診断治療戦略に向けた遺伝子型別肺腺癌のmicroRNA・mRNA統合発現解析

2016 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 16K08679
• 研究機関: 公益財団法人がん研究会
• 研究代表者: 稲村 健太郎 公益財団法人がん研究会, がん研究所 病理部, 主任研究員 (40442545)
• 研究期間 (年度): 2016-04-01 – 2019-03-31
• キーワード: マイクロRNA / メッセンジャーRNA / ドライバー遺伝子 / マイクロアレイ / 網羅的遺伝子発現解析 / 肺癌 / 腺癌 / 人体病理学

研究実績の概要

・研究計画に記載の通り、肺腺癌手術検体のmicroRNAおよびmRNAのマイクロアレイによる網羅的遺伝子発現解析を施行している。具体的な実験は下記の通り行った。
microRNAマイクロアレイはSurePrint G3 Human miRNAマイクロアレイ 8×60K Rel.19.0（Agilent）を用い、mRNAマイクロアレイはSurePrint Human GEマイクロアレイキット8×60Kを用いた。
① 肺腺癌手術凍結検体数十例からmicroRNAとmRNAを含むトータルRNAを抽出した（miRNeasy Mini Kit, QIAGEN）。② トータルRNAを定量し、RNAの質をチェックした（2100 Bioanalyzer, Agilent）。③ 上記のmicroRNAマイクロアレイ・mRNAマイクロアレイを用い、マイクロアレイスキャナ(G2565CA, Agilent)でスキャンした。④ Feature Extraction（Agilent）で発現量を数値化し、テキストファイルをGeneSpring（Agilent）にアップロードした。
・今後、合計200例の肺腺癌のmicroRNA・mRNA網羅的遺伝子発現データを得る予定である。
・肺腺癌200例のドライバー遺伝子異常・臨床予後を含む臨床病理学的データベースを作製した。
・肺癌におけるmicroRNA研究の最新の現状を把握するため、肺癌のmicroRNA研究の現状を詳細に調べるとともに、肺癌のmicroRNAに関する総説を2本publishした（Inamura K. Diagnostic and Therapeutic Potential of MicroRNAs in Lung Cancer. Cancers, 2017, 9, 49; http://www.mdpi.com/2072-6694/9/5/49; Inamura K. Major Tumor Suppressor and Oncogenic Non-Coding RNAs: Clinical Relevance in Lung Cancer. Cells, 2017, 6, 12; http://www.mdpi.com/2073-4409/6/2/12; 2本ともオープンアクセスである)。

現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

当初の予定よりはやや少ないが、マイクロアレイによりmicroRNA・mRNAの網羅的遺伝子発現データを肺腺癌数十例から得た。また、解析する予定の肺腺癌約200症例のドライバー遺伝子異常・臨床予後を含む臨床病理学的データベースを作製した。

また肺癌のmicroRNA研究の最新の現状を理解し共有するため、肺癌のmicroRNAに関する総説を2本publishした（Inamura K. Diagnostic and Therapeutic Potential of MicroRNAs in Lung Cancer. Cancers, 2017, 9, 49; http://www.mdpi.com/2072-6694/9/5/49; Inamura K. Major Tumor Suppressor and Oncogenic Non-Coding RNAs: Clinical Relevance in Lung Cancer. Cells, 2017, 6, 12; http://www.mdpi.com/2073-4409/6/2/12; 2本ともオープンアクセスである)。

今後の研究の推進方策

当初の予定通り、合計200症例の肺腺癌のmicroRNA・mRNAの網羅的遺伝子発現データを得る。

データ採取後、trainingセットにより遺伝子型の異なる肺腺癌に特徴的なmicroRNAおよびmRNAを抽出し、validationセットにより妥当性の検証を行う。また遺伝子型と組み合わせて、予後を含む臨床病理像と関連する発現プロファイルを抽出する。
① 肺腺癌約200例をtrainingセット（約120例）とvalidationセット（約80例）にランダムにわける。② まず、trainingセット約120例において、異なる遺伝子型（EGFR変異・KRAS変異・ALK融合・RET融合・ROS1融合・いずれの遺伝子異常もない）に特徴的なmicroRNAおよびmRNAをGeneSpringにより抽出する。③ 次に、validationセット約80例においても、trainingセットで抽出されたmicroRNA・mRNAが各遺伝子型に特徴であるかを確認する。④ 遺伝子型と組み合わせたデータ解析により、臨床予後やその他の臨床病理学的所見と関連するmicroRNAおよびmRNAをtrainingセットで抽出し、validationセットにより検証する。microRNAとmRNAを組み合わせたプロファイルも考慮する。

