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血中や尿中に含まれるシュードウリジン（5-ribosyluracil、Ψ）モノマーはガンマーカーやガン治療の予後マーカーとして知られている。Ψモノマーは、ウリジンがオリゴマーRNAに取り込まれた後に修飾され、さらに分解されて生じる物質であり、細胞内に最も多く存在するRNAであるリボソームRNA（rRNA）に由来するものと考えられる。Ψは、質量に変化がない唯一の転写後修飾ヌクレオシドであるため、これまで有効な解析法がなかったが、昨年度の本研究によって質量分析（MS）に基づく新規な方法が得られ、rRNAに含まれる全Ψ修飾の同定が可能となった。本年度は、この方法を応用し、出芽酵母やヒトrRNAのΨを同定した。出芽酵母では、この方法で、25S rRNAの2345位に新たに見つかった未同定のシュードウリジンを含む47箇所のΨサイトを決定した。また、申請者は、snR9をU2345のΨ化に関与するsnoRNAとして同定し、このΨ化がU2345の2'-O-メチル化と同時転写および競合的に起こることを示した。次に、本方法と安定同位体Ψラベル法（未発表）とを組み合わせることで、ヒトrRNAから未同定の7箇所のΨを含む、104箇所のΨ化サイトを同定した。これらのΨは、ガンにおいて検出されるΨモノマーの起源と考えられた。この方法は、RNAのフェムトモル量のΨの直接的な同定を可能にするので、今後、広範なnon-cording RNAの構造/機能研究のための確実かつ有用なツールとして役立つことが期待された。
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