| 研究課題/領域番号 |
16K14947
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| 研究機関 | 日本大学 |
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研究代表者 |
井上 みずき 日本大学, 文理学部, 准教授 (80432342)
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| 研究分担者 |
藤 晋一 秋田県立大学, 生物資源科学部, 教授 (40315601)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | ウイルス / バイローム / 森林 / 農地 / RNA |
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| 研究実績の概要 |
これまでのウイルス学は「病害」があるウイルスのみを対象に進められてきた。一方で、野外植物においては病徴がみられないまま、様々なウイルスが潜伏感染していると予測され、これらが農地へ浸みだし病害を発生させていると考えられている。また、森林生態系で主体となる樹木では冬季もウイルスを樹体内に保持し、そのベクターであるアブラムシなどの越冬の場となり、春以降の一年性草本へのウイルス伝搬のソースとなっている可能性がある。しかし、森林におけるウイルス群集の研究はほぼ行われてこなかった。ある種でみつかったウイルス群集をバイロームと呼ぶが、本研究では、里山林のグローバル・バイローム（生態系の網羅的なウイルス群集）をメタゲノミクス的アプローチにより明らかにする。また、農地への浸みだしや反対に農地からの浸みだしを検知するために、森林生態系と農地生態系にまたがるように調査を行った。１）森林群集の植物ウイルスの多様性、２）樹木や多年生草本と１年生草本の間で共有されている植物ウイルスの有無の２点を明らかにする。
東京大学田無演習林と田無農場に長方形プロットを設置し、樹高10m以下の樹木および下層の草本を対象に植生調査を行った。植生調査で出現した、すべての種について、葉を採取した。農地については、植栽されていたかんきつ類とクリの葉も採取した。
現在、ウイルスの有無を判定し、次世代シーケンサー(NGS)を用いて多検体を一度に解析するためのTotal RNAを抽出中である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
研究代表者が東北地方から関東地方へ異動したため、調査地の選定をやり直したり実験室の立ち上げに若干時間を要した。しかし、その後、移動先近辺で適した調査地がみつかり、調査の申請も受理されたため、H２８年度に予定していた調査地でのサンプリングは無事終了した。しかし、実験室の立ち上げは、予算不足や移動先でのさらなる引っ越し等により不可能であった。また移動初年度で出張も長期間できなかったため、共同研究者のところで実験手法の改良を相談し実行するまでは至らなかった。ただし、３月末には移動先での引っ越しも完了し、次第に実験機器をそろえることができるようになったこと、また共同研究者とは手法の改良方法についてメール等で打ち合わせをしており、翌年度には改良実験を速やかに行える状態である。
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| 今後の研究の推進方策 |
個々の葉からRNAを抽出する方法ではなく、複数サンプルを合わせてTotal RNAを抽出する方向で実験を始めた。現在抽出中のTotal RNAをもとに、二本鎖RNAのみを単離しウイルスの有無を判定する。ウイルスが存在するサンプルについてはcDNAを網羅的に増幅、ショットガン法で断片化したのちに、サンプルごとにタグをつけ、次世代シーケンサー(NGS)を用いて多検体を一度に解析し、データベースサーチを行う予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
研究代表者の異動に伴い、調査および実験の立ち上げが遅れたため、実験手法の改良のために共同研究者が利用するはずであった予算が使えなかった。
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| 次年度使用額の使用計画 |
来年度、手法の改良を行い、研究遅延状況を回復させる予定である。
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