研究課題
癌の約半数で変異が認められる癌抑制遺伝子，p53の転写標的となる長鎖非コードRNA（long non-coding RNA, lncRNA）を探索するために，p53欠失の癌細胞に対してp53を過剰発現させた系，および正常型p53を持つ癌細胞にNutlin-3a処理を行い内因性p53を活性化した系において，p53のクロマチン免疫沈降産物の次世代シーケンサー解析（ChIP-seq）を行った．その結果，両者で共通して2倍以上発現上昇を認め，かつ遺伝子近傍にp53の結合が認められるlncRNAが96あり，その中でNEAT1というlncRNAに着目して解析を進めた．ChIP-seqでは，NEAT1遺伝子の転写開始点上流約1500bpにp53結合を示すピークを認め，その領域に重なるp53結合モチーフを認めた．その部分の配列を用いたレポーターアッセイでは，p53による転写活性の上昇が引き起こされた．p53正常型の3種類の癌細胞にNutlin-3a処理を行い内因性p53を活性化したところ，定量PCRでNEAT1の発現が強く誘導されることが判明した，また，p53活性化時にNEAT1をノックダウンしたところ，p53によって引き起こされる増殖抑制が減弱した．その際の遺伝子発現をRNA-seqを用いて網羅的に解析したところ，NEAT1のノックダウンにより特定の遺伝子群の発現変化が認められた．また，NEAT1の発現と予後の関係について，大腸癌を含む３つのデータセットにおいて解析を行ったところ，NEAT1の低発現が予後不良と相関していた．以上の結果から，p53によるNEAT1の発現誘導がp53の腫瘍抑制に寄与すると共に，p53とNEAT1が複雑な転写ネットワークを形成していることが示唆された．
2: おおむね順調に進展している
当初の計画通り，研究が進んでいるため．
これまでの研究結果を論文にまとめるとともに，学会等で発表を行う．
学内の共通機器の使用により，受託解析費用や消耗品費が抑えられたため．これまでの研究成果を論文にするための追加実験費用，投稿掲載料，および成果の学会発表のための旅費等に使用する予定である．
すべて 2019 2018
すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件)
Tumor Biology
巻: 40 ページ: 0
10.1177/1010428318800180.
Cell Death and Disease
巻: 9 ページ: 826
10.1038/s41419-018-0893-2.
Journal of Dermatological Science
巻: 90 ページ: 82-89
10.1016/j.jdermsci.2018.01.002.