その後には、抽出された遺伝子型に特徴的なmicroRNAとmRNAの相互作用を加味したパスウェイ解析により統合的な分子病理学的解釈を行う予定である。

次年度使用額が生じた理由

実験物品費が実験計画想定時より安価であったとともに、共用物品を使用することが可能であった。実験の進捗状況がやや遅れていることも原因のひとつである。

次年度使用額の使用計画

次年度以降の実験物品費・論文校正費・論文掲載費・学会発表費に充てる予定である。

研究成果

• [雑誌論文] Diagnostic and Therapeutic Potential of MicroRNAs in Lung Cancer. (2017)
  • 著者名/発表者名: Inamura K.
  • 雑誌名: Cancers (Basel) 巻: 9(5) ページ: 49
  • DOI: 10.3390/cancers9050049
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Major Tumor Suppressor and Oncogenic Non-Coding RNAs: Clinical Relevance in Lung Cancer. (2017)
  • 著者名/発表者名: Inamura K.
  • 雑誌名: Cells 巻: 6(2) ページ: 12
  • DOI: 10.3390/cells6020012
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Association of tumor TROP2 expression with prognosis varies among lung cancer subtypes. (2017)
  • 著者名/発表者名: Inamura K, Yokouchi Y, Kobayashi M, Ninomiya H, Sakakibara R, Subat S, Nagano H, Nomura K, Okumura S, Shibutani T, Ishikawa Y.
  • 雑誌名: Oncotarget 巻: 8(17) ページ: 28725-28735
  • DOI: 10.18632/oncotarget
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Tumor B7-H3 (CD276) expression and smoking history in relation to lung adenocarcinoma prognosis. (2017)
  • 著者名/発表者名: Inamura K, Yokouchi Y, Kobayashi M, Sakakibara R, Ninomiya H, Subat S, Nagano H, Nomura K, Okumura S, Shibutani T, Ishikawa Y.
  • 雑誌名: Lung Cancer 巻: 103 ページ: 44-51
  • DOI: 10.1016/j.lungcan.2016.11.013
  • 査読あり
• [雑誌論文] EBUS-TBNA as a Promising Method for the Evaluation of Tumor PD-L1 Expression in Lung Cancer. (2017)
  • 著者名/発表者名: Sakakibara R, Inamura K, Tambo Y, Ninomiya H, Kitazono S, Yanagitani N, Horiike A, Ohyanagi F, Matsuura Y, Nakao M, Mun M, Okumura S, Inase N, Nishio M, Motoi N, Ishikawa Y.
  • 雑誌名: Clin Lung Cancer 巻: 18(5) ページ: 527-534.e1
  • DOI: 10.1016/j.cllc.2016.12.002
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel fusion of HNRNPA-ALK in inflammatory myofibroblastic tumor of urinary bladder (2017)
  • 著者名/発表者名: Inamura K, Kobayashi M, Nagano H, Sugiura Y, Ogawa M, Masuda H, Yonese J, Ishikawa Y.
  • 雑誌名: Human Pathology 巻: 印刷中 ページ: 印刷中
  • DOI: doi: 10.1016/j.humpath.2017.04.022.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Tumour CD274 (PD-L1) expression and T cells in colorectal cancer. (2017)
  • 著者名/発表者名: Masugi Y, Nishihara R, Yang J, Mima K, da Silva A, Shi Y, Inamura K, Cao Y, Song M, Nowak JA, Liao X, Nosho K, Chan AT, Giannakis M, Bass AJ, Hodi FS, Freeman GJ, Rodig S, Fuchs CS, Qian ZR, Ogino S.
  • 雑誌名: Gut 巻: 印刷中 ページ: 印刷中
  • DOI: doi: 10.1136/gutjnl-2016-311421.
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Association Between Somatostatin Receptor Expression and Clinical Outcomes in Neuroendocrine Tumors. (2016)
  • 著者名/発表者名: Qian ZR, Li T, Ter-Minassian M, Yang J, Chan JA, Brais LK, Masugi Y, Thiaglingam A, Brooks N, Nishihara R, Bonnemarie M, Masuda A, Inamura K, Kim SA, Mima K, Sukawa Y, Dou R, Lin X, Christiani DC, Schmidlin F, Fuchs CS, Mahmood U, Ogino S, Kulke MH.
  • 雑誌名: Pancreas 巻: 45 ページ: 1386-1393
  • DOI: doi: 10.1097/MPA.0000000000000700.
