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2017 年度 実績報告書

遺伝性心疾患の原因遺伝子同定ツールの開発および臨床応用

研究課題

研究課題/領域番号 16K19404
研究機関大阪大学

研究代表者

岡崎 敦子 (今井敦子)  大阪大学, 医学系研究科, 特任助教 (70761691)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
キーワード遺伝性心疾患 / 遺伝統計解析 / 原因遺伝子同定 / エクソーム解析 / 全ゲノム解析
研究実績の概要

臨床現場で活用できる遺伝性心疾患の原因遺伝子同定ツールの確立を目的として、開発した新規の遺伝統計手法(Hamming Distance Ratio:HDR法)に搭載するための非血縁者コントロールのデータ解析・整備を完了した。1000人ゲノムプロジェクトの健常日本人120検体の公開DNAサンプルを入手後、同プロジェクトの健常日本人サンプルの公開エクソーム解析データを用いてミトコンドリアのハプログループを解析し、日本人における推定ハプログループ頻度から代表とする20サンプルを選定した。H28年度に行った12サンプルに対する全ゲノム解析に引き続き、H29年度には残り8サンプルに対する全ゲノム解析を完了させた。さらに、様々な実験プロトコールで解析される患者の全エクソーム解析データに対応可能とするために、バイオインフォマティクス解析手法を用いて主要な実験プロトコールに対応したコントロールデータ20人分のデータ生成を完了させた。さらにHDR法を発展させ染色体欠失構造を同定するHDR-del法を開発し、実患者での染色体欠失構造の同定に成功した(Imai-Okazaki et al, Hum Mutat, 2017)。常染色体優性・常染色体劣性・染色体欠失構造の同定全てに対して適応できるプログラムを完成させ、ソフトウェアに搭載し公開した (Imai-Okazaki et al, eLS, 2018)。さらにHDR法の適応家系の拡大(Yamamoto et al, Nephrol Dial Transplant, 2017, Kondo et al, Hum Mol Genet, 2017)および同手法をさらに発展拡大させるためにX連鎖性の新規心筋症症例における解析を行い、原因遺伝子同定に成功した(Imai-Okazaki et al, J Pediatr, 2018).

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 3件、 査読あり 5件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] Rockefeller University/Laboratory of Statistical Genetics(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Rockefeller University/Laboratory of Statistical Genetics
  • [雑誌論文] Barth Syndrome: Different Approaches to Diagnosis2018

    • 著者名/発表者名
      Imai-Okazaki Atsuko、Kishita Yoshihito、Kohda Masakazu、Yatsuka Yukiko、Hirata Tomoko、Mizuno Yosuke、Harashima Hiroko、Hirono Keiichi、Ichida Fukiko、Noguchi Atsuko、Yoshida Masayuki、Tokorodani Chiho、Nishiuchi Ritsuo、Takeda Atsuhito、Nakaya Akihiro、Sakata Yasushi、Murayama Kei、Ohtake Akira、Okazaki Yasushi
    • 雑誌名

      Journal of Pediatrics

      巻: 193 ページ: 256~260

    • DOI

      10.1016/j.jpeds.2017.09.075

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic Linkage Mapping2018

    • 著者名/発表者名
      Imai-Okazaki Atsuko、Ott Jurg
    • 雑誌名

      eLS. John Wiley & Sons, Ltd: Chichester.

      巻: 1 ページ: 1~5

    • DOI

      10.1002/9780470015902.a0005360.pub2

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] HDR-del: A tool based on Hamming distance for prioritizing pathogenic chromosomal deletions in exome sequencing2017

    • 著者名/発表者名
      Imai-Okazaki Atsuko、Kohda Masakazu、Kobayashi Kaori、Hirata Tomoko、Sakata Yasushi、Murayama Kei、Ohtake Akira、Okazaki Yasushi、Nakaya Akihiro、Ott Jurg
    • 雑誌名

