要

1)光駆動塩素イオンポンプとして知られるハロロドプシンの反応中間体の結晶構造解析を推し進め、主要な反応中間体(L1、L2、N、N'、およびO中間体)の構造情報を求めてきたが、イオン輸送サイクルの最後のステップで生じる長寿命の反応中間体(HR')の構造は未決定のままであった。本年度においては、3次元結晶中でHR'を高効率でトラップする実験条件を探るためハロロドプシンの光反応サイクルを詳細に分析した。その結果、HR'ではレチナール色素が13-シス型の構造をとること、O中間体には2種類の異性体(13-シス・レチナールを含むOcisと全トランス・レチナールを含むOtrans)が存在すること、さらに、HR'の形成効率(Ocisー>Otrans遷移に対するOcisー>HR’遷移の優先度)が塩素イオン濃度に強く依存することが明らかになった。一方、HR’をトラップした3次元結晶のX線回折データからはHR’と暗状態との構造上の差が極めて小さいことが示唆された。
2)塩素イオン非存在下でのハロロドプシンの光反応について調べ、赤色光照射下で11-シス型異性体が形成されうることを見出すとともに、その構造を1.7Å分解能で決定した。
3)バクテリオロドプシンのプロトン輸送サイクルにおける主要な反応中間体(K,L,M,およびO)の構造情報はすでに得ているが、大きな構造変化が起こると想定されているN中間体の構造については未決定のままである。本年度は、大きな光誘起構造変化を許容するような3次元結晶を作製することを目指して、異なる種類の古細菌型ロドプシン(アーキロドプシン-3、センソリーロドプシン-2、バクテリオロドプシン変異体)の結晶化を企て、結晶中の膜タンパク質の充填具合を自在に制御できる技術の確立に必要なデータを蓄積した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

研究代表者の退職(2017年3月31日)にあたり今までの研究室の閉鎖作業(実験装置の撤去、および退職後の研究環境の整備)が思いの外長く続き、研究計画の遂行に少し遅れが生じた。

今後の研究の推進方策

1)ハロロドプシンのイオン輸送サイクルの長寿命反応中間体(HR')の構造決定を行う。HR’と暗状態との構造上の差異を詳らかにするため、3次元結晶の光照射条件を改良してHR’の捕捉率を高めるとともに、X線回折データの分解能の改善を図る。
2)プロトン輸送性ロドプシンのN中間体の構造解析: バクテリオロドプシンの変異体を用いて結晶中の膜タンパク質の充填具合を自在に制御できる技術の確立を目指す。
3)低温原子間力顕微鏡による古細菌型ロドプシンの高次構造の解析: -100度の低温に冷却したエタノール中でイメージングできる低温原子間力顕微鏡の安定した操作を可能にし、凍結した生体膜試料の割断面の形状をナノメールの分解能で解析できるようにする。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2017 2016

すべて 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 2件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 13件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Complete Chloroplast Genome Sequence of the Early Diverging Green Alga Palmophyllum crassum2017

    • 著者名/発表者名
      Furukawa R, Kunugi M, Ihara K, Takabayashi A, Tanaka A
    • 雑誌名

      Genome Announc.

      巻: 5 ページ: e01745-16

    • DOI

      10.1128/genomeA.01745-16

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A light-responsive self-assembly formed by a cationic azobenzene derivative and SDS as a drug delivery system.2017

    • 著者名/発表者名
      S. Geng, Y. Wang, L. Wang, T. Kouyama, T. Gotoh, S. Wada, J. -Y. Wang,
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 7 ページ: 39202

    • DOI

      10.1038/srep39202

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A simple method for isolation and construction of markerless cyanobacterial mutants defective in acyl-acyl carrier protein synthetase2017

    • 著者名/発表者名
      Kojima K, Keta S, Uesaka K, Kato A, Takatani N, Ihara K, Omata T, Aichi M.
    • 雑誌名

      Appl Microbiol Biotechnol

      巻: 100 ページ: 10107-10113

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crystal structure of the 11-cis isomer of pharaonis halorhodopsin: Structural constraints on interconversions among different isomeric states,2016

    • 著者名/発表者名
      Chan SK, Kawaguchi H., Kubo H.,, Murakami M., Ihara K., Maki K., Kouyama T.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 55 ページ: 4092-4104

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.6b00277

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Crystal structures of two isozymes of citrate synthase from Sulfolobus tokodaii Strain 72016

    • 著者名/発表者名
      Murakami M., Kouyama T,
    • 雑誌名

      Biochemistry. Research International,

      巻: 2016 ページ: 7560919

    • DOI

      10.1155/2016/7560919

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of a novel protein kinase that affects the chronological lifespan in fission yeast.2016

    • 著者名/発表者名
      Kurauchi T, Hashizume A, Imai Y, Hayashi K, Tsubouchi S, Ihara K, Ohtsuka H, Aiba H
    • 雑誌名

      FEMS Microbiol Lett.

