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2017 年度 実績報告書

分子クラウディングワールドを活用した変異導入不要の酵素機能変換システムの開発

研究課題

研究課題/領域番号 16K14041
研究機関甲南大学

研究代表者

杉本 直己  甲南大学, 先端生命工学研究所, 教授 (60206430)

研究分担者 高橋 俊太郎  甲南大学, 先端生命工学研究所, 講師 (40456257)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
キーワード分子クラウディング / RNA / DNA / ポリメラーゼ / ポリエチレングリコール / 分子進化
研究実績の概要

本研究の目的は、分子クラウディング環境の変化が生命進化をもたらしたとする「クラウディングワールド仮説」を提唱し、RNAワールドからDNAワールドへと移る過程を分子クラウディング環境の変化によって実現できるかどうかを検証することである。H29年度は細胞内クラウディング環境に応じたDNAやRNAの重合反応に関する定量的な解析を進めた。まず、分子クラウディングによって誘起される鋳型DNAの特殊構造(グアニン四重鎖やi-motif構造)がDNA重合反応に与える影響を解析したところ、特殊構造の安定性に応じてDNA重合反応の速度が低下することを見出した(S. Takahashi, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 114, 9605 (2017))。さらに、特殊構造を有する鋳型DNAからのRNA重合反応に関する解析を行い、細胞内の分子環境が変化することで、重合するRNAの量や質が変わってくることを明らかにした(H. Tateishi-Karimata, et al., J. Am. Chem. Soc. 140, 642 (2018))。これらの現象はタンパク質を介さない遺伝子発現制御であることから、タンパク質が無かったRNAワールドでは鋳型核酸の構造が遺伝子発現制御を司っていたことが示唆された。さらに、鋳型核酸の構造による遺伝子発現制御が現在の細胞システムでも活用されていることから、RNAワールドからDNAワールドに移り変わる過程で、その制御システムがRNAからDNAに引き継がれた可能性を示すことができた。
さらに、分子クラウディングによる核酸重合反応の調節を工学的に活用することも検討した。その結果、T7 RNAポリメラーゼの反応系内に高濃度のPEG200を添加することで、DNAの2'位がFやOMeに修飾されたモノマーを重合できるように酵素活性が変化する事を見出した。これらの成果に関しては、現在論文投稿中である。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 2件) 図書 (1件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [国際共同研究] Reading大学(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      Reading大学
  • [雑誌論文] Alkylating probes for the G-quadruplex structure and evaluation of the properties of the alkylated G-quadruplex DNA2018

    • 著者名/発表者名
      Sato Norihiro、Takahashi Shuntaro、Tateishi-Karimata Hisae、Hazemi Madoka E.、Chikuni Tomoko、Onizuka Kazumitsu、Sugimoto Naoki、Nagatsugi Fumi
    • 雑誌名

      Org. Biomol. Chem.

      巻: 16 ページ: 1436~1441

    • DOI

      10.1039/c7ob03179c

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Destabilization of DNA G-Quadruplexes by Chemical Environment Changes during Tumor Progression Facilitates Transcription2018

    • 著者名/発表者名
      Tateishi-Karimata Hisae、Kawauchi Keiko、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 140 ページ: 642~651

    • DOI

      10.1021/jacs.7b09449

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Topological impact of noncanonical DNA structures on Klenow fragment of DNA polymerase2017

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shuntaro、Brazier John A.、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.

      巻: 114 ページ: 9605~9610

    • DOI

      10.1073/pnas.1704258114

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Volumetric contributions of loop regions of G-quadruplex DNA to the formation of the tertiary structure2017

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shuntaro、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Biophys. Chem.

      巻: 231 ページ: 146~154

    • DOI

      10.1016/j.bpc.2017.02.001

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantitative Analysis of Nucleic Acid Stability with Ligands Under High Pressure to Design Novel Drugs Targeting G-Quadruplexes2017

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shuntaro、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Curr. Protoc. Nucleic. Acid Chem.

      巻: 70 ページ: 17.9.1~17.9.17

    • DOI

      10.1002/cpnc.39

    • 査読あり
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (39) : Control of replication of G-quadruplex containing oxidative lesion2018

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, P. Podbevsek, J. Plavec, B. H. Kim, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第98回春季年会
  • [学会発表] Topological effect of non-canonical DNA structures on DNA replication2017

    • 著者名/発表者名
      S.Takahashi, J.A.Brazier, N.Sugimoto
    • 学会等名
      第44回国際核酸化学シンポジウム
    • 国際学会
  • [学会発表] ヘミン - グアニン四重鎖 DNA からなる DNAzyme の反応解析における高圧力の活用2017

    • 著者名/発表者名
      高橋 俊太郎, 杉本 直己
    • 学会等名
      第58回高圧討論会
  • [学会発表] “To B or not to B” in Nucleic Acids Chemistry2017

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids 2017
    • 国際学会
  • [図書] 「化学」分子クラウディングワールド―クラウディングによる疾患や分子進化の化学的制御2017

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎、杉本直己
    • 総ページ数
      -
    • 出版者
      化学同人
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所ホームページ

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/index.php

  • [産業財産権] 核酸合成法2017

    • 発明者名
      杉本 直己、高橋 俊太郎、大倉 裕道
    • 権利者名
      学校法人甲南学園
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2017-120802

URL: 

公開日: 2018-12-17   更新日: 2022-06-16  

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