難治性リンパ腫におけるMYC, PVT1再構成・発現の解析と臨床応用

2017 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 16K09856
• 研究機関: 京都府立医科大学
• 研究代表者: 谷脇 雅史 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 特任教授 (80163640)
• 研究分担者: 名越 久朗 京都府立医科大学, 医学部附属病院, 専攻医 (80713924) [辞退] ; 知念 良顕 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (10757602)
• 研究期間 (年度): 2016-04-01 – 2019-03-31
• キーワード: 難治性リンパ腫 / 8q24染色体異常 / キメラmRNA / PVT1 / long noncoding RNA

研究実績の概要

【対象と方法】京都府立医科大学で樹立した難治性びまん性大細胞型Ｂリンパ腫（DLBCL）の細胞株KPUM-UH1を対象とした．方法は，染色体分染法，spectral karyotyping (SKY)，double-color fluorescence in situ hybridization (DC-FISH)，オリゴヌクレオチドアレイ，RT-PCR，塩基配列決定法，次世代シーケンス解析（paired-end RNA sequencing; RNA-Seq, illumina社HiScanSQ）によった．【結果】KPUM-UH1のオリゴヌクレオチドアレイ解析による再検討ではPVT1増幅を認めた．DC-FISHではadd(8)(q24)とder(14)t(14;16)(p11.2;q11.2)にMYC-IGH融合シグナルを検出し，MYC遺伝子のIGH遺伝子への挿入と診断した．PVT1をはさむ”PVT1-A”と，PVT1のみをカバーする”PVT1-S”の自作プローブを用いたDC-FISHにより，KPUM-UH1の8q24異常切断点をPVT1 exons1-2に同定した．RNA-Seq解析で検出されたPVT1とELK2AP (member of ETS oncogene family, pseudogene) のキメラ は，PVT1 exon1とELK2AP exon3の融合であり，スプライシング異常ではなく，DNA再構成により形成されていた．ELK2APはIGHGP (14q32)の5’側に存在する偽遺伝子でありスイッチ配列は有さず，intron 2にRSS配列を有していた．【考察】8q24と14q32のゲノム融合によってMYCとIGHとは異なる遺伝子に再構成が生じていた．PVT1-ELK2AP融合のメカニズムはRAG-mediated translocationであると推定された． PVT1はlong noncoding RNA (lncRNA) であり，キメラ遺伝子形成によって難治性リンパ腫の分子病態に関与する可能性がある．

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

難治性のびまん性大細胞型Bリンパ腫由来細胞株のRNA-seq解析で検出し，RT-PCRと塩基配列決定によって，PVT1キメラの新規相手遺伝子としてELK2AP（14q32）を同定した．このPVT1-ELK2APは，FISH解析から，t(8;14)(q24;q32)により形成されていることが示唆された．しかし，染色体レベルではt(8;14)転座は検出されず，LSI IGH/MYCプローブ（VYSIS）を用いたFISH解析によりIGH遺伝子へのMYC遺伝子の挿入が疑われた．MYC遺伝子の存在する8q24の切断点を同定するために，自作のPVT1プローブによるFISH解析を実施した．その結果，切断点はPVT1 exons1-2に存在することが明らかとなり，PVT1 exon1とELK2AP exon3の融合をゲノムレベルで証明することができた．今回の研究からlncRNAの関与する遺伝子研究の新たな展開が期待できる．

今後の研究の推進方策

PVT1-ELK2AP キメラmRNAは，PVT1 exons1-2に切断点の存在することが明らかとなり，PVT1 exon1とELK2AP exon3の融合をゲノムレベルで証明することができた．さらに，PVT1-ELK2AP キメラmRNAを多数例の悪性リンパ腫で検索し，難治性悪性リンパ腫の分子病態への関与を解明する．

