| 研究課題/領域番号 |
16K18714
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| 研究機関 | 千葉大学 |
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研究代表者 |
渡辺 洋一 千葉大学, 大学院園芸学研究科, 助教 (30763651)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | 平行進化 / 渓畔適応 / ゲノムワイド / RNA-seq / 花期変異 |
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| 研究実績の概要 |
渓流沿い植物は、近縁種と比べて特徴的に細い葉を有することで洪水耐性を獲得したと考えられている植物群で、シダ植物から被子植物まで多くの分類群で確認されている。本研究は、渓流沿い植物の1つであり園芸植物としても広く利用されるサツキ（ツツジ属）に着目して中立的・適応的な進化過程を解明する事を目的としている。
MIG-seqを用いたゲノムワイド解析を分布を網羅した集団サンプルを対象に行った結果、サツキは大きく2地域間で分化しておりそれらは単系統群とならず、2系統はそれぞれ近縁種より派生したような樹形となった。つまり、サツキは平行的に進化した可能性が考えられ、そのパターンは他研究者によって解析されたAFLPの結果や申請者によって行われた高精度なRAD-seqの結果からも支持されている。草本類ではこのような例は複数知られているが、木本類では非常に稀な例である。興味深いことに、サツキの2系統は遺伝的には全く異なるものの渓流沿い植物の代表的な形態である葉型での判別は非常に難しく、花期が近縁種よりも遅く5月末から6月に開花する共通点も有している。この中立な領域に基づく進化過程の結果は、論文投稿を行うべく準備中である。現在は、遺伝的変異の全く異なる別の進化的背景を有すると考えられる2系統のトランスクリプトーム変異の検出を目的として、複数地点より採取した個体よりRNAを抽出し、次世代シークエンサーを用いたRNA-seqを行い解析を行っている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
本年度は、遺伝的に大きく分化した2系統のトランスクリプトーム変異の検出を行うためにRNA-seqを行った。また、連鎖地図作成のための交配を行った。樹木を対象としているためF2家系の作出は短期間には難しく、両親が既知のF1園芸品種を利用した交配を行った。種子は十分量採取できたが、F2世代の成長に要する期間を考えると科研申請期間内で連鎖地図作成は行えるが葉型・花期変異に関するQTLまで行えるかは不透明である。
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| 今後の研究の推進方策 |
今後は、RNA-seqで得られたデータの解析を行い候補遺伝子の抽出を行う。順調に進めば候補遺伝子の配列を集団サンプルで決定する予定である。加えて、高密度連鎖地図を作成するために播種する予定のF2実生苗を用いてRAD-seqを行う予定である。
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