      Human Mutation

      巻: 38 ページ: 1796~1800

    • DOI

      10.1002/humu.23298

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Analysis of an ADTKD family with a novel frameshift mutation in MUC1 reveals characteristic features of mutant MUC1 protein2017

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Satoko、Kaimori Jun-Ya、Yoshimura Takuji、Namba Tomoko、Imai Atsuko、Kobayashi Kaori、Imamura Ryoichi、Ichimaru Naotsugu、Kato Kazuto、Nakaya Akihiro、Takahara Shiro、Isaka Yoshitaka
    • 雑誌名

      Nephrology Dialysis Transplantation

      巻: 32 ページ: 2010~2017

    • DOI

      10.1093/ndt/gfx083

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mutation inVPS33Aaffects metabolism of glycosaminoglycans: a new type of mucopolysaccharidosis with severe systemic symptoms2017

    • 著者名/発表者名
      Kondo Hidehito、Maksimova Nadezda、Otomo Takanobu、Kato Hisakazu、Imai Atsuko、Asano Yoshihiro、Kobayashi Kaori、Nojima Satoshi、Nakaya Akihiro、Hamada Yusuke、Irahara Kaori、Gurinova Elizaveta、Sukhomyasova Aitalina、Nogovicina Anna、Savvina Mira、Yoshimori Tamotsu、Ozono Keiichi、Sakai Norio
    • 雑誌名

      Human Molecular Genetics

      巻: 26 ページ: 173~183

    • DOI

      10.1093/hmg/ddw377

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Association Test for Rare Variants using the Hamming Distance2018

    • 著者名/発表者名
      Suhyun Hwangbo, Jin-Young Jang, Atsuko Imai, Jurg Ott, Taesung Park
    • 学会等名
      17th European Conference on Computational Biology
    • 国際学会
  • [学会発表] Genetic analysis of rapidly progressive mitochondrial cardiomyopathy with loss of ATP synthesis2017

    • 著者名/発表者名
      Atsuko Imai, Yuko Nakayama, Shuhei Fujita, Yasushi Sakata, Akira Ohtake, Yasushi Okazaki
    • 学会等名
      第81回日本循環器学会学術集会
  • [学会発表] エクソーム解析基盤を用いた日本人変異解析における解析手法の検証と可視化2017

    • 著者名/発表者名
      小林 香織, 今井 敦子, 山崎 悟, 菊地 正隆, 足尾 勉, 上條 憲一, 松村 泰志, 中谷 明弘
    • 学会等名
      第40回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Genetic analysis of mitochondrial disorder2017

    • 著者名/発表者名
      Kohda M, Kishita Y, Mizuno Y, Imai A, Nakaya A, Hirata T, Yatsuka Y, Borna NN, Harashima H, Murayama K, Ohtake A, Okazaki Y
    • 学会等名
      第5回生命医薬情報学連合大会
  • [学会発表] Rapidly progressive infantile cardiomyopathy with mitochondrial respiratory chain complex V deficiency due to loss of ATP synthesis2017

    • 著者名/発表者名
      今井 敦子, 藤田 修平, 中山 祐子, 武田 充人, 坂田 泰史, 大竹 明, 岡崎 康司
    • 学会等名
      第52回日本小児循環器学会総会・学術集会
  • [図書] 代謝ナビゲーション ミトコンドリアを中心とする代謝ネットワーク2017

    • 著者名/発表者名
      代謝ナビゲーション ミトコンドリアを中心とする代謝ネットワーク
    • 総ページ数
      256頁
    • 出版者
      メディカルサイエンスインターナショナル
    • ISBN
      978-4-8959-2900-4
  • [備考] HDR (Hamming Distance Ratio)

    • URL

      http://www.gi.med.osaka-u.ac.jp/software/hdr

  • [備考] HDR (Hamming Distance Ratio) 2

    • URL

      http://www.gi.med.osaka-u.ac.jp/software/hdr2

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公開日: 2018-12-17   更新日: 2022-06-07  

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