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2017 年度 実施状況報告書

ゲノム情報に基づくタイラギの遺伝子攪乱リスクの評価

研究課題

研究課題/領域番号 16K07859
研究機関国立研究開発法人水産研究・教育機構

研究代表者

關野 正志  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (90371799)

研究分担者 藤原 篤志  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, 主幹研究員 (30443352)
橋本 和正  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 西海区水産研究所, 主任研究員 (40372007)
佐々木 猛智  東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)
山田 勝雅  熊本大学, くまもと水循環・減災研究教育センター, 特別研究員 (80569195)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード交雑 / 遺伝子浸透 / 保全遺伝学 / 二枚貝 / 集団遺伝学 / タイラギ
研究実績の概要

集団解析用のサンプル採集を終了した。サンプル数は下記の通りである(計342個体)。
函館(無鱗型生息地)、N=46;愛知(日間賀島;無鱗型生息地)、N=35;長崎(五島;有鱗型生息地)、N=33;香川県(無鱗型・有鱗型同所生息地)、N=228。
これらについてDNA解析用に閉殻筋を採取し、貝殻は形態解析に用いるため乾燥して保管してある。全個体についてゲノムDNAを抽出し、DNA濃度を測定した。順次RAD法による核DNA解析とミトコンドリアDNAシーケンス解析を行っている。函館の33個体、日間賀島の5個体、長崎の全個体および香川県の有鱗型39個体については予備的に統計解析まで行った。
それぞれの個体について制限酵素SbfIを使ったRADライブラリーを作成した。イルミナNextSeq 500により得られたシーケンスリードをBWA(Li and Durbin 2009)を用いて無鱗型個体のショットガンシーケンスで得られたレファレンスゲノムにマッピングした。Stacks (Catchen et al. 2013) を使ってRADタグを決定し,それらの個体内・個体間比較を通してSNPサイトを同定した。種々のフィルタリング後、1,867サイトが多型解析に利用可能であった。Structure によるクラスタリングの結果(Pritchard et al. 2000)、無鱗型・有鱗型が同所的に生息する香川の有鱗型個体の半数近くは、多かれ少なかれ無鱗型のDNAを受け継いでいることが明らかになり、少なくとも無鱗型から有鱗型への遺伝子浸透が起こっていることが示唆された。またミトコンドリアDNAについても、形態は有鱗型であるにも関わらず、無鱗型のハプロタイプを持つ個体が認められた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

2年目でサンプル収集とDNA抽出を終了した。またDNA解析は順調に進んでいる。3年目の前半ですべてのDNAデータを取得することを計画していたが、この目標は十分達成できる。形態解析も順次行っており、問題はない。

今後の研究の推進方策

最終年度である本年度の前半ですべてのDNAデータを取得する。形態解析については11月完了を目処に進める。その後、3ヶ月程度かけて、全個体を使った統計解析を行う予定である。

次年度使用額が生じた理由

RAD解析において、実験の改良により、次世代型シーケンサーで一度に解析できる個体数を増やすことが出来たため、試薬代を節約した。これにより次年度解析する個体数を十分カバーすることが出来る。さらにデータ確認のための再実験のために使用する。分担者の山田については使用額がゼロであった。これは年度途中で分担者が西海区水研から熊本大学に異動となったため、予定していた支援職員の雇用ができなくなったため、主たる支出となるの人件費を使用しなかったためである。新所属での雇用手続きの調整が終了したため,昨年度不履行だった人件費を今年度分に充填して,計画書通りの形態測定を行う予定である。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] Genotyping-by-sequencing for construction of a new genetic linkage map and QTL analysis of growth-related traits in Pacific bluefin tuna2018

    • 著者名/発表者名
      Uchino T, Hosoda E, Nakamura Y, Yasuike M, Mekuchi M, Sekino M, Fujiwara A, Sugaya T, Tanaka Y, Kumon K, Agawa Y, Sawada Y, Sano M, Sakamoto T
    • 雑誌名

      Aquaculture Research

      巻: 49 ページ: 1293-1301

    • DOI

      https://doi.org/10.1111/are.13584

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Survival time of juvenile pen shell Atrina pectinata (Bivalvia: Pinnidae) in hyposaline water2018

    • 著者名/発表者名
      Kurihara T, Nakano S, Matsuyama Y, Hashimoto K, Yamada K, Ito A, Kanematsu M
    • 雑誌名

      International Aquatic Research

      巻: 10 ページ: 1-11

    • DOI

      https://doi.org/10.1007/s40071-017-0183-0

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] DNA多型でみるタイラギ二種の違い2017

    • 著者名/発表者名
      關野正志・藤原篤志・橋本和正・山田勝雅・佐々木猛智
    • 雑誌名

      平成28年度中央水産研究所主要成果集「研究のうごき」

      巻: 15 ページ: 13-13

  • [雑誌論文] DNA親子判別における一塩基多型(SNPs)の 有効性の検証2017

    • 著者名/発表者名
      關野正志, 中道礼一郎・藤原篤志・西木一生・松原和純・岩崎裕貴・鈴木伸明
    • 雑誌名

      水産育種

      巻: 46 ページ: 79-85

    • 査読あり
  • [学会発表] 汽水域の漁獲ベントスの時空間動態からメタ個体群動態を推定する2017

    • 著者名/発表者名
      山田勝雅
    • 学会等名
      第130回汽水域懇談会
  • [学会発表] Community structure of benthic infauna in relation to spatial scale resolutions at Midorikawa-River tidal flats of Ariake Bay, Kyusyu, Japan: focusing on nested community structure.2017

    • 著者名/発表者名
      Yamada K, Komorita T, Takenaka R, Morokuma T, Kuroki Y, Uchikawa J
    • 学会等名
      The 3rd Asian Marine Biology Symposium
    • 国際学会

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公開日: 2018-12-17  

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