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2016 年度 実施状況報告書

立体構造とアミノ酸判別に基づくNMRシグナル帰属法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 16K18508
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

葛西 卓磨  国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員 (70446516)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
キーワード蛋白質 / NMR / アミノ酸選択的安定同位体標識 / 符号化標識法 / 側鎖シグナル帰属
研究実績の概要

本研究は、アミノ酸選択的安定同位体標識技術をもとに、安定同位体標識率の組み合わせを符号として用いてアミノ酸を表現する符号化標識法を利用して、タンパク質NMRシグナルを迅速に帰属することを目的にしている。各アミノ酸に異なる安定同位体標識率を割り当て、観測されたNMRスペクトルの強度比から、どのNMRシグナルがどのアミノ酸に由来するかを判定する。本研究では主にタンパク質側鎖シグナルを対象とし、NOESYスペクトルを利用する。本年度は、当初計画通りにまず低分子量のタンパク質で試験検討をおこなった。観測されるシグナル強度は近傍に存在する2つの原子の由来するアミノ酸に対応する安定同位体標識率の積に比例すると想定していたところ、実際に観測された強度は、理論上の強度比に対して高い直線性を有しており、本法の目的の達成に向けたハードルをひとつ越えることができた。その他、当初計画に記載していた通り、本法に適した安定同位体標識パターンの設計方法について検討をおこなった。一方で、解析に必要なスペクトル分解能などの細かい条件検討は本年度中に終了しなかったが、次年度引き続き検討をおこなう。また、当初計画になかった事項として、高分子量タンパク質のシグナル帰属を別法でおこなうことに取り組んだ。この方法は当初計画の方法と補完関係にあり、状況に応じて使い分けることもできるし、両方をおこなうことにより確度を高めることもできるので、本目的の達成に大きく貢献すると期待される。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

研究実績の概要に示した通り、細かい条件検討の一部を次年度に引き続きおこなうこととしたものの、当初計画において本年度中におこなうこととしていた本研究の実現可能性の検討は成功裏に終了することができた。

今後の研究の推進方策

本年度でおこなえなかった条件検討の一部を引き続きおこなうほか、次年度は計画通り高分子量タンパク質に取り組む。また、現在別法での高分子量タンパク質シグナル帰属に取り組んでいるが、得られた知見および試料を共有することで、補完的関係にある2つの方法の開発を効率的に進めることができると期待される。

次年度使用額が生じた理由

研究実績の概要に示した通り、一部の実験を次年度に引き続きおこなうこととしたこと、高分子量タンパク質の実験にかかる費用を次年度に執行することとしたため、当初計画に比べ初年度の残額が生じた。

次年度使用額の使用計画

執行のタイミングが当初計画と異なることとなったが、使用計画は変えずに、引き続き当初計画に記された実験をおこなうために必要な経費にあてる予定である。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2016

すべて 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件)

  • [学会発表] Signal assignment strategy for protein NMR under challenging conditions2016

    • 著者名/発表者名
      Takuma Kasai, Kae Higuchi, Kohsuke Inomata, Takanori Kigawa
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会大会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-27 – 2016-11-27
  • [学会発表] 情報科学を活用したシグナル帰属法のin-cell NMRへの応用2016

    • 著者名/発表者名
      葛西卓磨、樋口佳恵、猪股晃介、木川隆則
    • 学会等名
      第55回NMR討論会
    • 発表場所
      広島国際会議場(広島県広島市)
    • 年月日
      2016-11-18 – 2016-11-18
  • [学会発表] Model Fitting Method for Accurate Analyses of NMR Spectra2016

    • 著者名/発表者名
      Takuma Kasai, Kenji Nagata, Masato Okada, Takanori Kigawa
    • 学会等名
      27th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-08-22 – 2016-08-22
    • 国際学会

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公開日: 2018-01-16  

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