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2017 年度 実施状況報告書

霊長類におけるゲノム・メタゲノム相関とその進化的意義の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K18630
研究機関京都大学

研究代表者

早川 卓志  京都大学, 霊長類研究所, 特定助教 (00758493)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード霊長類 / 細菌叢 / ゲノム多様性 / 次世代シークエンサー
研究実績の概要

霊長類や比較対象となる哺乳類からのゲノム試料や細菌叢試料のサンプル収集を継続するとともに、作成した細菌叢DNAライブラリの次世代シークエンサーをもちいた塩基配列決定と、バイオインフォマティクスによる分析をおこない、霊長類種内や種間のゲノム変異および細菌叢の多様性について知見を得た。いくつかの成果について、論文の作成をおこなった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年度は初年度にサンプリングした試料に基づいて、計画通り、ゲノム・メタゲノムの塩基配列の解析および種内や種間での変異について分析することができた。

今後の研究の推進方策

収集したゲノム・メタゲノムのデータに基づいて、表現型解析も踏まえた高次の分析と考察をおこない、論文を執筆する。

次年度使用額が生じた理由

次世代シークエンサーでの分析のために物品費、霊長類調査のために旅費を請求していたが、一度の次世代シークエンサーでの分析のためには同時に多数のサンプル数を分析するのが効率的である。そのための十分なサンプル数がそろっていないと判断したため、次年度までサンプリングを継続し、それらのサンプル数の分析を次年度使用額から計上する予定である。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Evolution of vomeronasal receptor 1 ( V1R ) genes in the common marmoset ( Callithrix jacchus )2018

    • 著者名/発表者名
      Moriya-Ito Keiko、Hayakawa Takashi、Suzuki Hikoyu、Hagino-Yamagishi Kimiko、Nikaido Masato
    • 雑誌名

      Gene

      巻: 642 ページ: 343~353

    • DOI

      10.1016/j.gene.2017.11.048

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Morphometric and Genetic Determination of Age Class and Sex for Fecal Pellets of Sika Deer (Cervus nippon)2017

    • 著者名/発表者名
      Hanya Goro、Naito Senri、Namioka Erina、Ueda Yosuke、Sato Yo、Pastrana Josue Alejandro、He Tianmeng、Yan Xiaochan、Saito Miho、Costa Raquel Filomena Pereira、Allanic Morgane、Honda Takeaki、Kurihara Yosuke、Yumoto Takakazu、Hayakawa Takashi
    • 雑誌名

      Mammal Study

      巻: 42 ページ: 1~8

    • DOI

      10.3106/041.042.0406

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Direct estimation of de novo mutation rates in a chimpanzee parent-offspring trio by ultra-deep whole genome sequencing2017

    • 著者名/発表者名
      Tatsumoto Shoji、Go Yasuhiro、Fukuta Kentaro、Noguchi Hideki、Hayakawa Takashi、Tomonaga Masaki、Hirai Hirohisa、Matsuzawa Tetsuro、Agata Kiyokazu、Fujiyama Asao
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 ページ: 13561

    • DOI

      10.1038/s41598-017-13919-7

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 大型類人猿情報ネットワークGAINを活用した生物学研究2017

    • 著者名/発表者名
      早川卓志
    • 学会等名
      第26回 サル疾病ワークショップ
    • 招待講演
  • [学会発表] Microbiome adaptation and flexibility to the captive environments in lessor slow loris2017

    • 著者名/発表者名
      Takashi Hayakawa, Kei Matsushima, Wataru Yano, Yumi Yamanashi, Daisuke Shimizu, Yumiko Terao, Fumihiko Okumura, Mari Hirosawa, Yui Fujimori, Naoki Okabe, Sayaka Tsuchida, Kazunari Ushida
    • 学会等名
      The 8th International Symposium on Primatology and Wildlife Science
    • 国際学会
  • [学会発表] 動物園でのキュレーターのミッション ~基礎研究から動物福祉まで~2017

    • 著者名/発表者名
      早川卓志
    • 学会等名
      第20回SAGAシンポジウム
  • [学会発表] Genetic background of the gustationin a specialized arboreal folivore, koala2017

    • 著者名/発表者名
      Takashi Hayakawa, Don Colgan, Rebecca N. Johnson, Katherine Belov
    • 学会等名
      The 62nd Primates Conference
    • 国際学会

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公開日: 2018-12-17  

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