| 研究課題/領域番号 |
16K11781
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| 研究機関 | 東京医科歯科大学 |
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研究代表者 |
渡 一平 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 助教 (10431941)
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| 研究分担者 |
渡部 徹郎 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 教授 (00334235)
KA 井上 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 助教 (90302877)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | GPCR / インクレチン / 次世代シークエンサー / RNA seq / 網羅的転写解析 / 骨再生 |
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| 研究実績の概要 |
先行研究よりGPCR クラスC受容体の一つであるGLP-1受容体が骨芽細胞上に発現し、BMP-2によりその発現量が上昇することなどが報告されているが詳細は不明である。そこで今回GLP-1が骨芽細胞に与える影響を詳細に検討する目的で、次世代シークエンサーによるRNA seqを行い、網羅的な発現遺伝子/転写解析を行った。マウス前骨芽細胞MC3T3-E1を標準培地、BMP-2添加培地およびGLP-1添加培地にて、72時間培養した後、RNAを抽出し、次世代シークエンサー（Hi Seq 2500, Illumina社）を用いてRNA seqを行った。シークエンス（paired-end、read長: 4000万）の結果得られたデータからFPKM (Fragments per kilo base of exon model per million mapped reads)値を算出し、既知および未知遺伝子と転写産物についてそれぞれ発現量の比較検討を行った。本解析にはToPHat、Bowtie2、Genedata Expressionistを用いた。同定された遺伝子は約32000個で、BMP2添加で発現量が2倍以上に上昇した遺伝子は約6000個、またGLP-1添加で発現量が2倍以上に上昇した遺伝子は約4000個であった。BMP-2およびGLP-1添加に共通して増加した遺伝子は約2500個で、そのうち新規の遺伝子は約1000個であった。一方、同定された転写産物は約70000個で、BMP-2添加において発現量が2倍以上に上昇した転写産物は約22000個、GLP-1添加において発現量が2倍以上に上昇した転写産物は約19000個であった。またBMP-2およびGLP-1添加に共通して2倍以上上昇した転写産物は約12000個であり、新規の転写産物は約9000個であった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
RNA seqにより網羅的転写産物の解析中であるが、標的となりえる新規骨再生誘導転写産物特定にはいたっていないため。
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| 今後の研究の推進方策 |
今後GLP-1以外のGPCRについてもRNA seqを行い網羅的転写産物解析を行うとともに、新規骨再生誘導転写産物（機能未知も含む）の特定を目指す予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
研究進行度が予定より遅れており、次年度以降に当初予定していた実験を継続予定である。
このため使用額が予定より少なく次年度に繰り越されている、。
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