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Thymic oncocytic carcinoid with a markedly elevated level of maximum SUV. (2016)
  • 著者名/発表者名: Noma D, Inamura K, Mun M, Terauchi T, Matsuura Y, Nakao M, Ninomiya H, Nakagawa K, Masuda M, Okumura S, Ishikawa Y.
  • 雑誌名: Pathol Int. 巻: 66 ページ: 593-595
  • DOI: doi: 10.1111/pin.12449.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Relationship of tumor PD-L1 expression with EGFR wild-type status and poor prognosis in lung adenocarcinoma. (2016)
  • 著者名/発表者名: Inamura K, Yokouchi Y, Sakakibara R, Kobayashi M, Subat S, Ninomiya H, Nagano H, Nomura K, Okumura S, Ishikawa Y.
  • 雑誌名: Jpn J Clin Oncol. 巻: 46 ページ: 935-941
  • DOI: doi: 10.1093/jjco/hyw087.
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Regular Aspirin Use Associates With Lower Risk of Colorectal Cancers With Low Numbers of Tumor-Infiltrating Lymphocytes. (2016)
  • 著者名/発表者名: Cao Y, Nishihara R, Qian ZR, Song M, Mima K, Inamura K, Nowak JA, Drew DA, Lochhead P, Nosho K, Morikawa T, Zhang X, Wu K, Wang M, Garrett WS, Giovannucci EL, Fuchs CS, Chan AT, Ogino S.
  • 雑誌名: Gastroenterology 巻: 151 ページ: 879-892
  • DOI: doi: 10.1053/j.gastro.2016.07.030.
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Genomic Correlates of Immune-Cell Infiltrates in Colorectal Carcinoma. (2016)
  • 著者名/発表者名: Giannakis M, Mu XJ, Shukla SA, Qian ZR, Cohen O, Nishihara R, Bahl S, Cao Y, Amin-Mansour A, Yamauchi M, Sukawa Y, Stewart C, Rosenberg M, Mima K, Inamura K, Nosho K, Nowak JA, Lawrence MS, Giovannucci EL, Chan AT, Ng K, Meyerhardt JA, Van Allen EM, Getz G, Gabriel SB, Lander ES, Wu CJ, Fuchs CS, Ogino S, Garraway LA.
  • 雑誌名: Cell Rep. 巻: １５ ページ: －
  • DOI: doi: 10.1016/j.celrep.2016.03.075.
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Marine ω-3 Polyunsaturated Fatty Acid Intake and Risk of Colorectal Cancer Characterized by Tumor-Infiltrating T Cells. (2016)
  • 著者名/発表者名: Song M, Nishihara R, Cao Y, Chun E, Qian ZR, Mima K, Inamura K, Masugi Y, Nowak JA, Nosho K, Wu K, Wang M, Giovannucci E, Garrett WS, Fuchs CS, Ogino S, Chan AT.
  • 雑誌名: JAMA Oncol. 巻: 2 ページ: 1197-1206
  • DOI: doi: 10.1001/jamaoncol.2016.0605.
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Body mass index and risk of colorectal cancer according to tumor lymphocytic infiltrate. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hanyuda A, Ogino S, Qian ZR, Nishihara R, Song M, Mima K, Inamura K, Masugi Y, Wu K, Meyerhardt JA, Chan AT, Fuchs CS, Giovannucci EL, Cao Y.
  • 雑誌名: Int J Cancer 巻: 139 ページ: 854-868
  • DOI: doi: 10.1002/ijc.30122.
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] 肺癌の新WHO分類. (2016)
  • 著者名/発表者名: 稲村健太郎, 石川雄一
  • 雑誌名: 成人病と生活習慣病 巻: 46 ページ: 419-426
• [雑誌論文] 癌の分子病理学. 病理診断から治療標的探索まで: (第2部) 癌の分子病理学 臓器癌：肺癌. (2016)
  • 著者名/発表者名: 稲村健太郎, 二宮浩範, 石川雄一
  • 雑誌名: 病理と臨床 巻: 34 (臨時増刊号) ページ: 146-154
• [学会発表] PD-L1 expression in high-grade neuroendocrine carcinoma of the lung. (2016)
  • 著者名/発表者名: Inamura K.
  • 学会等名: 11th Annual Meeting of the Asia-Pacific Societies for Molecular Immunology and 3rd Asia-Australasia Pulmonary Pathology Society Meeting.
  • 発表場所: Taipei, Taiwan
