| 研究課題/領域番号 |
16K10454
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| 研究機関 | 名古屋大学 |
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研究代表者 |
角田 伸行 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院講師 (40542684)
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| 研究分担者 |
梛野 正人 名古屋大学, 医学系研究科, 教授 (20237564)
横山 幸浩 名古屋大学, 医学系研究科, 寄附講座教授 (80378091)
國料 俊男 名古屋大学, 医学部附属病院, 講師 (60378023)
山口 淳平 名古屋大学, 医学部附属病院, 助教 (00566987)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | 融合遺伝子 / 癌幹細胞 |
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| 研究実績の概要 |
異時性重複癌に対しての次世代シークエンサーによる包括的遺伝子配列解析を行った。
初発病変および次発病変で症例に関係なく共通していた遺伝子変異としてAPC、SMAD4、CDKN2A、CDKN2Bを認めた。同一患者の病変であっても、初発病変と次発病変では遺伝子変異が異なっていた。初発病変に認められた遺伝子変異は次発病変にも認められており、次発病変において新たな遺伝子変異が付加されていた。しかし次発病変で付加された遺伝子変異は症例で異なっており、PTPRD、SMAD4、KEAP1、ARID1A、FBXW7、PIK3R1に遺伝子変異を認める症例やKRAS、CDKN2A、CDKN2Bに遺伝子変異を認める症例があった。次発病変における腫瘍DNA量の高いことが影響を与えた可能性も示唆されたが、次発病変で付加されていた遺伝子変異が転移や再発および発癌メカニズムに関与していることが示唆された。
また同定した938個の融合遺伝子の候補のうちUnique Spanning-Pairsが100以上（120-911）かつSplit-Readsが100以上（100-1317）の基準を満たしていたUnique Spanning-PairとSplit-Reads が302と1317、600と132、140と134である3つの融合遺伝子候補、Descriptionとしてkinaseに関連するもの54個、LOC646214のようにgene nameがなく、位置情報のみのもの、他の遺伝子やLINC（long intergenic/intervening non-coding RNA）との融合遺伝子など上位スコア100個について融合遺伝子候補の融合部の5’側と3’側のプライマーの設計を行なった。
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