2017 年度研究成果報告書

果実発育・成熟関連遺伝子の完全長cDNA配列と選択的スプライシングの網羅的解析

研究課題

研究課題/領域番号	16K14854
研究種目	挑戦的萌芽研究
配分区分	基金
研究分野	園芸科学
研究機関	岡山大学
研究代表者	牛島幸一郎岡山大学, 環境生命科学研究科, 准教授 (20379720)
研究分担者	門田有希岡山大学, 環境生命科学研究科, 准教授 (30646089) 赤木剛士京都大学, 農学研究科, 助教 (50611919)
研究期間 (年度)	2016-04-01 – 2018-03-31
キーワード	Iso-seq
研究成果の概要	第３世代の次世代シークエンサーの普及により，ゲノム解読だけではなく転写産物の解読に利用されている．本研究ではメロン果実のIso-seq解析を行い，完全長cDNA配列と選択的スプライシングについて解析を行った．３つの異なる方法で完全長cDNA配列ライブラリーを構築し，PacBioとNanoporeを用いて配列解読を行った．得られたIsoformをメロンゲノムにマッピングして比較した結果，PacBioの解読では約6,500遺伝子座，Nanoporeの解読では12,000の遺伝子座からの転写産物が得られた．そのうち，509遺伝子座が新規の遺伝子座であった．
自由記述の分野	園芸学