多階層ゲノミクスデータ流通におけるアジア拠点の構築

2016 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 16K12529
• 研究機関: 国立研究開発法人理化学研究所
• 研究代表者: 川路 英哉 国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, 開発ユニットリーダー (20525406)
• 研究期間 (年度): 2016-04-01 – 2018-03-31
• キーワード: genome / epigenome / transcriptome / database / bioinformatics / genomics

研究実績の概要

The UCSC Genome Browser データベース開発者との技術的な議論や、運用方針の概要を定めた上でデータベース・ミラーの立ち上げを行った。共同作業の枠組みとしては、これまでに地道に積み重ねてきた議論をベースにした結果、比較的スムーズに定めることができた。また、サーバーやネットワークに関する技術的な困難がいくつかあったが、以前に準備した計算資源の活用等を通じ、解決することができた。本ミラーの立ち上げに要する期間として、一年程度を想定していたが、半年を待たずに立ち上げることができたのは、予想を上回る進展であった。これらの成果について、積極的な成果発表を行った (理研トピックス 2016、トーゴーの日シンポジウム2016、第39回分子生物学会、など)ほか、本データベースを効率的に用いる概念実証研究についても取り組み、実際のデータ共有も実施した (Lizio et al. Nucleic Acids Res. 45: D737-D743, 2017)。
今後は、本データベース・ミラーの安定運用に関する実績を積み重ねると共に、早急に解決されるべき問題、長期的視点の対応が必要な課題を洗い出す。短期的に対応できるものについては機動的に対応すると共に、長期的な取り組みが必要なものに関しては、対応方針を検討する。その他、データベース活用による更なるデータ共有に関しても取り組む予定である。

現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

The UCSC Genome Browser データベース開発者との技術的な議論や、運用方針の概要を定めた上でデータベース・ミラーの立ち上げを行った。共同作業の枠組みとしては、これまでに地道に積み重ねてきた議論をベースにした結果、比較的スムーズに定めることができた。また、サーバーやネットワークに関する技術的な困難がいくつかあったが、以前に準備した計算資源の活用等を通じ、解決することができた。本ミラーの立ち上げに要する期間として、一年程度を想定していたが、半年を待たずに立ち上げることができたのは、予想を上回る進展であった。これらの成果について、積極的な成果発表を行った (理研トピックス 2016、トーゴーの日シンポジウム2016、第39回分子生物学会、など)ほか、本データベースを効率的に用いる概念実証研究についても取り組み、実際のデータ共有も実施した (Lizio et al. Nucleic Acids Res. 45: D737-D743, 2017)。

今後の研究の推進方策

本データベース・ミラーの安定運用に関する実績を積み重ねると共に、早急に解決されるべき問題、長期的視点の対応が必要な課題を洗い出す。短期的に対応できるものについては機動的に対応すると共に、長期的な取り組みが必要なものに関しては、対応方針を検討する。その他、データベース活用による更なるデータ共有に関しても取り組む予定である。

次年度使用額が生じた理由

必要とされる計算機他設備を当該年度に導入予定であったが、既存設備の有効活用を図ることができたため。

次年度使用額の使用計画

現在の計算設備は既存品の再利用であることから、これの安定維持のための費用を想定している。その他、計算設備の増強等も検討する。

研究成果

• [国際共同研究] UCSC Genomics Institute(米国)
  • 国名: 米国
  • 外国機関名: UCSC Genomics Institute
• [雑誌論文] Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse cell types in mammals (2017)
  • 著者名/発表者名: Lizio M, Harshbarger J, Abugessaisa I, Noguchi S, Kondo A, Severin J, Mungall C, Arenillas D, Mathelier A, Medvedeva YA, Lennartsson A, Drablos F, Ramilowski JA, Rackham O, Gough J, Andersson R, Sandelin A, Ienasescu H, Ono H, Bono H, Hayashizaki Y, Carninci P, Forrest ARRR, Kasukawa T, Kawaji H.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 45 ページ: D737-D743
  • DOI: 10.1093/nar/gkw995
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [学会発表] 国際的ゲノミクスデータ統合のアジア拠点: The Asian Mirror of the UCSC Genome Browser Database (2016)
  • 著者名/発表者名: 川路英哉
  • 学会等名: 第39回分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜 (横浜)
  • 年月日: 2016-12-01 – 2016-12-01
• [学会発表] 国際的ゲノミクスデータ統合のアジア拠点: The Asian Mirror of the UCSC Genome Browser Database (2016)
  • 著者名/発表者名: 川路英哉
  • 学会等名: トーゴーの日2016
  • 発表場所: 東京大学弥生講堂 (東京)
  • 年月日: 2016-10-05 – 2016-10-06
• [備考] The UCSC Genome Browser (Asia mirror)
  • URL: http://genome-asia.ucsc.edu/
• [備考] ゲノムブラウザ・データベースの公式ミラーを開設 (理化学研究所 トピックス2016)
  • URL: http://www.riken.jp/pr/topics/2016/20160617_1/