| 研究課題/領域番号 |
16K07495
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| 研究機関 | 独立行政法人国立科学博物館 |
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研究代表者 |
堤 千絵 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 研究主幹 (30455422)
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| 研究分担者 |
矢部 淳 独立行政法人国立科学博物館, 地学研究部, 研究主幹 (20634124)
角川 洋子 首都大学東京, 理学研究科, 准教授 (70575141)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | 系統的遺存種 / 系統 / RNASeq |
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| 研究実績の概要 |
ゼンマイ科は最も原始的な薄嚢シダで、起源は3億年ほど前にさかのぼる。中でもヤマドリゼンマイは核サイズや形態が古来よりほとんど変化していない“生きた化石(系統的遺存種)”であることが知られる。本研究では、次世代シーケンサーなどを用いて、以下の2つの解析を行う。1. ゼンマイ科の大規模な遺伝子解析（RNA-Seq法によるトランスクリプトーム解析）を行い、系統進化を推定するとともに、本科におけるゲノムの安定性が系統的遺存種を生み出したという可能性を検証する。2.ヤマドリゼンマイと形態・生育場所・隔離分布パターンが酷似する系統的遺存種オニゼンマイの集団遺伝学的解析、形態比較、化石の再検討から、両種における類似性は古来より続くのか(祖先形質)、あるいは収斂かを明らかにする。
1では、若い胞子体からRNAを抽出するため、胞子から培養を行い、本年度新たに得られたレプトプテリス、トデア・バーバラ、シロヤマゼンマイの幼個体からRNAを抽出し、RNA-Seq法による解析を行った。これまでの３年間でゼンマイ科の主要な種のデータを揃えることができたため、スーパーコンピューターなどを用いて系統解析を実施し、ゼンマイ科の系統進化の推定を行った。2では、MIG-Seq法によるヤマドリゼンマイとオニゼンマイのアジアとアメリカの集団解析により、2種とも、アメリカと日本では大きく集団が遺伝的に分化していることなどが明らかになった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
4: 遅れている
理由
ヤマドリゼンマイのデータが従来とは異なる結果となったため、再現性を確かめる必要があると考えられた。そのため１年延期し、新たなサンプルで解析を行うこととしたため、遅れている。その他の解析は実施しデータが得られている。
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| 今後の研究の推進方策 |
ヤマドリゼンマイのデータの再現性を確認するため、別なサンプルでRNA-Seq解析を実施する予定である。データが得られたのち、データの解析を実施し、昨年度実施できなかった塩基置換速度等の比較等を行い、ゲノムの安定性について検証していく予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
ヤマドリゼンマイについて再現性を確認するため、別なサンプルでRNA-Seq解析を実施するため、RNA-Seq解析の予算、ならびに、その後の解析予算として繰り越す。
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