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2016 年度 実施状況報告書

ゲノム情報に基づくタイラギの遺伝子攪乱リスクの評価

研究課題

研究課題/領域番号 16K07859
研究機関国立研究開発法人水産研究・教育機構

研究代表者

關野 正志  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (90371799)

研究分担者 藤原 篤志  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (30443352)
橋本 和正  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 西海区水産研究所, 主任研究員 (40372007)
佐々木 猛智  東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)
山田 勝雅  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 西海区水産研究所, 任期付研究員 (80569195)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード集団ゲノム学 / 分子生態学 / 交雑 / 遺伝子浸透 / 二枚貝 / 遺伝的多様性保全 / 集団遺伝学 / RAD
研究実績の概要

本研究では、準絶滅危惧種である大型二枚貝タイラギの有鱗型と無鱗型の二型について、その遺伝的差異をゲノムワイドに調べた上で、由来不明な、形態では識別できない個体や,mtDNAによる分類と形態分類が矛盾する個体の素性を明らかにする。そのために、形態,mtDNA 型および核DNAマーカー型を照合する。本年度は、1)後述のRADseq(Restriction site-associated DNA sequencing)解析に用いる、有鱗型と無鱗型が排他的に生息する地域からのサンプル(Refサンプル)と由来不明個体が頻出する地域からのサンプルの収集および2)ゲノムワイドDNA解析のためのRADseq手法の確立を行った。
1)有鱗型のRefサンプルとして長崎県五島から33個体、無鱗型のRefサンプルとして函館から46個体、由来不明個体が頻出する地域のサンプルとして、香川県高松・坂出から228個体を採集した。これらについて、閉殻筋からのゲノムDNA抽出を完了した。有鱗型と無鱗型のRefサンプルについてmtDNAのCOI解析を行ったところ、すべて形態分類とmtDNA分類結果が一致した。全個体について貝殻は乾燥・保管し、次年度以降の形態解析に用いる予定である。
2)タイラギにおける、制限酵素SbfIを用いたRADライブラリー作製法を開発した。上記のRefサンプルを使って次世代型DNAシーケンサー(NextSeq 500; illumina)によるライブラリーのシーケンシングを行ったところ、約1800のSNP(一塩基多型)が利用できることが分かった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

計画では、2年間で由来不明個体が頻出する地域のサンプルを収集する予定であったが、研究初年度で十分な数のサンプルが得られ、DNA抽出まで終えることができた。初年度にRADseq解析手法を確立することを計画していたが、Refサンプルについてはデータまで得ることができた。

今後の研究の推進方策

次年度は、RADseq解析を進め、必要に応じて新たなサンプルを収集する。並行してmtDNA解析と形態解析を行う。研究は計画以上に進んでおり、計画の変更や研究遂行上の問題点は見当たらない。

次年度使用額が生じた理由

タイラギ収集について、県水試や他水研の研究者の好意・協力を得て、購入費を低く抑えることができた。またDNA抽出について、キットを使わずに、労力は大きかったが古典的な方法を用いたことにより、試薬代を節約した。

次年度使用額の使用計画

節約することにより生じた剰余金は、コストのかかるDNA解析の試薬や人件費に充当する。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2017 2016

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] A new resource of single nucleotide polymorphisms in the Japanese eel Anguilla japonica derived from restriction site-associated DNA2016

    • 著者名/発表者名
      Masashi Sekino, Reiichiro Nakamichi, Yuki Iwasaki(他5名)
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 63 ページ: 496-504

    • DOI

      10.1007/s10228-016-0518-7

    • 査読あり
  • [学会発表] RAD-SNPに基づく有鱗型・無鱗型タイラギ間の遺伝的差異2017

    • 著者名/発表者名
      関野正志・藤原篤志・中村洋路(他9名)
    • 学会等名
      H29度日本水産学会春季大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2017-03-29 – 2017-03-29
  • [学会発表] タイラギ親貝の非破壊的遺伝子型判別手法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      橋本和正・永江 彬・中野昌次・山田勝雅・松山幸彦
    • 学会等名
      H29度日本水産学会春季大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2017-03-29 – 2017-03-29
  • [学会発表] タイラギ外套膜から綿棒で採取できるDNA量の推定2017

    • 著者名/発表者名
      橋本和正・中野昌次・山田勝雅(他2名)
    • 学会等名
      H29度日本水産学会春季大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2017-03-27 – 2017-03-27
  • [学会発表] 状態空間モデルによる個体群動態の推定:有明海の二枚貝資源量はなぜ減少したのか?2017

    • 著者名/発表者名
      山田勝雅, 長田穣, 中野善, 岡村和麿
    • 学会等名
      第64回日本生態学会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2017-03-16 – 2017-03-16
  • [学会発表] Genotype identification of the pen shell Atrina pectinata by using LAMP method2016

    • 著者名/発表者名
      Kazumasa Hashimoto, Katsumasa Yamada, Masashi Sekino, Takenori Sasaki(他4名)
    • 学会等名
      The 7th World Fisheries Congress
    • 発表場所
      韓国、釜山
    • 年月日
      2016-05-23 – 2016-05-23
    • 国際学会
  • [学会発表] Shell morphs-variations among distinct genotypes of the pen shell Atrina pectinata2016

    • 著者名/発表者名
      Katsumasa Yamada, Kazumasa Hashimoto, Masashi Sekino, Takenori Sasaki
    • 学会等名
      The 7th World Fisheries Congress
    • 発表場所
      韓国、釜山
    • 年月日
      2016-05-23 – 2016-05-23
    • 国際学会

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公開日: 2018-01-16   更新日: 2018-12-17  

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