| 研究課題/領域番号 |
16K08025
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| 研究機関 | 大阪府立大学 |
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研究代表者 |
松林 誠 大阪府立大学, 生命環境科学研究科, 准教授 (00321076)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | コクシジウム / 弱毒化 / ゲノム解析 / シゾント |
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| 研究実績の概要 |
鶏コクシジウム症は下痢を主徴とし、Eimeria 属原虫の感染によって起こる。感染鶏は重篤例では血便を呈し死亡するため、生産現場における影響は大きい。本原虫の野外株を幼雛に経口投与し、糞便中に早期に出現するオーシストを選択的に回収し、これを数十代継代することで弱毒化することが知られている。昨年度は、幼雛にて20代の継代を行ったところ、オーシストの排出が、20時間短縮さた。また、その株を新たに幼雛に投与しても、盲腸粘膜層の炎症および出血の程度は減弱されることが確認された。感染盲腸の組織病理学的解析により、病原性に起因する第2代シゾントが盲腸粘膜において早期に出現し、かつ縮小していることを見出した。本年度は、元株とこの20代継代株の胞子形成オーシストからゲノムDNA を抽出し、Illumina HiSeq により塩基配列を決定し、1.3億リード(約13,000Ｍbp)～0.4億リード(約4,000Mbp)を得ることができた。各リードを公開されているE. tenella の全ゲノム情報をリファレンス配列とし、これらの株のリード配列をマッピングした。その結果、リファレンス株と比較して、1塩基置換が認められた箇所を多数決定できた。それぞれの継代株についてマッピングされたリード数からVariant Allele Frequency (VAF)を算出し、元株と20代継代株でVAFが3倍以上に変動している箇所を選定している。また、それぞれの変異箇所の遺伝子のアノテーション付けを行なっているところである。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
次世代シークエンサーを用いて、弱毒株の継代前後における塩基配列を決定し、多数のリードを得た。また、この間の変異箇所も同定できた。
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| 今後の研究の推進方策 |
次年度は、弱毒化の各段階、つまり5, 10, 15代継代株についても、塩基配列を決定し、同程度のリードを得て、マッピングを行う予定である。これまでの継代的な病理組織学的解析により、前半では第2代シゾントの早熟化が進み、後半はシゾントの大きさの縮小が進んでいると考えられる。これにより、変異の程度を各段階において決定できると期待される。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
計画時よりもマッピング等のゲノム解析に多くの時間が費やされたため、年度内での解析終了が見込めなかったため。
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