| 研究課題/領域番号 |
16K11416
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| 研究機関 | 京都府立医科大学 |
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研究代表者 |
徳平 夏子 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員講師 (60597227)
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| 研究分担者 |
中嶋 康文 関西医科大学, 医学部, 教授 (70326239)
黄瀬 ひろみ 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (90420710) [辞退]
中山 力恒 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (90568198)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | 遺伝子治療 |
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| 研究実績の概要 |
本研究では、AKIを発症しやすい心臓血管手術患者周術期や、集中治療を要する重症症例の尿中及び血液中からエクソソーム、クロマチンを抽出し、次世代シーケンサーを用いてmiRNA、及びceRNA発現の網羅的解析を行う事である。本年度においては、共同研究をしている他の研究課題で、すでに尿からのエクソソーム分離にはある程度成功していたので、本研究の今年度においては、尿からのクロマチン抽出を以下の過程で、行った。
ceRNA解析 ChIP-Seq Kit を使用 1. クロマチンサンプル作成 2. RNA polymerase II抗体を用いて、免疫沈降を施行 3. ChIP-Seq ライブラリー作成 4. シーケンシング（３時間）シーケンサーによるncRNA発現定量
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
ChIP-Seq Kit を使用した以下の過程で難渋した。
1. クロマチンサンプル作成
2. RNA polymerase II抗体を用いて、免疫沈降を施行
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| 今後の研究の推進方策 |
本年度は、安定的なceRNA解析が施行出来る様に、実験に工夫を加える。
その過程の中で、共同研究者、連携研究者と討論を行う。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
本研究に用いられる次世代シーケンサー関連試薬、microRNA 関連試薬は、以下のように大変高価である。その他のNulcleofection法を用いた遺伝子導入関連試薬、ペプチド、PCR関連品、イ、ELISAキット、培養関連品等も、大変高価である。
また、フローサイトメトリー用の抗体は、固定標本に比べ染色時に高濃度の抗体を要する為、使用量が多くなる。以上を計算すると、１回の実験で２万円から１０万円程度のコストを要すると考える。
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| 次年度使用額の使用計画 |
on PGM 、Ion Shefシステム（次世代シーケンサー）関連試薬として Total RNA-Seq Kit v2、Ion RNA-Seq for AB Library Builder System、Ion Xpress RNA-Seq BC 01-16 Kit、Ion 318 チップ（半導体マイクロチップ）
miRNA 関連試薬として mirVanaTM miRNA Isolation kit 1kit、mirVana miRNA mimic。mirVana miRNA Mimic Negative Control、mirVana miRNA Mimic Positive Control、mirVana miRNA inhibitor、mirVana miRNA Inibitor Positive Control
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