• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2018 年度 実績報告書

細胞の集団と少数性のシステム生物学

研究課題

研究課題/領域番号 16K14703
研究機関北海道大学

研究代表者

小松崎 民樹  北海道大学, 電子科学研究所, 教授 (30270549)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード情報理論 / バイオイメージング / トランススケーラブル / 個性 / 細胞性粘菌
研究実績の概要

細胞の集団運動は、癌の成長、創傷治癒、器官発生といった多くの生物学的過程において重要である。例えば、アメーバDictyostelium discoideum(Dicty)は飢餓状態になると化学物質cAMPを周囲に放出することを通して近隣の他の細胞と相互作用する。その結果、反応拡散系で有名なベロウソフ・ジャボチンスキー反応のような、細胞群を通るらせん波のパターンを生み出すことが知られている。本研究課題では、最初にcAMPを放出する少数のリーダー細胞とそのcAMPに呼応して自身もcAMPを放出するフォロワー細胞から生じる細胞集団運動の間の因果関係を画像情報だけから抽出・推定することを目的として研究を進めてきた。
当該年度は、鳥などの集団運動を扱うVicsekモデルを変形し、異なる相互作用関係を陽に入れたシミュレーションモデルを考案し、その相互作用関係を移動エントロピー、固有情報量(intrinsic information)、共有情報量(shared information)、シナジー情報量(synergistic information)から同定可能であるかを検討した。移動エントロピーは、ある確率変数X(n)のみを知ったときに次の時刻で生じるX(n+1)のもつ不確かさ度が、別の確率変数Y(n)も知ることで、どれくらい減少するかを評価することで、YからXへの因果律を推定するものであり因果推論において最もよく用いられている。近年、移動イントロピーのなかにはX(n)からX(n+1)への情報伝搬も含まれているため、純粋にYからXへの固有情報量だけを取り扱っていないことが示唆されている。我々は、モデル系に加える摂動(ノイズ)の大きさに依存して、それらの割合が顕著に変化することを見いだし、移動エントロピーによる因果推論を正しく行うために注意を要することを明らかにした。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 学会発表 (17件) (うち招待講演 3件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] マサチューセッツ大学ボストン/カリフォルニア大学デービス(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      マサチューセッツ大学ボストン/カリフォルニア大学デービス
  • [学会発表] Identification of Leader(s) in a Dictyostelium Discoideum colony: An Information-theoretic Approach2019

    • 著者名/発表者名
      Udoy Sankar Basak, Sulimon Sattari, Sosuke Ito, Kazuki Horikawa, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      生物物理・回折構造生物学 合同研究会
  • [学会発表] A sandbox model system for understanding leadership in collective motion2019

    • 著者名/発表者名
      Sulimon Sattari, Udoy Basak, Schuyler Nicholson, Jason Green, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      生物物理・回折構造生物学 合同研究会
  • [学会発表] Analysis of Raman Microscopic Images of Liver Tissu to Predict Non-alcholic Fatty Liver Disease2019

    • 著者名/発表者名
      Helal Khalifa Mohammad, Cahyadi Harsono, Taylor J. Nicholas, Okajima Akira, Kumamoto Yasuaki, Tanaka Hideo, Harada Yoshinori, Komatsuzaki Tamiki
    • 学会等名
      生物物理・回折構造生物学 合同研究会
  • [学会発表] In combining single cell hyperspectral Raman images for the diagnosis of follicular thyroid carcinoma measured at different data2019

    • 著者名/発表者名
      Aurelien Pelissier
    • 学会等名
      バイオ情報計測技術研究会
  • [学会発表] High resolution Raman microscopic detection of follicular thyroid cancer cells with unsupervised machine learning2019

    • 著者名/発表者名
      J. Nicholas Taylor
    • 学会等名
      バイオ情報計測技術研究会
  • [学会発表] Mathematical information measurement science: acceleration of Raman spectroscopy by bridging information science2019

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      バイオ情報計測技術研究会
  • [学会発表] A bad arm existence checking problem: how to utilize asymmetric problem structure?2019

    • 著者名/発表者名
      田畑公次
    • 学会等名
      バイオ情報計測技術研究会
  • [学会発表] 1分子時系列情報からどのように背後の反応ネットワークを抽出できるのか?2019

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」研究領域 第 7 回領域会議・第 11 回数理デザイン道場
    • 招待講演
  • [学会発表] 非対称性を利用した悪腕存在チェックアルゴリズム2018

    • 著者名/発表者名
      田畑 公次, 中村 篤祥, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第21回情報論的学習理論ワークショップ
  • [学会発表] A sandbox model system for studying leadership in collective motion2018

    • 著者名/発表者名
      Sulimon Sattari, Udoy Basak, Schuyler Nicholson, Jason Green, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      研究会「理論と実験」2018
  • [学会発表] Classification of Raman Spectra of Healthy and Cancerous Human Follicular Thyroid Cells2018

    • 著者名/発表者名
      J. Nicholas Taylor, Kentaro Mochizuki, Katsumasa Fujita, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      研究会「理論と実験」2018
  • [学会発表] ラマン計測と情報科学:情報科学は計測を迅速化できるか2018

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      第1回計測インフォマティクス研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] Information theoretic approach to reveal singularity in biology2018

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Machine Learning Approaches to Raman Micro-spectroscopic Images2018

    • 著者名/発表者名
      Helal Khalifa Mohammad, Cahyadi Harsono, Taylor J. Nicholas, Okajima Akira, Kumamoto Yasuaki, Tanaka Hideo, Harada Yoshinori, Komatsuzaki Tamiki
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] 1細胞ラマン分光イメージングと情報科学の高度融合を目指して2018

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      ImPACT合田プログラム Serendipityセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Understanding cell colony dynamics from images using velocity extraction and analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Sulimon Sattari, Tamiki Komatsuzaki, Schuyler B. Nicholson, Jason R. Green
    • 学会等名
      理研シンポジウム「細胞システムの動態と論理X」
  • [学会発表] Quantification of Raman Microscopic Images of Human Thyroid Cells with Machine Learning2018

    • 著者名/発表者名
      J. Nicholas Taylor
    • 学会等名
      理研シンポジウム「細胞システムの動態と論理X」
  • [図書] Minorities and Small Numbers from Molecules to Organisms in Biology-Toward a New Understanding of Biological Phenomena: Chapter 5 "The Personality of Small Numbers: Do Molecules Have Personality?"2018

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9789811320828

URL: 

公開日: 2019-12-27  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi