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本研究の目的は、1980年代初頭にほぼ絶滅したと考えられているナガガキの再発見である。ナガガキは別名エゾガキと呼ばれ、マガキCrassostrea gigasの地域個体群と考えられている。殻高は最大で50cm を超える我が国最大級の二枚貝である。本研究では、（１）ナガガキの生息の有無を再調査し、（２）形態学的・遺伝学的解析による系統学的位置を確定すること、さらには（３）新しい水産資源として復活させ、利活用に供することを目的とした。
2015年から2018年まで北海道から東北地方沿岸でナガガキタイプのカキの生息の有無を調査した。また、漁業者や研究者からの聞き取り、博物館等でのナガガキとされる標本の観察と計測、大越が1980年代に採集した標本などを観察し、生貝の場合は遺伝子解析用に軟体部の一部を固定した。さらに海外での長大なカキの生息の有無の情報収集を行った。
2018年度の調査でも北海道と東北の複数の場所（資源保護のために具体的な場所は伏せる）から殻高30cm弱のナガガキタイプの個体を採集した。また、これまで知られていなかった産地を確認したほか、死殻では30cmを超える個体も確認した。ナガガキは貝殻断面の構造に特徴があるが、採集したナガガキタイプのカキの個体数は非常に少なく、貝殻は貴重なため、ダイヤモンドカッターによる切断は行わずmicro-CT（phoenix nanotom）と三次元画像構築により内部構造を細かく観察した。その結果、ナガガキの特徴である殻頂部のチョーク構造や殻室構造の発達を確認し、形態的にはナガガキタイプのカキが現在も少数生息していることが明らかになった。市や地元漁協では、本研究の成果をもとに新たなカキのブランド化をすすめる予定で、2019年度には勉強会が企画されている。さらに次世代シーケンサーによる網羅的解析を行い、遺伝的学特性の解析をすすめている。
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