| 研究課題/領域番号 |
16K19472
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| 研究機関 | 産業医科大学 |
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研究代表者 |
小田 桂士 産業医科大学, 医学部, 助教 (00625527)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | 特発性肺線維症 / 細菌叢解析 |
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| 研究実績の概要 |
本年は、特発性肺線維症患者から採取した気管支肺胞洗浄液の解析を中心に行った。気管支肺胞洗浄液はペレット状にし、解析を行った。実際に行ったことは、核酸抽出作業、核酸定量、ライブラリー作成（16S rRNA領域の増幅）、シーケンスライブラリーの作成、シーケンス解析である。核酸抽出作業はNucleoSpinMicrobialDNA(MACHERN-NAGEL社)を使用した。核酸定量は、精製作業と2本鎖DNA定量を行った。精製作業ではAMPureXPを使用した精製処理を実施した。２本鎖DNA定量はQuant-iT dsDNA HS Assay Kit(Invitrogen)を用いた。ライブラリー作成は16S rRNA領域の増幅、シーケンスライブラリーの作成を行った（シーケンスライブラリー品質検定も同時に行った）。シーケンス解析はイルミナ社シーケンサーを用いた。
上記過程から、気管支肺胞洗浄液からは通常の培養で解明できない、複数の菌種の同定に成功した。また、肺内に存在する多様性の変化に注目し解析している。現在、臨床研究を進めながら、さらに症例を集積し、多面的な検討を加えている。今後は、動物実験を行い、肺内常在菌とエピジェネティクス制御の検証を継続させ、①肺内細菌叢の変化に伴うヒストンアセチル化、DNAメチル化とHDACを用いた抑制実験、②線維化に関わるタンパク質の検証、③遺伝子変異との関連について検証を加える予定である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初予定していたIPF患者における① IPF患者における肺内細菌叢の検証、② IPF患者における肺内常在菌の起源の検証、③ 肺内細菌叢が予後に与える影響について遅延なく行うことができている。
主に、本年は気管支肺胞洗浄液から拡散抽出、定量、ライブラリー作成、シーケンス解析を行い、実際のIPF患者から採取された検体で解析を行った。その検証の中で肺胞洗浄液原液とペレット状にした細胞塊との間には、解析上、細菌叢の違いがないことが確認した。また、特定の菌種が多いことも判明している。生体試料の集積を継続しつつ、臨床研究を推進する予定である。
今後は動物実験を行い、肺内常在菌とエプジェネティクスについて検証を継続する予定である。
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| 今後の研究の推進方策 |
特発性肺線維症は有病率の低い疾患であり、症例の集積に難渋することが予想され、多施設での検討を行えるように推進する。
また、近年、抗線維化薬も登場し、治療選択肢も広がったため、今後は予定されていた検証を継続するとともに、新規に登場した抗線維化薬による治療との関連や、急性増悪との関連についても検討を行う予定である。また、積極的に日本感染症学会、呼吸器学会をはじめとした国内外の専門学会で学会発表を行うことにし，他の研究者の意見を仰ぐことにしている。さらに、すでにIPF患者の細菌叢解析は予備実験の段階において，滞りなく実施可能であることを確認しているが、想定外の結果や問題発生時には，学内外の研究者と連絡を取り合える状況を継続する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
当初の予定どおり３年計画であるため、次年度使用額が生じた。
理由としては、PCR測定用のカスタムパネルの作成等の委託費が若干安くできたためである。
研究計画に基づき、必要に応じて支出する予定である。
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| 次年度使用額の使用計画 |
研究計画に基づき、主に細菌叢解析、及びPCRで使用する試薬吸入などに支出する予定である。
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