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2018 年度 実績報告書

非コードRNAを介した遺伝子発現制御によるマクロな適応現象の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K18477
研究機関東京大学

研究代表者

小田 有沙  東京大学, 教養学部, 特任助教 (00760084)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード酵母
研究実績の概要

環境変動ストレスへの応答は、生物にとって重要である。本研究では、多くの生物にとって効率の良い栄養源であるグルコースの飢餓に対する応答を扱って来た。分裂酵母では、グルコースの飢餓に応答して、非コードRNAに依存した遺伝子発現制御が観察される。近年、非コードRNAによる遺伝子発現の調節の現象が次々と報告されて、機能性lncRNAの重要性が明らかにされて来た。分裂酵母でもlncRNAが遺伝子の発現制御に関与する例が知られている。分裂酵母のグルコース飢餓ストレス応答に必須の酵素をコードする遺伝子fbp1は、近傍から転写されるセンス・アンチセンスlncRNAが転写されることで、fbp1 mRNAが飢餓時にのみ発現するようコントロールしていると考えられている。特に、センスlncRNAはmlonRNAと呼ばれ、fbp1遺伝子座のプロモーター領域から段階的に転写開始点を下流へとシフトさせ、プロモーター領域のクロマチン構造やエピジェネティックな状態を変化させ、さらに転写因子を呼び込み飢餓時のmRNAの転写活性化に機能が解明されてきた。一方のアンチセンスのlncRNAは、mRNAの逆鎖から転写されており、グルコースが豊富な条件下で、fbp1の遺伝子発現を抑制する働きがあると考えられた。なぜわざわざ、このように複数のセンス・アンチセンスのlncRNAが絡む複雑な制御システムが働いているのかを明らかにするため、遺伝子発現や環境ストレス時のリスクヘッジについて、実験的なアプローチと、数理アプローチの両面から検証を行った。積極的な移動手段を持たない酵母が、厳しい環境において生き延びるために、分子レベルでのミクロな現象を駆使し、細胞・細胞集団レベルでのマクロな応答を引き起こす様子がとらえられた。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2018

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Phenotypic diversification by enhanced genome restructuring after induction of multiple DNA double-strand breaks2018

    • 著者名/発表者名
      Muramoto Nobuhiko、Oda Arisa、Tanaka Hidenori、Nakamura Takahiro、Kugou Kazuto、Suda Kazuki、Kobayashi Aki、Yoneda Shiori、Ikeuchi Akinori、Sugimoto Hiroki、Kondo Satoshi、Ohto Chikara、Shibata Takehiko、Mitsukawa Norihiro、Ohta Kunihiro
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 9 ページ: 1995

    • DOI

      10.1038/s41467-018-04256-y

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Linear Regression Links Transcriptomic Data and Cellular Raman Spectra2018

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi-Kirschvink Koseki J.、Nakaoka Hidenori、Oda Arisa、Kamei Ken-ichiro F.、Nosho Kazuki、Fukushima Hiroko、Kanesaki Yu、Yajima Shunsuke、Masaki Haruhiko、Ohta Kunihiro、Wakamoto Yuichi
    • 雑誌名

      Cell Systems

      巻: 7 ページ: 104~117.e4

    • DOI

      10.1016/j.cels.2018.05.015

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Replication stress induces accumulation of FANCD2 at central region of large fragile genes2018

    • 著者名/発表者名
      Okamoto Yusuke、Iwasaki Watal M、Kugou Kazuto、Takahashi Kazuki K、Oda Arisa、Sato Koichi、Kobayashi Wataru、Kawai Hidehiko、Sakasai Ryo、Takaori-Kondo Akifumi、Yamamoto Takashi、Kanemaki Masato T、Taoka Masato、Isobe Toshiaki、Kurumizaka Hitoshi、Innan Hideki、Ohta Kunihiro、Ishiai Masamichi、Takata Minoru
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 ページ: 2932~2944

    • DOI

      10.1093/nar/gky058

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Artificial Genome Rearrangement System using a Restriction Enzyme2018

    • 著者名/発表者名
      Arisa Oda, Takahiro Nakamura, Nobuhiko Muramoto, Hidenori Tanaka,Kazuto Kugou, Kunihiro Ohta
    • 学会等名
      CSHL meetings 2018, The Biology of Genomes
    • 国際学会
  • [学会発表] TAQing: 制限酵素を用いたゲノムシャッフリング技術2018

    • 著者名/発表者名
      小田有沙,中村隆宏,村本伸彦,田中秀典,久郷和人,光川典宏,太田邦史
    • 学会等名
      生命科学系フロンティアミーティング2018(国立遺伝学研究所研究会)
  • [学会発表] Hi-C データで得られる染色体の距離情報を扱う2018

    • 著者名/発表者名
      小田 有沙、平田 祥人、太田 邦史、合原 一幸
    • 学会等名
      日本遺伝学会第90回大会
    • 招待講演
  • [学会発表] 耐熱性制限酵素による大規模ゲノム再編成2018

    • 著者名/発表者名
      中村隆宏、小田有沙、村本伸彦、田中秀典,久郷和人、須田一毅、太田邦史
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム第51回研究報告会
  • [学会発表] ヒストンバリアント H2A.Z のクロマチン導入部位決定機構解析2018

    • 著者名/発表者名
      高橋大輔、北川紗帆、小田有沙、仮屋園遼、尾間由佳子、太田邦史、原田昌彦
    • 学会等名
      第36回染色体ワークショップ・第17回核ダイナミクス研究会
  • [学会発表] CRISPR/dCas9 を用いた転写制御における off-target 解析2018

    • 著者名/発表者名
      安心院祥、小田有沙、仮屋園遼、太田邦史
    • 学会等名
      第36回染色体ワークショップ・第17回核ダイナミクス研究会
  • [学会発表] metabolic stress-induced lncRNA(mlonRNA)転写を介したクロマチン再編成が、転写と減数分裂期組換えを制御する2018

    • 著者名/発表者名
      千松賢史、浅田隆大、小田有沙、Charles S Hoffman, 太田邦史、廣田耕志
    • 学会等名
      第36回染色体ワークショップ・第17回核ダイナミクス研究会
  • [学会発表] TAQing : Artificial Genome Rearrangement by a Restriction Enzyme, Taq??.2018

    • 著者名/発表者名
      A. Oda, T.Nakamura, N.Muramoto, H.Tanaka, K. Kugou, K.Ohta
    • 学会等名
      The 11th 3R&3C Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] The novel cis-acting element for metabolic stress-induced lncRNA(mlonRNA) and meiotic recombination in fisson yeast.2018

    • 著者名/発表者名
      S. Senmatsu, R. Asada, A. Oda, C.S. Hoffman, K. Ohta, K. Hirota
    • 学会等名
      The 11th 3R&3C Symposium
    • 国際学会

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公開日: 2023-12-25  

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