研究成果

• [雑誌論文] Elotuzumab for the treatment of relapsed or refractory multiple myeloma, with special reference to its modes of action and SLAMF7 signaling. (2018)
  • 著者名/発表者名: Taniwaki M, Yoshida M, Matsumoto Y, Shimura K, Kuroda J, Kaneko H.
  • 雑誌名: Mediterr J Hematol Infect Dis. 巻: 10 ページ: 1-16
  • DOI: 10.4084/MJHID.2018.014.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Chromosomal abnormality variation detected by G-banding is associated with prognosis of diffuse large B-cell lymphoma treated by R-CHOP-based therapy. (2018)
  • 著者名/発表者名: Mizuno Y, Tsukamoto T, Kawata E, Uoshima N, Uchiyama H, Yokota I, Maegawa S, Takimoto T, Tanba K, Matsumura-Kimoto Y, Kuwahara-Ota S, Fujibayashi Y, Yamamoto-Sugitani M, Chinen Y, Shimura Y, Horiike S, Taniwaki M, Kobayashi T, Kuroda J.
  • 雑誌名: Cancer Med. 巻: 7 ページ: 655-664
  • DOI: 10.1002/cam4.1342.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Prognostic impact of a past or synchronous second cancer in diffuse large B cell lymphoma. (2018)
  • 著者名/発表者名: Tanba K, Chinen Y, Uchiyama H, Uoshima N, Shimura K, Fuchida S, Kiyota M, Nakao M, Shimura Y, Kobayashi T, Horiike S, Wada K, Shimazaki C, Kaneko H, Kobayashi Y, Taniwaki M, Kuroda J.
  • 雑誌名: Blood Cancer J. 巻: 8 ページ: 1-5
  • DOI: 10.1038/s41408-017-0043-6.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Expression of master regulators of T-cell, helper T-cell and follicular helper T-cell differentiation in angioimmunoblastic T-cell lymphoma. (2018)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto Y, Nagoshi H, Yoshida M, Kato S, Kuroda J, Shimura K, Kaneko H, Horiike S, Nakamura S, Taniwaki M.
  • 雑誌名: Intern Med. 巻: 56 ページ: 2851-2856
  • DOI: 10.2169/internalmedicine.8570-16.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Hairy B-Cell lymphoproliferative disorder and its differential diagnosis: a case with long-term follow-up. (2017)
  • 著者名/発表者名: Matsuda K, Matsumoto Y, Yoshida M, Shimura K, Kaneko H, Inaba T, Horiike S, Kuroda J, Taniwaki M.
  • 雑誌名: Mediterr J Hematol Infect Dis. 巻: 9 ページ: 1-5
  • DOI: 10.4084/MJHID.2017.054.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Clinicopathological analysis of 46 cases with CD4+ and/or CD56+ immature haematolymphoid malignancy: reappraisal of blastic plasmacytoid dendritic cell and related neoplasms. (2017)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Y, Kato S, Kohno K, Satou A, Eladl AE, Asano N, Kono M, Kato Y, Taniwaki M, Akiyama M, Nakamura S.
  • 雑誌名: Histopathology 巻: 71 ページ: 972-984
  • DOI: 10.1111/his.13340.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Romidepsin in Japanese patients with relapsed or refractory peripheral T-cell lymphoma: a phase I/II and pharmacokinetics study. (2017)
  • 著者名/発表者名: Maruyama D, Tobinai K, Ogura M, Uchida T, Hatake K, Taniwaki M, Ando K, Tsukasaki K, Ishida T, Kobayashi N, Ishizawa K, Tatsumi Y, Kato K, Kiguchi T, Ikezoe T, Laille E, Ro T, Tamakoshi H, Sakurai S, Ohtsu T.
  • 雑誌名: Int J Hematol. 巻: 106 ページ: 655-665
  • DOI: 10.1007/s12185-017-2286-1.
  • 査読あり
• [学会発表] Updated report of a phase I/II multicenter study of forodesine, a purine nucleoside phosphorylase inhibitor, in Japanese patients with relapsed peripheral T-cell lymphoma. (2017)
  • 著者名/発表者名: Shibayama H, Tobinai K, Tsukasaki K, Uchida T, Maeda Y, Nagai H, Kurosawa M, Abe Y, Hatake K, Ando K, Yoshida I, Hidaka M, Murayama T, Okitsu Y, Tsukamoto N, Taniwaki T, Suzumiya J, Tamura K, Yamauchi T, Ueda R.
  • 学会等名: 59th The American Society of Hematology Annual Meeting and Exposition.
  • 国際学会
• [学会発表] Short-form of BCL11B contributes to tumorigenesis of adult T-cell leukiema/lymphoma. (2017)
  • 著者名/発表者名: Nakahata S, Ichikawa T, Saito Y, Taki T, Tanwiaki M, Morishita K.
  • 学会等名: 第79回日本血液学会学術集会
• [学会発表] Chromosomal abnormalities and prognostic impacts in follicular lymphoma in the era of Rituximab. (2017)
  • 著者名/発表者名: Tsukamoto T, Kawata E, Uoshima N, Chinen Y, Shimura Y, Yamamoto-Sugitani M, Kobayashi T, Horiike S, Yasukawa S, Yanagisawa A, Taniwaki M, Kuroda J.
  • 学会等名: 第79回日本血液学会学術集会
• [学会発表] TCL-001: A phase I/II Japanese study of romidepsin in relapsed/refractory peripheral T-cell lymphoma. (2017)
  • 著者名/発表者名: Taniwaki M, Maruyama D, Tobinai K, Ogura M, Hatake K, Uchida T, Ando K, Tsukasaki K, Ishida T, Kobayashi N, Ishizawa K, Tatsumi Y, Kato K, Kiguchi T, Ikezoe T, Laille E, Ro T, Tamakoshi H, Sakurai S, Ohtsu T.
  • 学会等名: 第79回日本血液学会学術集会
• [学会発表] Serum albumin predicts outcome of intensive therapy for 80-year or older patients with DLBCL. (2017)
  • 著者名/発表者名: Kaneko H, Shimura K, Yoshida M, Matsumoto Y, Taniwaki M, Yokota S, Horiike S, Kuroda J.
  • 学会等名: 第79回日本血液学会学術集会
• [学会発表] Expression of master regulators of T-cell differentiation in adult T-cell leukemia/lymphoma. (2017)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto Y, Yoshida M, Shimura K, Kaneko H, Horiike S, Kuroda J, Taniwaki M.
  • 学会等名: 第79回日本血液学会学術集会