      巻: ;364(2). pii: ページ: fnw257

    • DOI

      10.1093/femsle/fnw257

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Shifting transcriptional machinery is required for long-term memory maintenance and modification in Drosophila mushroom bodies.2016

    • 著者名/発表者名
      Hirano Y, Ihara K, Masuda T, Yamamoto T, Iwata I, Takahashi A, Awata H, Nakamura N, Takakura M, Suzuki Y, Horiuchi J, Okuno H, Saitoe M.
    • 雑誌名

      Nat Commun

      巻: 7 ページ: 13471

    • DOI

      10.1038/ncomms13471

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Photochemical characterization of actinorhodopsin and its functional existence in the natural host.2016

    • 著者名/発表者名
      Nakamura S, Kikukawa T, Tamogami J, Kamiya M, Aizawa T, Hahn MW, Ihara K, Kamo N, Demura M
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta

      巻: 1857 ページ: 1900-1908.

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2016.09.006

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Haloparvum alkalitolerans sp. nov., alkali-tolerant haloarchaeon isolated from commercial salt.2016

    • 著者名/発表者名
      Kondo Y, Minegishi H, Echigo A, Shimane Y, Kamekura M, Itoh T, Ohkuma M, Tanaka A, Takahashi-Ando N, Fukushima Y, Yoshida Y, Ihara K, Usami R
    • 雑誌名

      Int J Syst Evol Microbiol

      巻: 66 ページ: 5314-5319

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.001513

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Kosakonia sacchari Strain BO-1, an Endophytic Diazotroph Isolated from a Sweet Potato2016

    • 著者名/発表者名
      Shinjo R, Uesaka K, Ihara K, Loshakova K, Mizuno Y, Yano K, Tanaka A.
    • 雑誌名

      Genome Announc

      巻: 4 ページ: e00868-16

    • DOI

      10.1128/genomeA.00868-16

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Analytical Pipeline for Genome-Wide Identification of the Genes Regulated by a Transcription Factor: Combinatorial Analysis Performed Using gSELEX-Seq and RNA-Seq.2016

    • 著者名/発表者名
      Kojima T, Kunitake E, Ihara K, Kobayashi T, Nakano H. A Robust
    • 雑誌名

      PLoS One.

      巻: 11 ページ: e0159011

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0159011

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolution of Green Plants Accompanied Changes in Light-Harvesting Systems.2016

    • 著者名/発表者名
      Kunugi M, Satoh S, Ihara K, Shibata K, Yamagishi Y, Kogame K, Obokata J, Takabayashi A, Tanaka A.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol.

      巻: 57 ページ: 1231-43

    • DOI

      10.1093/pcp/pcw071

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] FliH and FliI ensure efficient energy coupling of flagellar type III protein export in Salmonella.2016

    • 著者名/発表者名
      Minamino T, Kinoshita M, Inoue Y, Morimoto YV, Ihara K, Koya S, Hara N, Nishioka N, Kojima S, Homma M, Namba K
    • 雑誌名

      Microbiologyopen

      巻: 5 ページ: 424-35

    • DOI

      10.1002/mbo3.340

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Crystallographic studies on proton-pumping rhodopsin and anion-pumping rhodopsin2017

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama
    • 学会等名
      the IGER international Symposium on Physics of Life.
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2017-03-25 – 2017-03-26
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 光駆動塩素イオンポンプ・ハロロドプシンの作動機構2017

    • 著者名/発表者名
      神山勉
    • 学会等名
      生体運動班会議
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2017-01-05 – 2017-01-06
  • [学会発表] Isomerization of the retinal chromophore during the anion pumping cycle of halorhodopsin2016

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama, H. Kubo, S. K. Chan, K. Maki:
    • 学会等名
      日本生物物理学会第53回年会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Crystal Structure of the 11-cis isomer of Pharaonis halorhodopsin2016

    • 著者名/発表者名
      S. K. CHAN1, H. Kawaguchi, H. Kubo, K. Maki, K. Ihara and T. Kouyama
    • 学会等名
      日本生物物理学会第53回年会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Crystal structure of the 11-cis isomer of Pharaonis Halorhodopsin at 1.7 Å resolutions2016

    • 著者名/発表者名
      S. K. CHAN, H. KAWAGUCHI, H. KUBO, K. IHARA, K. MAKI, T. KOUYAMA
    • 学会等名
      日本結晶学会平成28年度年会
    • 発表場所
      水戸
    • 年月日
      2016-10-17 – 2016-10-18
  • [学会発表] Structural constraints on retinal isomerization in microbial and animal rhodopsins2016

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama, S. K. Chan, M. Murakami:
    • 学会等名
      26th IUPAC on Photochem, Osaka, April 5, 2016
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2016-04-05 – 2016-04-26
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2018-01-16  

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