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2018 年度 実績報告書

基質濃度の可視化と制御によるV-ATPaseの回転イオン輸送機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K14706
研究機関東京大学

研究代表者

上野 博史  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 助教 (10546592)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード1分子計測 / 分子モーター
研究実績の概要

回転分子モーターV-ATPaseの回転によるイオン輸送機構を1分子計測により明らかにすることが本研究の目的である。具体的にはまずナトリウム(Na+)を輸送基質とするEnterococcus hirae (E. hirae)由来のV-ATPase(VoV1)のATP駆動の回転を様々なNa+濃度で1分子計測し、Na+結合・解離に共役したVo由来の回転ステップを実証する。次にNa+濃度変化に対する回転の挙動の変化を定量的に解析し、回転ステップに関わる素過程反応の数や種類、反応の時定数を決定する。さらに平面支持膜実験系におけるNa+濃度の計測方法、Na+濃度差・膜電位の制御法を新規に開発し、膜電位やNa+濃度差に対する回転の応答を調べ、Voにおける回転イオン輸送機構の解明を目指した。まずサンプルに用いるE. hirae VoV1の大腸菌内発現系・精製系の最適化を行い、高活性なE. hirae VoV1を安定的に調製できる発現系・精製系の構築に成功した。このサンプルを用いた電子顕微鏡解析によりE. hirae VoV1全体の構造解析にも成功している。このE. hirae VoV1を用いて、ATP駆動回転の高時間分解能(サブミリ秒)での検出にも成功した。さらにE. hiraeのVoV1は可溶化状態においても外部のナトリウム濃度の低下に伴い回転速度が低下することが明らかになった。いくつかの分子は、低ナトリウム濃度条件において、9~10点の多点の回転ステップを示した。このステップ数は、E. hirae VoV1のVo部位の構造から予想される回転ステップサイズ(360°/c10=36°)と近い値であることから、観察されたステップ回転はVoでのナトリウム結合を反映したものであると考えられる。しかしながら、停止時間に比べて停止状態の角度揺らぎが大きく解析が困難であった。そこで固定タグの位置を位置を変えた変異体を複数作製したが、最終的に定量的な解析には至らなかった。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2018

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (11件)

  • [雑誌論文] Off-axis rotor in Enterococcus hirae V-ATPase visualized by Zernike phase plate single-particle cryo-electron microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Tsunoda Jun、Song Chihong、Imai Fabiana Lica、Takagi Junichi、Ueno Hiroshi、Murata Takeshi、Iino Ryota、Murata Kazuyoshi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s41598-018-33977-9

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure and dynamics of rotary V1 motor2018

    • 著者名/発表者名
      Ueno Hiroshi、Suzuki Kano、Murata Takeshi
    • 雑誌名

      Cellular and Molecular Life Sciences

      巻: 75 ページ: 1789~1802

    • DOI

      10.1007/s00018-018-2758-3

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Rotation of Fusobacterium nucleatum F1-ATPase2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno
    • 学会等名
      Bilateral joint research project meeting in Otago
  • [学会発表] Rotation of the engineered F1-ATPase with non-catalytic α-type P-loops2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno, Rie Koga, Tomoko Masaike, Nobuyasu Koga, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      20th European Bioenergetics Conference
  • [学会発表] Single-molecule analysis of bovine mitochondrial F1-ATPase for direct assignment of crystal structures and rotational pausing states2018

    • 著者名/発表者名
      Ryohei Kobayashi, Hiroshi Ueno, Toshiharu Suzuki, Mayu Hara, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Rotation of hybrid F1-ATPases between bacterial and mammalian ones2018

    • 著者名/発表者名
      Ryo Watanabe, Hiroshi Ueno, Toshiharu Suzuki, Ryohei Kobayashi, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Rotational torque and kinetics of F1-ATPase containing the catalytic subunit with a non-catalytic hinge2018

    • 著者名/発表者名
      Tomoyasu Sato, Hiroshi Ueno, Kumiko Hayashi, Rie Koga, Nobuyasu Koga, Hiroyuki Noji, Tomoko Masaike
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Single Particle Analysis of EhV-ATPase by Phase-Plate electron cryo-microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Jun Tsunoda, Chihong Song, Yakushiji Fabiana Lica, Takeshi Murata, Hiroshi Ueno, Naoyuki Miyazaki, Kenji Iwasaki, Junichi Takagi, Ryota Iino, Kazuyoshi Murata
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Impact of the sequence difference of P-loop on the conformational changes of F1-ATPase2018

    • 著者名/発表者名
      Rie Koga, Hiroshi Ueno, Tomoko Masaike, Hiroyuki Noji, Nobuyasu Koga
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] On the timing of phosphate release in the ATPase reaction by TF12018

    • 著者名/発表者名
      Eiro Muneyuki, Yohei Nakayama, Shoichi Toyabe, Hiroshi Ueno
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Rotation of the engineered F1-ATPase with non-catalytic α-type P-loops2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno, Rie Koga, Tomoko Masaike, Nobuyasu Koga, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Chemomechanical Coupling of the Paracoccus denitrificans F1-ATPase2018

    • 著者名/発表者名
      Mariel Zarco - Zavala, Duncan G.G McMillan, Suzuki Toshiharu, Hiroshi Ueno, Rikiya Watanabe, Francisco Mendoza - Hoffmann, Jose J. Garcia-Trejo, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Rotation mechanisms of rotary ATPases2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno
    • 学会等名
      Complex systems and Biological physics seminar

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公開日: 2019-12-27  

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