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2017 年度 実施状況報告書

ヒトゲノム解析にピロリ菌ゲノム解析を併せることで超早期胃がん診断を実現する

研究課題

研究課題/領域番号 16K09295
研究機関聖マリアンナ医科大学

研究代表者

渡邊 嘉行  聖マリアンナ医科大学, 医学部, 講師 (90329243)

研究分担者 山本 博幸  聖マリアンナ医科大学, 医学部, 准教授 (40332910)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワードピロリ菌 / 胃がん / 次世代シークエンス解析 / パイロシークエンス / 胃洗浄廃液 / 遺伝子異常 / 挿入
研究実績の概要

本研究では、以前に我々が報告してきた通常内視鏡検査時に廃棄される胃洗浄廃液から回収・解析したヒトDNA異常を胃がんの分子マーカーとするアイディアに加え、混在する定量的複数種ピロリ菌全ゲノム解析を実施することで「胃全体のヒトゲノム+ピロリゲノム情報による廃液を用いた超早期胃がん遺伝子診断」として胃がん診断への応用検討を行うものである。今年度は、我々が独自開発したG-Scan法(next-generation sequencing-based method of integrated whole helicobacter pylori genomes)を用いNGS解析(WET解析)を終了に成功した。更に我々はバイオインフォマティクス技術によるDRY解析により、ゲノムワイド関連解析(Genome Wide Association Study;GWAS)を実施、「胃がん特異的ゲノム配列異常」36候補遺伝子の同定に成功している。興味深いことに、候補遺伝子のなかには胃発がん因子として重要なcag pathogenicity island (cag PAI)に含まれるcag遺伝子を認める一方で、cagPAI以外に存在する複数塩基のinsertionの同定にも成功した。既に同部位insertionの存在は胃癌・非胃がん症例(検証セット)におけるパイロシークエンス解析より、胃がん症例に感染するピロリゲノムにおいて高頻度に認めることを確認済みである。今後は前向き他施設共同試験による大規模な検証試験を予定するとともに、insertionによるピロリ菌の構造変化、機能解析を行ってゆく予定である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

予定通り胃洗浄廃液検体を用いたNGS解析(WET解析)に成功し、その後のバイオインフォマティクス技術によるDRY解析から36候補遺伝子「胃がん特異的ピロリ菌遺伝子異常」の同定に成功している。さらに、候補遺伝子異常のひとつ「DNAの塩基配列の挿入」部位は検証セットを用いたパイロシークエンス解析により、胃がん症例に高頻度で認めることを検証しており、予定スケジュール通りに研究進展している。

今後の研究の推進方策

今後は前向き他施設共同試験による大規模な検証試験を予定するとともに、insertionによるピロリ菌の構造変化、機能解析を他大学との共同研究の形で行ってゆく予定である。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Enrichment of Helicobacter pylori mutant strains after eradication therapy analyzed by gastric wash-based quantitative pyrosequencing2017

    • 著者名/発表者名
      Oikawa Ritsuko、Watanabe Yoshiyuki、Miyamoto Shuichi、Sato Yoshinori、Ono Shoko、Mabe Katsuhiro、Yamamoto Hiroyuki、Kato Mototsugu、Itoh Fumio
    • 雑誌名

      Tumour Biology

      巻: 39 ページ: 101042831773486

    • DOI

      10.1177/1010428317734865

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Enrichment of Helicobacter pylori mutant strains after eradication therapy analyzed by gastric wash-based quantitative pyrosequencing2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Watanabe, Ritsuko Oikawa, Hiroyuki Yamamoto, Fumio Itoh
    • 学会等名
      AACR Annual Meeting 2018
    • 国際学会
  • [学会発表] 胃洗浄廃液を用いた胃内H.pylori菌遺伝子NGS解析の診断・治療への応用2018

    • 著者名/発表者名
      渡邊嘉行、山本博幸、伊東文生
    • 学会等名
      第14回 日本消化管学会総会学術集会
  • [学会発表] ENRICHMENT OF HELICOBACTER PYLORI MUTANT STRAINS AFTER ERADICATION THERAPY ANALYZED BY GASTRIC WASH BASED PYROSEQUENCING AND NGS2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Watanabe, Ritsuko Oikawa, Hiroyuki Yamamoto, Fumio Itoh
    • 学会等名
      DDW 2018
    • 国際学会
  • [学会発表] 除菌治療後に胃内H. pylori(変異株)の含有比は変動する2017

    • 著者名/発表者名
      渡邊嘉行、及川律子、宮本修一、佐藤義典、小野尚子、間部克裕、山本博幸、加藤元嗣、伊東文生
    • 学会等名
      第23回 日本ヘリコバクター学会
  • [学会発表] 次世代シークエンサーによる胃内H.pylori菌遺伝子解析のテーラーメイド治療への応用2017

    • 著者名/発表者名
      渡邊嘉行、山本博幸、伊東文生
    • 学会等名
      日本消化器病週間 JDDW2017

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公開日: 2018-12-17  

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