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2018 年度 実施状況報告書

ゲノム情報に基づくタイラギの遺伝子攪乱リスクの評価

研究課題

研究課題/領域番号 16K07859
研究機関国立研究開発法人水産研究・教育機構

研究代表者

關野 正志  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (90371799)

研究分担者 藤原 篤志  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, 主幹研究員 (30443352)
橋本 和正  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 西海区水産研究所, 主任研究員 (40372007)
佐々木 猛智  東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)
山田 勝雅  熊本大学, くまもと水循環・減災研究教育センター, 特任助教 (80569195)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
キーワード交雑 / 遺伝子浸透 / 一塩基多型 / タイラギ / 二枚貝 / 集団ゲノム学 / 集団遺伝学
研究実績の概要

昨年度までに採集した長崎県五島産タイラギの33個体、愛知県日間賀島の35個体、北海道函館の45個体および香川県221個体に加え、本年度採集した佐賀県の40個体について、制限酵素SbfIを使ったRADseq法により、SbfIサイトに隣接する塩基配列(リード)を取得した。得られたリードを無鱗型(ズベ)タイラギのレファレンスゲノム(Refゲノム)にマッピングした結果、得られたリード数は平均8,300,645/個体、カバレッジは平均1,008であり、十分なデータ量が得られた。ただし分析したサンプルの中にmtDNA L6タイプが混入しており(後述)、これらのサンプルについてはマッピングされたリード数が著しく少なかったため(Refゲノムとの違いが大きすぎて、マッピングできたリードが少ない)、以降の一塩基多型(SNP)解析ではL6個体は除外すべきと考えられた。マッピングされたリードを基に、現在コンピュータ解析によりSNP同定を行っているところである。
一方、上記サンプルについて、mtDNAのCOI領域の塩基配列解析を行った。その結果、函館産および日間賀島産の全個体はズベのハプロタイプ(L1タイプ)を持っていた。一方五島産および佐賀産では有鱗型(ケン)のハプロタイプ(L2タイプ)しか見られなかった。香川産(瀬戸内海)のサンプルではL1タイプを持つ個体が113、L2タイプが81、ズベでもケンでもないL6タイプを持つ個体が27認められた。このL6タイプを持つ個体は、いわゆるタイラギAtrina pectinata(ケン・ズベ)とは別種と考えられるが(mtDNA COI配列では、ケン・ズベとは約19%の違いがある。ケンとズベ間は8-9%程度)、 種の登録がされていない。L6タイプは日本では大分県蒲江でしか見つかっていなかったが、本調査により、瀬戸内海に広く分布していることが示唆された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

全サンプルについて、次世代型シーケンサーによるデータ収集は終了したものの、サンプル数(核ゲノムの塩基配列データ量)が多いため、所有するワークステーションでの解析に時間を要している。また形態解析を担当する共同研究者が異動し、それに伴い契約職員の雇用に遅延が生じ、形態解析に遅れが生じている。このため研究期間を延長した。

今後の研究の推進方策

形態解析については2019年12月を目処にデータを取り終える。核DNA(SNP)解析については、コンピュータによるSNP同定が終わり次第、集団遺伝統計解析を行う。

次年度使用額が生じた理由

次年度に再解析を行う可能性があるため、若干の額を残した。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2018

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Lineage specific detection of the scaly form of the pen shell Atrina spp. by a loop-mediated isothermal amplification method2018

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto K, Yamada K, Nagae A, Matsuyama Y
    • 雑誌名

      Fisheries Science

      巻: 84 ページ: 837-848

    • DOI

      https://doi.org/10.1007/s12562-018-1231-4

    • 査読あり
  • [学会発表] 有明海におけるタイラギの移植適水域2018

    • 著者名/発表者名
      栗原健夫, 松山幸彦, 橋本和正, 圦本達也, 長副聡, 岡村和麿, 中野昌次, 速水祐一, 山口創一
    • 学会等名
      2018年日本プランクトン学会・ベントス学会合同大会
  • [学会発表] 貧酸素水塊の移入に対するベントス群集の応答:群集形成パターンの評価2018

    • 著者名/発表者名
      4)山田勝雅, 小森田智大, 宮本 康, 石松将武, Wachirah Jaingam, 堤 裕昭, 逸見泰久
    • 学会等名
      日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会

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公開日: 2019-12-27  

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