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本研究では、実験／情報解析双方を用いた新規RNA-seq解析法を開発した。前者では、cDNAの5'を固定後Exo3処理を行うことで、5'は同一かつ3'は様々な配列を持つcDNAを取得し、これらをIlluminaにてシークエンスすることで5'配列をタグとして利用する実験手法を開発した。しかし、インサートが1000bp前後のライブラリ構築に失敗した。後者では前者の実験データを対象にしたアセンブルプログラムを開発することができた。初期の目的は達成できなかったが、本手法は同一cDNAの5'側3'側contigを同時に取得が可能なため、従来手法と組み合わせることで、効果的な遺伝子構造取得が可能になる。
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