  • 年月日: 2016-12-09 – 2016-12-11
  • 国際学会
• [学会発表] Tumor B7-H3 (CD276) protein expression, smoking history, and survival in lung adenocarcinoma patients. (2016)
  • 著者名/発表者名: Inamura K, Yokouchi Y, Kobayashi M, Sakakibara R, Ninomiya H, Subat S, Nagano H, Nomura K, Okumura S, Shibutani T, Ishikawa Y.
  • 学会等名: 17th World conference on lung cancer
  • 発表場所: Vienna, Austria
  • 年月日: 2016-12-04 – 2016-12-07
  • 国際学会
• [学会発表] Insulinoma-Associated 1 (INSM1) immunohistochemical expression in lung neuroendocrine tumors. (2016)
  • 著者名/発表者名: Sakakibara R, Inamura K, Ninomiya H, Shigematsu Y, Kakita T, Noma D, Hirata Y, Matsuura Y, Nakao M, Mun M, Nishio M, Okumura S, Ishikawa Y.
  • 学会等名: 17th World conference on lung cancer
  • 発表場所: Vienna, Austria
  • 年月日: 2016-12-04 – 2016-12-07
  • 国際学会
• [学会発表] Skene’s gland adenocarcinoma with intestinal differentiation: a case report and literature review. (2016)
  • 著者名/発表者名: Muto M, Inamura K, Uehara S, Endo T, Yonese J, Ishikawa Y.
  • 学会等名: 第６回 日台合同スライドカンファレンス
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2016-10-14 – 2016-10-15
  • 国際学会
• [学会発表] B7-H3 (CD276) expression, smoking history, and patient survival in lung adenocarcinoma. (2016)
  • 著者名/発表者名: Inamura K, Kobayashi M, Sakakibara R, Ninomiya H, Subat S, Nagano H, Nomura K, Okumura S, Ishikawa Y.
  • 学会等名: 75th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
  • 発表場所: Yokohama
  • 年月日: 2016-10-06 – 2016-10-08
• [学会発表] Asthma and risk of colorectal cancer according to tumor immunity and molecular subtypes. (2016)
  • 著者名/発表者名: Li Y, Song M, Nishihara R, Qian ZR, Varraso R, Inamura K, Masugi Y, Giovannucci EL, Wang M, Camargo CA, Fuchs CS, Chan AT, Ogino S, Cao Y.
  • 学会等名: AACR Special Conference: Colorectal Cancer: From Initiation to Outcomes
  • 発表場所: Tampa, FL, USA
  • 年月日: 2016-09-17 – 2016-09-20
  • 国際学会
• [学会発表] Aspirin Use and Risk of Colorectal Cancer According to Tumor Immunity Status. (2016)
  • 著者名/発表者名: Cao Y, Nishihara R, Qian ZR, Song M, Mima K, Inamura K, Nowak J, Drew D, Lochhead P, Nosho K, Morikawa T, Zhang X, Wu K, Wang M, Garrett WS, Giovannucci E, Fuchs CS, Ogino S, Chan AT.
  • 学会等名: Digestive Disease Week
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2016-05-22 – 2016-05-24
  • 国際学会
• [学会発表] B7-H3 protein expression and patient survival according to smoking status in lung adenocarcinoma (2016)
  • 著者名/発表者名: 稲村健太郎, 横内友祐, 小林真季, 河内洋, 二宮浩範, ソバティ・ソフィア, 本田小吉, 小坂俊幸, 渋谷朋子, 石川雄一.,
  • 学会等名: 第105回日本病理学会総会
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2016-05-12 – 2016-05-14
• [学会発表] Marine ω-3 polyunsaturated fatty acid intake and risk of colorectal cancer according to tumor-infiltrating T cells. (2016)
  • 著者名/発表者名: Song M, Nishihara R, Cao Y, Chun E, Qian ZR, Mima K, Inamura K, Masugi Y, Nowak J, Nosho K, Wu K, Wang M, Giovannucci E, Garrett WS, Fuchs CS, Ogino S, Chan AT.
  • 学会等名: The AACR 107th Annual Meeting 2016
  • 発表場所: New Orleans, LA, USA
  • 年月日: 2016-04-16 – 2016-04-20
  • 国際学会
• [備考] （公財）がん研究会がん研究所病理部
  • URL: http://www.jfcr.or.jp/laboratory/department/pathology/index.html