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2017 年度 実績報告書

細胞が組織に占める位置情報を保持したままエピゲノム情報を可視化する方法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 16K14745
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

佐々木 保典  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (30312242)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
キーワードエピゲノム情報 / 遺伝子発現制御
研究実績の概要

①クロマチン修飾あるいはDNA結合因子が結合したゲノム領域の識別と③Coincidence detection(同時検出)
前年度までに概念実証実験を行い、RNA分子とタンパク質分子間の相互作用をはじめとする、多分子対多分子の相互作用をin situで検出することに成功した。さらに、特定の遺伝子座(NEAT1)上で形成される、核内構造体の構成タンパク質とNEAT1転写開始上流域500bpとの相互作用も検出できた。
よって、最終年度は②標的ゲノムの特定に集中して、ゲノム領域を170bp程度の解像度で特定することを目指した。標的ゲノムを認識するプローブとして、当初はCRISPR/Cas9システムを考えていたが、制御領域にCas9が結合すると下流の遺伝子発現に影響を及ぼすため、この方法は中断した。そこで、オリゴDNAプローブ(LNAプローブ)により、標的ゲノム(通常2箇所)を検出する条件検討を行った。しかし、今のところ最適化に至っていない。NEAT1やXISTの転写上流域を標的とするプローブと、P300あるいはヒストンH3K4メチル化を認識する抗体との相互作用検出実験では、10箇所前後が認識された。これは明らかに非特異的なプローブ結合によると考えられる。現在は、プローブのデザインをはじめ、ハイブリダイゼーション条件の再検討を行い、1)確実に2箇所の標的ゲノム領域を検出したうえで、2)1分子対1分子の相互作用の同時検出ができるように本法の改善中である。
以上、本課題では特定ゲノム領域における、多分子対多分子の相互作用をin situで検出することはできたが、最終的な目標である1分子対1分子の相互作用を検出するには至らなかった。

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公開日: 2018-12-17  

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